文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩…

题目:Improving Silkworm Genome Annotation Using a Proteogenomics Approach 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:June 28, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00965 分享人:张霞 内容与观点: 1. 文章研究概述 桑蚕是一种重要的经济昆虫,并作为鳞翅目模式昆虫用于基础研究.作者通过以往的研究发现,目前对于桑蚕的基因测序和组装研究已基本解决,在基因注释…

文献名:Proteomic analysis of Rhizobium favelukesii LPU83 in response to acid stress.(酸胁迫下根瘤菌LPU83(Rhizobium favelukesii)的蛋白质组学分析) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: 2019年10月 IF:3.78 单位:国立拉普拉塔大学,阿根廷 物种:根瘤菌LPU83(Rhizobium favelukesii) 技术:非标定量蛋白质组学(Lab…

文献名:Proteomic Profiling of Rhabdomyosarcoma-Derived Exosomes Yield Insights into Their Functional Role in Paracrine Signaling(源于横纹肌肉瘤的外泌体的蛋白质组学分析用于深入了解其在旁分泌信号转导中的作用) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: (2019年8月) IF:3.78 单位: 黎巴嫩大学,黎巴嫩 贝鲁特美国大学儿童和青少年…

文献名:Proteomic and N-Terminomic TAILS Analyses of Human Alveolar Bone Proteins: Improved Protein Extraction Methodology and LysargiNase Digestion Strategies Increase Proteome Coverage and Missing Protein Identification(人类牙槽骨蛋白的蛋白质组学和n端分析:改进的蛋白质提取方法和Ly…

文献名:iHPDM: In Silico Human Proteome Digestion Map with Proteolytic Peptide Analysis and Graphical Visualizations 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年12月) IF:3.86 单位: 资讯科学研究院,中央研究院,台湾 物种:人 技术:蛋白质组生物信息学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 在有关丢失蛋白(MP,m…

文献名:Down-Regulation of a Male-Specific H3K4 Demethylase, KDM5D, Impairs Cardiomyocyte Differentiation 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年12月 IF:3.78 单位:Shahid Beheshti医科大学等 一.概述: 除了决定性别,Y染色体上的基因充分表达对转录.翻译和蛋白质稳定性必不可少.本文作者观察到Y染色体上的KDM5D基因及其X染色体…

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年10月) IF:3.78 单位: 里约热内卢联邦大学 坎皮纳斯州立大学 坎皮纳斯州立大学神经生物学中心 卡拉博大学 慕尼黑大学 物种:人类脑部眶额叶皮层组织 技术:iTRAQ标记非靶相对定量,SRM靶向相对定量   一. 概述: 该研究选取了12例精神分裂病人和8例对照健康人群的眶额叶皮层(OFC)组织,通过iTRAQ标记非靶相对定量以及SRM靶向相对定量,进行了组织细胞中线粒体,粗提细胞核以及细胞质三大类亚…

文献名:Global Proteomic Analysis of Lysine Succinylation in Zebrafish (Danio rerio)(斑马鱼赖氨酸琥珀酰化的全球蛋白质组学分析(斑马鱼)) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: (2019年10月) IF:3.86 单位: 庆北国立大学 国立首尔科学技术大学 中国科学院上海药物研究所 物种:斑马鱼 技术:全蛋白质组学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本研究…

文献名:An automated ‘cells-to-peptides’ sample preparation workflow for high-throughput, quantitative proteomic assays of microbes(一种基于高通量的,自动的由细胞制备多肽的样品自动处理工作体系的微生物蛋白组定量实验) 期刊名:Journal of Proteome Research 影响因子:3.86 单位: 联合生物能源研究所,劳伦斯伯克利国家实验室,埃默里维尔,加利福尼…

题目:Clinically Applicable Deep Learning Algorithm Using Quantitative Proteomic Data 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:August 2, 2019 DOI:: 10.1021/acs.jproteome.9b00268 分享人:翁海玉 内容与观点: 本研究描述了一种优化的基于深度学习(DL)的胰腺癌诊断方法并测试了该方法的分类能力. 1.实验设计 1.1数据集构建:该方法使用…

