https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号…

最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载.但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包,不知道是网络问题还是怎么,GEOquery有时候运行也不太稳定,但是总体来说,很好地解决了我的问题. 首先假设我们想要下载的数据是GSE77445,这是一批DNA甲基化数据,我们可以在R语言中安装GEOquery之后,载入R包,然后直接输入: Data <- getGEO("GSE77445"…

1. 场景描述 一直做java,因项目原因,需要封装一些经典的算法到平台上去,就一边学习python,一边网上寻找经典算法代码,今天介绍下经典的K-means聚类算法,算法原理就不介绍了,只从代码层面进行介绍,包含:rest接口.连接mpp数据库.回传json数据.下载图片及数据. 2. 解决方案 2.1 项目套路 (1)python经典算法是单独的服务器部署,提供rest接口出来,供java平台调用,交互的方式是http+json: (2)数据从mpp数据库-Greenplum中获取: (3)…

在上一篇中,增加了sql server数据库操作类SqlOperator,用于操作sql server数据库.还有一个SqlStringHelper类,用于处理sql语句的单引号.那么这两个类怎么使用呢? 这一篇中,将建立一个测试项目TestWeb,用于测试使用以上类. TestWeb项目将向sql server数据库中添加数据.这个测试项目将提交到http://kws.codeplex.com可以打开查看源代码或者下载使用. 先使用SQL Server 2005建立一个keleyiwebsit…

原文地址:http://www.ifunit.com/984/solr%E5%AD%A6%E4%B9%A0%EF%BC%88%E4%BA%94%EF%BC%89dih%E5%A2%9E%E9%87%8F%E3%80%81%E5%AE%9A%E6%97%B6%E5%AF%BC%E5%85%A5%E5%B9%B6%E6%A3%80%E7%B4%A2%E6%95%B0%E6%8D%AE 注意:整个Solr学习系列使用的都是Solr4.5.1,更高版本应该也适用,耕地版本不知道.转载请注明出处:jiq·…

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系…

本文转自:http://www.cnblogs.com/wuhuacong/archive/2012/03/09/2387680.html Oracle中对数据对象和数据的管理,无疑都是使用PL/SQL Developer来进行管理,该工具也提供给我们很多方便.快捷的操作,使得我们不再为Oracle本身丑陋.难用的UI而抱怨.由于我们一般都是建建表.查查数据的操作居多,较少会考虑系统的整个Oracle的完整备份操作.但是在我们一些发布操作中,我们必须考虑如何把Oracle的对象.表数据导出到Sq…

对于一个地域分散的大型企业组织来说,构建具有典型的分布式计算机特征的大型企业管理信息系统时,总要解决一个很重要的问题:如何在多个不同数 据库服务器之间保证共享数据的一致性.之所以有这个重要的问题在于企业组织在不同地点对具有相同结构的本地数据库进行修改,但要保证修改后的数据库有相同 的结果,其本质就是在对本地数据库的修改体现在其他具有相同数据的远程数据库中.那么如何解决这个问题就要用到数据库的复制技术. SQL SERVER提供了内置的复制能力,复制组件并不是附加产品,而是核心引擎的一部分.在复制…

上篇博客论述了,数据库查询数据返回前台JSP.博客中主要使用Ajax调用来显示JSON串,来获取其中某一个字段,赋给界面中的某一个控件. 那这篇博客中,我们讲解,把后台List传递JSP展示. List传递界面,以前我们普通的做法是怎么样的呢?foreach 的el表达式?还是java代码? 那对于本身就是Json格式的list,到底如何显示呢? 显然表单中的el表单以及java代码不合适.那我们继续使用Ajax来显示. 一:对于不使用前台框架的情况:就是咱们普通的table,到底如何以表格的形…

用第三方组件:NPOI来实现 先去官网:http://npoi.codeplex.com/下载需要引入dll(可以选择.net2.0或者.net4.0的dll),然后在网站中添加引用.使用 NPOI 你就可以在没有安装 Office 或者相应环境的机器上对 WORD/EXCEL 文档进行读写. 创建一个实体类: [Table("Customer") ] public class Customer { [Key] public int Id { get; set; } public st…