https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面…

1. http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1469385&do=blog&classid=166694&view=me&from=space [转载]如何使用SnpEff 对SNP结果进行分析 [转载]基因组变异检测概述   :重要要看看 [转载]GATK Best Practices for version 3.x 实战篇(中)…

GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言,内置的支持并行,适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步:第一步编辑参数列表对应的json文件,第二步直接运行Cromwell.jar eg workflow helloWorld{ call myTask; } task myTask{ commond{ echo "hello world" } output { String out = read_string(stdout()) } } 对于一个WDL…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs: 13/01/12: 增加了一篇文献,外加一些无聊的修改.12/08/20: 修正了一个代码错误:增加了对-rf(Read filters)参数的说明.12/08/14: 补充了2.x版本有改动的一些地方.12/08/10: 更正一个错误.12/11/06:因为后面一直都没什么时间,同时也觉得没有什么好讲的了就一直搁置了,在这边再补充说明一下,其实GATK毕竟只…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具. 网址:http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page 前段时间刚发布了2.x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http://www.br…

作者Alistair Cockburn, Crystal Clear的7个成功要素,写得挺好. 敏捷方法的关注点,大家可以参考,太激动所以转载了. 原文:http://www.informit.com/articles/article.aspx?p=345009 Property 1. Frequent Delivery The single most important property of any project, large or small, agile or not, is that…

RTSP发起/终结流媒体.RTP传输流媒体数据 .RTCP对RTP进行控制,同步.RTP中没有连接的概念,本身并不能为按序传输数据包提供可靠的保证,也不提供流量控制和拥塞控制,这些都由RTCP来负责完成.RTSP可以对流媒体提供诸如播放.暂停.快进等操作,它负责定义具体的控制消息.操作方法.状态码等.以下为转载:   本文主要介绍RTP与RTCP协议. author: ZJ   06-11-17 Blog: [url]http://zhangjunhd.blog.51cto.com/[/url]…

本文转载自:https://www.codeproject.com/articles/11132/walking-the-callstack Download demo project with source - 64.2 Kb Introduction In some cases you need to display the callstack of the current thread or your are just interested in the callstack of othe…

没有找到很好的MVVM模式介绍文章,简单找了一篇,分享一下.MVVM实现了UI\UE设计师(Expression Blend 4设计界面)和软件工程师的合理分工,在SilverLight.WPF.Windows Phone开发中得到很好的应用,当然作为设计模式的结合体,提供的是软件设计的一种思路,业务场景符合其设计思路,都可以很好的利用.原文如下: 摘要:为解决适用于RIA应用系统开发的设计模式的问题,提出引出MVVM模式.该模式由视图.视图模型.模型三部分组成,通过实现INotifyPrope…

转载来源 :http://blog.csdn.net/fushiqianxun/article/details/7926442 [原创]:我来添两句,就是很多同学(包括我)之前搞低端单片机,到了stm32发现竟然要老是配置时钟,不知道为毛要这样,请看这篇博文. 所有寄存器都需要时钟才能配置吧,寄存器是由D触发器组成的,只有送来了时钟,触发器才能被改写值. 任何MCU的任何外设都需要有时钟,8051也是如此:STM32为了让用户更好地掌握功耗,对每个外设的时钟都设置了开关,让用户可以精确地控制,关…