vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部…

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP…

前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc…

python起的 simpleHTTPServer服务传输文件 经同事的介绍,在Linux上传输文件的一种特别方便的方法: python -m SimpleHTTPServer [端口] 端口不填 默认8000 然后这个http服务就会读这个文件夹和这个文件夹下的子文件夹下的文件 就是HTTP 的资源那种,linux系统下 wget http://10.58.67.65:8000/walle-sdk.jar 在浏览器上输入:http://10.58.67.65:8000 就会可以看到资源服务.…

#!/usr/bin/python #coding=UTF-8 #FileName:search.py #文件搜索 import os; import sys; returnList = []; def search_file_in_dir(fileName, dirName): global returnList; #print dirName; if not os.path.isdir(dirName): sys.exit('directory does not exist.(%s)'%(d…

本文实例讲述了python使用xlrd模块读写Excel文件的方法.分享给大家供大家参考.具体如下: 一.安装xlrd模块 到python官网下载http://pypi.python.org/pypi/xlrd模块安装,前提是已经安装了python 环境. 二.使用介绍 1.导入模块 复制代码 代码如下: import xlrd 2.打开Excel文件读取数据 复制代码 代码如下: data = xlrd.open_workbook('excelFile.xls') 3.使用技巧 获取一个工作表…

python学习笔记(六) 文件夹遍历 1.递归遍历 import os allfile = [] def dirList(path): filelist = os.listdir(path) for filename in filelist: filepath=os.path.join(path,filename) if(os.path.isdir(filepath)): dirList(filepath) allfile.append(filepath) return allfile pri…

python模块介绍- xlwt 创建xls文件(excel) 2013-06-24磁针石 #承接软件自动化实施与培训等gtalk:ouyangchongwu#gmail.comqq 37391319 博客:http://blog.csdn.net/oychw #版权所有,转载刊登请来函联系 # 深圳测试自动化python项目接单群113938272深圳广州软件测试开发6089740 #深圳地摊群 66250781武冈洞口城步新宁乡情群49494279 #自动化测试和python群组: http…

遇见问题 因为linux在虚拟机中,所以就在本地敲python代码,敲完后再拿到虚拟机去执行,再输入./filename.py时,就遇到这样的一个问题: bash: ./filename.py: /usr/bin/python^M: 解释器错误: 没有那个文件或目录 开始还以为是自己的python路径不对,但用which python命令查看却发现路径已经配置对了.因为有另一种执行方式,就是直接python filename.py,后来我发觉这种方式虽然能够执行代码,但执行结果却不对,于是,就去…

python入门(5)使用文件编辑器编写代码并保存执行 两款文本编辑器: 一个是Sublime Text,免费使用,但是不付费会弹出提示框: 一个是Notepad++,免费使用,有中文界面: 请注意,用哪个都行,但是绝对不能用Word和Windows自带的记事本. Word保存的不是纯文本文件,而记事本会自作聪明地在文件开始的地方加上几个特殊字符(UTF-8 BOM),结果会导致程序运行出现莫名其妙的错误. 1.安装好文本编辑器后,输入以下代码并文件保存为hello.py. print 'hel…