需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白. 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平. 特性:远距离效应,无方向性. 如何鉴定enhancer区域: 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark 使用II型RNA聚合酶…

生物医疗大数据-DNA element functions and identification Genetic vs epigenetic GENETICS  遗传学 DNA Code: 64 triplets of nucleotides encode for 20 amino acids and 3 stop codons. EPIGENETICS  表观遗传学 RNA Code: Non-coding RNA, miRNA, Alternative Splicing CpG Code:…

RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据. 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心.打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 (外显子和目标区域测序) RNA-seq测序 - 基因表达 (smRNA,lncRNA,circRNA,PB全长,可变剪切) 甲基化测序 ChIP-seq和ATAC-seq 蛋白组 - 所有蛋白的变化 代谢组 - 植物…

paper:cepip: context-dependent epigenomic weighting for prioritization of regulatory variants and disease-associated genes Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) - genome上的eQTL位点及其对特定组织的特定基因表达的影响,同时包含了不同eQTL之间的LD关系.这个整合多个疾病的数据.正如其名,该数据包含了genotype.…

易基因(羟)甲基化DNA免疫共沉淀测序(h)MeDIP-seq研究成果见刊<Journal of Clinical Investigation> 2022年5月2日,中南大学湘雅二医院赵明教授团队.中国医学科学院皮肤病医院陆前进教授团队合作在Journal of Clinical Investigation上发表了题为"Iron-dependent epigenetic modulation promotes pathogenic T cell differentiation in…

何川,RNA表观遗传学开创者.早年毕业于中国科技大学,2000年获麻省理工学院博士学位,2000到2002年在哈佛大学做博士后研究,2002年至今执教芝加哥大学化学系, 是芝加哥大学生物物理动态研究所主任, 北京大学合成与功能生物分子中心主任. 目前主要从事化学生物学.核酸化学和生物学.表观遗传学.分子生物学.生物无机化学.以及基因组学等方面研究. [他的观点] 1.科学研究中最难的,是找一个真正有意义的问题. 2.RNA表观遗传学“淘金热”的说法有些急功近利.这个领域要真正做深.搞清楚机理,还…

基因调控网络的概念在之前已经简要介绍过:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁顿表观遗传景观(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因调控下细胞分化的动态性的一个经典的隐喻,是由沃丁顿在1957年提出的.他将细胞分化比喻作从高处沿山坡滚落下的小球,直到一个稳定的盆地 (basin),该盆地也就代表一定的分化状态.小球最开始能量较高,处于不稳定状态,对应干细胞等未分化的细胞状态,小…

SQL DML 和 DDL 可以把 SQL 分为两个部分:数据操作语言 (DML) 和 数据定义语言 (DDL). SQL (结构化查询语言)是用于执行查询的语法. 但是 SQL 语言也包含用于更新.插入和删除记录的语法. 查询和更新指令构成了 SQL 的 DML 部分: SELECT - 从数据库表中获取数据 UPDATE - 更新数据库表中的数据 DELETE - 从数据库表中删除数据 INSERT INTO - 向数据库表中插入数据 SQL SELECT * 实例 现在我们希望从 "Per…

因为工作中经常需要将数据从一个数据库导入到另一个数据库中,所以将这个功能写成一个存储过程,以方便调用.现在粘贴出来供大家参考: 注意:1,以下示例中用到了syscolumns,sysobjects等系统视图,在sql2005及以后的版本中,大家也可以使用sys.columns与sys.objects来代替,只要修改对应的字段即可.2,以下示例还用到了set identity_insert设置,有对该设置不太清楚的朋友可以点击链接查看其用法.3,结合sys.tables表与游标,大家可以循环调用以…

关键字:数据表 数据库性能 临时表 天轰穿 sqlserver 数据库大纲:数据表的特点,数据表的类型及用法,SQL创建数据表,创建临时表,全局临时表 优酷超清地址 腾讯超清地址 原文地址:http://www.cnthc.com/?/article/137 百度网盘地址:http://pan.baidu.com/s/1dD2BAzJ…