1.SOAPDenovo配置文件示例 软件下载安装和使用:http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html asm.cfg #maximal read lengthmax_rd_len= [LIB] avg_ins=450 #if sequence needs to be reversed reverse_seq=0 #in which part(s) the reads are used asm_flags=3 #use only first 100 bp…

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实…

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理.建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢! 一 R资料+计划 R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划 二 Bioinfo R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及…

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一…

各种生信工具: https://omictools.com/…

http://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ 这篇文章主要适用于Linux平台,当然MacOS也行,不过它有更好安装方法. 此外网上也会许多更好的关于biconda的教程,这里还是抛砖应用,提供一种除了编译源码和直接下载二进制文件外安装生信软件的一种思路 bioconda是什么 官方介绍是: Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinform…

http://heylinux.com/archives/1085.html通过 thread dump 分析找到高CPU耗用与内存溢出的Java代码 首先,要感谢我的好朋友 钊花 的经验分享. 相信大家在实际的工作当中,肯定会遇到由代码所导致的高CPU耗用以及内存溢出的情况. 通常这种情况发生时,我们会认为这些问题理所当然的该由开发人员自己去解决,因为操作系统环境是没有任何问题的. 但实际上,我们是可以帮助他们的,效果好的话还可以定位到具体出问题的代码行数,思路如下: 1.通过对CPU与内存的…

转自:http://www.36dsj.com/archives/28590 Druid 是一个用于大数据实时查询和分析的高容错.高性能开源分布式系统,旨在快速处理大规模的数据,并能够实现快速查询和分析.尤其是当发生代码部署.机器故障以及其他产品系统遇到宕机等情况时,Druid仍能够保持100%正常运行.创建Druid的最初意图主要是为了解决查询延迟问题,当时试图使用Hadoop来实现交互式查询分析,但是很难满足实时分析的需要.而Druid提供了以交互方式访问数据的能力,并权衡了查询的灵活性和性…

C#不用union,而是有更好的方式实现   用过C/C++的人都知道有个union,特别好用,似乎char数组到short,int,float等的转换无所不能,也确实是能,并且用起来十分方便.那C#为什么没有这个关键字呢?怎么实现这个功能?其实C#只是没有了这个关键字,但是功能是能实现的,而且也是非常方便,并且是安全的.网上有人用StructLayout特性来实现union,也确实是实现了一些功能.比如:C/C++:    union {        unsigned char ch    …

nginx简介(轻量级开源高并发web服务器:大陆使用者百度.京东.新浪.网易.腾讯.淘宝等)(并发量5w)(一般网站apache够用了,而且稳定) 一.总结 1.在连接高并发的情况下,Nginx是Apache服务器不错的替代品,apache并发量大概3000+,nginx并发量2w+ 二.nginx简介(轻量级开源高并发web服务器:大陆使用者百度.京东.新浪.网易.腾讯.淘宝等) Nginx (engine x) 是一个高性能的HTTP和反向代理服务器,也是一个IMAP/POP3/SMTP服…