文献名:Integration and analysis of CPTAC proteomics data in the context of cancer genomics in the cBioPortal 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Pamela Wu1,2,3, Zachary J Heins4, James T Muller3, Lizabeth Katsnelson3, Ino de Br…

期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT1-FXR signaling 通讯作者及单位:Fei Li, State Key Laboratory of Phytochemistry and Plant Resources in West China,Kunming Institute of Botany, Chinese Academy…

题目:Associations of the Fecal Microbial Proteome Composition and Proneness to Diet-induced Obesity 期刊:Mol Cell Proteomics IF:5.236 发表日期:2019年9月 单位:乔治亚州立大学生物医学科学研究所,加州大学圣地亚哥分校等 物种:小鼠 技术:16S rRNA,TMT 10-plex宏蛋白质组 一. 研究背景 高脂肪低纤维饮食促进肥胖的发展,尽管遗传因素在决定对这种致肥胖饮…

文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 加州大学河滨分校 研究对象:乳腺癌细胞 技术:靶向蛋白组学   一. 概述: 本文应用了基于并行反应监测(PRM)…

通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征 解读人:梅占龙  质谱平台 文献名:Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from sequence by deep learning 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Shenheng Guan​ 1,2,*​ , Michael F. Moran​ 2,3 ​, and Bin Ma​ 1 单…

期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:德国Robert Koch 研究所 物种:多种 技术:新蛋白提取和酶解方法 一. 概述: 本文设计了一种仅需要三步——酸化,中和及酶解——就能完成蛋白提取和酶解的实验方法,命名为简单的蛋白提取和酶解法(SPEED).SPEED使用三氟乙酸(TFA)做裂解液,适用于不同类型的样本,包括难以裂解的样本类型.文章评估了SPEED方法对大肠杆菌,小鼠肝脏和金黄色葡萄球菌的效果,又将该方法与5种不同原理…

CrystalBall: A Visual Analytic System for Future Event Discovery and Analysis from Social Media Data 论文地址 1 Abstract 这是一个可以预测未来一段时间内所发生事情的可视化系统,使用的是twitter数据进行分析. 2 Introduction 识别一个未来的事件并不可以依靠消息量的突增来判断(一般一个很大的事件的到来会引发交际圈的热烈讨论),一个未来时间的发生并不一定可以激发消息量的增…

Differential expression analysis for paired RNA-seq data 抽象背景:RNA-Seq技术通过产生序列读数并在不同生物条件下计数其频率来测量转录本丰度. 为了鉴定两种条件之间差异表达的基因,重要的是要考虑实验设计以及数据的分布特性. 在许多RNA-Seq研究中,表达数据以多对获得,例如来自相同个体的治疗前和治疗后样品.我们寻求将配对结构纳入分析. 结果:我们提出了一个用于RNA-Seq数据的贝叶斯分层混合模型,以分别考虑变异性来自配对数据结构的…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

文献名:Proteomics Analysis of Extracellular Matrix Remodeling During Zebrafish Heart Regeneration(斑马鱼心脏再生过程中胞外基质重塑的蛋白质组学分析) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 西班牙巴塞罗那再生医学中心 巴塞罗那生物材料和纳米医学网络生物医学研究中心 物种:斑马鱼 技术:非靶向蛋白组学   一. 概述: 本研究选取斑马鱼心脏不同再生时期的心室样本,通过所建立一…