原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装.long insert library; preprocessed; Overlap-Layout-Consensus algorithm 混合de novo组装.combination of PacBio and short read d…

SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图创建时的内存消耗,解决了contig组装时的重复区域的问题,增加了scaffold组装时的覆盖度和长度,改进了gap closing,更加适用于大型基因组组装. (SOAPdenovo是为了组装大型植物和动物基因组而设计的,同样也适用于组装细菌和真菌,组装大型基因组大小如人类时,可能需要150G内存…

参考: 视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?…

目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发.如果是复杂基因组,肯定是首选.对于简单基因组,我跑了下,结果不佳.提了issue,张老师特意开发了个为简单基因组设计的流程:https://github.com/tangerzhang/ALLHiC/blob/master/bin/ALLHiC_pip.sh,主要增加了对contig的纠错.至于效果,我还在跑. 3D-DNA 优秀的纠错功能.我认…

膜拜下 Martin Fowler 大神 , 开始学习 圣经 重构-改善既有代码设计 . 代码的坏味道就意味着需要重构, 对代码的坏味道了然于心是重构的比要前提; . 作者 : 万境绝尘 转载请注明出处 : http://blog.csdn.net/shulianghan/article/details/20009689 . 1. 重复代码 (Duplicated Code) 用到的重构方法简介 : Extract Method(提炼函数), Pull Up Method(函数上移), From…

膜拜下 Martin Fowler 大神 , 开始学习 圣经 重构-改善既有代码设计 . 代码的坏味道就意味着需要重构, 对代码的坏味道了然于心是重构的比要前提; . 作者 : 万境绝尘 转载请注明出处 : http://blog.csdn.net/shulianghan/article/details/20009689 . 1. 重复代码 (Duplicated Code) 用到的重构方法简介 : Extract Method(提炼函数), Pull Up Method(函数上移), From…

目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 1. 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?我吐槽了Juicebox操作麻烦,且没有详细文档.今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中,终于找到Juicebox的官方文档了:http://aidenlab.org/assem…

两种情况: 1.删除指定前缀开头的rediskey ,扫描和删除过程中对线上无感知 2.删除一个大的list,set,zset,hash,这种得分批次减少大小,一直缩到0再删 第一种情况:只要知道线上操作的时候我们要用scan来代替 keys ,这一点就行了,简单脚本如下: del.sh #!/bin/bash ; i <= ; i++)) do b=$[ $i * ] echo $b redis-cli -h test.m.cnhza.kvstore.aliyuncs.com -a test:…

minimap2 github 官网 https://github.com/lh3/minimap2 安装 git clone https://github.com/lh3/minimap2 cd minimap2 && make…

1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5.0.0版本开始包含在QUAST包中(下载最新版本).像往常一样运行QUAST,不要忘记在您的命令中添加‐large选项! 新功能的简短列表(参见所有更改): 通过使用新的快速比对(minimap2)和重构对齐分析模块,显著提高了速度 新的基于k-mer的评估基因组完整性和正确性度量 BUSCO增加了…