Gromacs的文件非常的多,这是官方文档地址:http://manual.gromacs.org/online/files.html. 本文章部分内容来自以下网址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508 下面我仅做一简述,涉及到PDB,GRO,MDP的文件内部结构不在此介绍,而是单独开篇. 参数文件: mdp:其他篇单独讲解 m2p:暂时没用到 结构文件: gro:GROmacs format g96:gromacs-96 format pdb:Protein…

Gromacs的命令非常多,下面我将我最近用到的先总结一下.标题上也写了这只是Chapter1,以后有新的会继续写Chapter2...等等. 下面这个网址http://manual.gromacs.org/programs/byname.html将所有的Gromacs命令按字母表顺序排列了出来,是官方文档.我的文章中部分可能取自这里,或者来自翻译文档的内容. pdb2gmx pdb2gmx是一个常用命令.遗憾的是我在网上没有找到专门介绍这个命令的文章,不过我还是觉得为Gromacs命令专门写一…

转载自http://blog.csdn.net/xiaocainiaoshangxiao/article/details/46882921 废话不说,直接主题: gitbook安装 ===========1. 安装npm 从网站 https://nodejs.org/#download 下载node.js源代码(点击绿色的INSTALL),解压./configuremakemake install 成功执行后,npm就被安装好了.2. gitbook 安装npm install -g gitbo…

废话不说,直接主题: gitbook安装 =========== 1. 安装npm  从站点 https://nodejs.org/#download 下载node.js源码(点击绿色的INSTALL), 解压 ./configure make make install  成功运行后.npm就被安装好了. 2. gitbook 安装 npm install -g gitbook-cli gitbook -V  查看gitbook是否成功安装. ref === 1. wanqingwong.com…

网络对抗技术课程学习 chapter1 渗透测试与metasploit 一.读书笔记 二.渗透测试 通过模拟恶意攻击者的技术与方法进行攻击,挫败目标系统安全控制措施,取得访问控制权,并发现具备业务影响后果安全隐患的一种安全测试与评估方式. 操作:对目标系统进行主动探测分析,对大量发现安全漏洞的主动渗透与入侵攻击. 目标:发现潜在的系统漏洞. 1. 基本类型 渗透测试的两种基本类型: - 黑盒测试 - 白盒测试 (1)黑盒测试 模拟对目标系统一无所知的攻击者所进行的渗透攻击. 真实:从一个远程网络…

iText介绍 iText是著名的开放源码的站点sourceforge一个项目,是用于生成PDF文档的一个java类库.通过iText不仅可以生成PDF或rtf的文档,而且可以将XML.Html文件转化为PDF文件. 项目要使用iText,必须引入jar包.才能使用,maven依赖如下: <dependency> <groupId>com.itextpdf</groupId> <artifactId>itextpdf</artifactId> &…

前言 译文连接:http://howtodoinjava.com/apache-commons/create-pdf-files-in-java-itext-tutorial/ 对于excel文件的读写操作,相信大家都比较熟悉,使用apache的POI库即可.本篇文章,我将基于iText库编写各式各样的代码示例去创建PDF文件.这些例子会按它们各自的功能分类,为了使大家能更加形象的看到代码所生成的PDF文件内容,每一个例子我都会附加上一张PDF文件截图.我已经尽可能的把我能找到的有用的例子放在这…

<Linux内核设计与实现>CHAPTER1,2阅读梳理 [学习时间:2.5hours] [学习内容:Linux内核简介——历史与现今版本:Linux内核源代码以及编译] CHAPTER1 Linux内核简介 1.Unix内核特点 十分简洁:仅提供几百个系统调用并且有明确的目的: 在Unix中,大部分东西都被(或者正致力于)被当做文件对待: Unix内核即相关系统工具软件都是用C语言编写的,这使得系统有着强大的可移植性: Unix进程创建非常迅速,目标在于一次执行保质保量地完成一个任务 2.L…

看标题大家可能觉得三个词汇风马牛不相及,第一个是解蛋白质分子动力学的软件,第二个是上三代宅男最爱雷神之锤,第三个则是一个存在于IntelSSE及AVX中的一个指令,他的作用是快速求平方根的倒数. 起因是这样子的.某天闲着没事,跑去benchmarksgame.alioth.debian.org上看到了万年被压在fortran身体下蹂躏的c++居然翻身了.最不可思议的是,在fortran长项上的多体运算nbody居然被c++拉了一大截性能下来(2倍,5千万步,fortran用时19秒,C++用时9…

#r read, #w write, #a append, #r+ 读写方式 从文件的头位置开始读取或写入, #w+ 读写方式,如果文件已存在清空该文件,不存在就创建一个新的文件, #a+ 如果文件存在就在最后面附加,如果不存在就创建一个新文件. FileName="newfile.txt" file=File.open(FileName,'a') file.puts 'test' p file.path file.close p File.file?(FileName) #Dir.f…