https://www.youtube.com/watch?v=6Is3W7JkFp8 NGS 的视频 说的不错 一个做癌症的教授讲的 Ion Torrent™ next-generation sequencing Next-generation sequencing (NGS) utilizes massively parallel sequencing to generate thousands of megabases of sequence information per day, op…

The Android ION memory allocator 英文原文 ION heaps ION设计的目标 为了避免内存碎片化,或者为一些有着特殊内存需求的硬件,比如GPUs.display controller以及camera等,在系统启动的时候,会为他们预留一些memory pools,这些memory pools就由ION来管理.通过ION就可以在硬件以及user space之间实现zero-copy的内存share. ION的实现 ION通过ION heaps来展示presents…

转自:https://www.jianshu.com/p/0eac3d3ff6bb ION debug ION 在/sys/kernel/debug/ion/ 提供一个debugfs 接口. 每个heap都有自己的debugfs目录,client内存使用状况显示在/sys/kernel/debug/ion/<<heap name>> $cat /sys/kernel/debug/ion/ion-heap-1 client pid size test_ion 2890 16384 每…

illumina技术: 工具:flowcell(流动池):8通道,每个通道都有 2种DNA引物 种在玻璃表面(用共价键连到Flowcell上),这引物和文库中的接头互补    Flowcell:8个line,,line:上下两个表面,,面:3个扫描通道swath,,swath:16个方块tile 文库制作:超声打断DNA,用酶补平,用Klenow酶加碱基,用连接酶 在双端 加特定接头,形成DNA混合物 称为DNA文库. 特点1,中间为待测序列: 特点2,两端接头序列人工加上去,已知,大有文章可做…

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa…

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…

文章名称:Exome Sequencing of Cell-Free DNA from Metastatic Cancer Patients IdentifiesClinically Actionable Mutations Distinct from Primary Disease. 目的:1.验证cfDNA的结果和转移灶和原发灶的一致性,即可以用cfDNA的结果对肿瘤的进展做一个评估.           2.提出ctDNA的突变频率和转移灶有很大相关性,而和原发灶的相关性很低. 做法:对两…

转载 :http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102xuro.html Kalatskaya I, Trinh Q M, Spears M, et al. ISOWN: accurate somatic mutation identification in the absence of normal tissue controls[J]. Genome Medicine, 2017, 9(1):59.   变异检测可以分为三类: single nucle…

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G…

Beginning OpenMP OpenMP provides a straight-forward interface to write software that can use multiple cores of a computer. Using OpenMP you can write code that uses all of the cores in a multicore computer, and that will run faster as more cores beco…