前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel…

这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不在能用,推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG changed their policy about sharing their data and so the KEGG.db package is no longer allowed to be curr…

输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) #Pathwy是ID,richFactor是富集的基因数目除以背景的基因数目 # 改变点的大小 pp + geom_point(aes(size=R0vsR3)) # 以基因的数目表示点大小 pbubble = pp + geom_point(aes(siz…

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来. 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库,.这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书,K…

前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析.虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦.这时网页在线或者本地化工具派上用场了. DAVID DAVID地址 以前我会首选DAVID,原因是方便简单.有人说它数据库更新慢,不准确(据说被science点名批评了),也有人说它运行慢,数据库更新慢是硬伤,但我只是大概看下基因集的功能,总体结果不会差到哪里去.至于运行速度我反而觉得比其他工具更快. 使用方法: 注释结果有很多,挑自己感兴趣的数据库,我一般看G…

C++ typedef用法小结 (※不能不看※) 第一.四个用途 用途一: 定义一种类型的别名,而不只是简单的宏替换.可以用作同时声明指针型的多个对象.比如:char* pa, pb; // 这多数不符合我们的意图,它只声明了一个指向字符变量的指针, // 和一个字符变量:以下则可行:typedef char* PCHAR; // 一般用大写PCHAR pa, pb; // 可行,同时声明了两个指向字符变量的指针虽然:char *pa, *pb;也可行,但相对来说没有用typedef的形式直观,…

typedef用法小结- - 注意:本文转自网络,版权归原作者所有. typedef typedef用法小结- - 这两天在看程序的时候,发现很多地方都用到typedef,在结构体定义,还有一些数组等地方都大量的用到.但是有些地方还不是很清楚,今天下午,就想好好研究一下.上网搜了一下,有不少资料.归纳一下: 来源一:Using typedef to Curb Miscreant Code Typedef 声明有助于创建平台无关类型,甚至能隐藏复杂和难以理解的语法.不管怎样,使用 typedef…

JList用法小结 分类: JAVA技术2007-08-11 01:02 18485人阅读 评论(11) 收藏 举报 stringvectorclassjavaactionobject         今天从<java核心编程>中学习了JList 的用法,写下自己的感受,以免时间久了又忘记了.         JList从含义上看是一个列表,有点和JComboBox相似.其实不然,JComboBox的内容只能用一列显示出来,而JList的内容可以多列显示,我想这就是JList存在的意义.   …

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster…

版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/devcloud/article/details/94549627 GO是Gene Ontology的简称,是基因功能国际标准分类体系.它旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准.GO分为分子功能(Molecular Function).生物过程(Biological Proc…