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年9月) IF:3.78 (2018) 单位:巴塞尔大学,瑞士 物种:人细胞系 技术:冷冻电子显微镜(Cryo-EM),单粒子电子显微镜 一. 概述: 本文描述了一种“差异视觉蛋白质组学”(DVP)方法,在蛋白质组学层面研究不同样本间蛋白质和蛋白质复合体的结构变化.细胞裂解后,用无损方式制备成单粒子电子显微镜的上机样品,扫描成像.图像中的单个蛋白质粒子被提取出来,排列,归类,用定量分析法找到阴.阳性对照样品间蛋…

Title: Single-Shot Capillary Zone Electrophoresis−Tandem Mass Spectrometry Produces over 4400 Phosphopeptide Identifications from a 220 ng Sample Journal: Journal of Proteome Research Published Date: June 10, 2019 DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00244 R…

题目:Prediction of an Upper Limit for the Fraction of Interprotein Cross-Links in Large-Scale In Vivo Cross-Linking Studies 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:July 3, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00189 作者及单位: Andrew Keller——Department of Genome S…

文献名:Quantifying Protein-Specific N-Glycome Profiles by Focused Protein and Immunoprecipitation Glycomics(聚焦和糖组学免疫沉淀法定量N-糖图谱) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019 Aug 2 DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00232 IF: 4.173 单位: 1.日本札幌北海道大学医学研究生院胃肠和肝病学系 2.…

文献名:Lipidomics reveals similar changes in serum phospholipid signatures of overweight and obese paediatric subjects(用脂质组学方法揭示了超重和肥胖儿童血清磷脂水平的变化类似) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年7月 DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00249 IF: 3.95 单位: 1. 阿威罗大学 2.…

文献名:Utilization of the Proteome Data Deposited in SRMAtlas for Validating the Existence of the Human Missing Proteins in GPM(利用SRMAtlas中的已有的蛋白质组数据验证GPM中人类缺失蛋白的存在) 期刊名:journal of proteome 发表时间:2019.10.24 IF:3.780 单位: 1.日本Niigata大学 2.开罗Al-Azhar大学 物种:人类…

文献名:Current understanding of human metaproteome association and modulation(人类宏蛋白质组研究近期综述) 期刊名:J Proteome Res 发表时间: (2019年10月) IF:3.78 技术:宏蛋白质组综述   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 过去的十年中,宏蛋白为人们更好地了解微生物组的功能特征提供数据.尽管已经有高通量宏蛋白质组的数据,但是对其功能的认识还不清楚,最重要的是,这些蛋白质分子…

期刊名:JPR 发表时间:(2019年12月) IF:3.780 单位:Grupo de Investigación de Reumatología (GIR), Unidad de Proteómica, INIBIC − Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña, SERGAS, Universidad de A Coruña, A Coruña 15006, Spain 研究对象:风湿和自身免疫疾病 技术:文献挖掘   一.…

题目:MHCquant: Automated and reproducible data analysis for immunopeptidomics 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:October 7, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00313 分享人:陈洁 本次分享的文章的题目是:MHCquant: Automated and reproducible data analysis for immunopeptido…

题目:Evaluating False Transfer Rates from the Match-between-Runs Algorithm with a Two-Proteome Model 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:September 23, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00492 分享人:任哲 内容与观点: 大家好,本次分享的是发表在Journal of Proteome Research上的一篇关于…

题目:Quantitative Proteomics of Th-MYCN Transgenic Mice Reveals Aurora Kinase Inhibitor Altered Metabolic Pathways and Enhanced ACADM To Suppress Neuroblastoma Progression 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:September 27, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteom…

文章题目:Constructing a Tandem Mass Spectral Library for Forensic Ricin Identification 构建用于鉴定蓖麻毒素的串联质谱库 解读人:马臻 Doi号:https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.9b00377 文章链接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jproteome.9b00377 文章的实验室和主要参与人员: 实验室:美国西北太平洋国家实验室化…

文献名:Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectrometry and machine learning(利用质谱技术和机器学习模型在尿液样本中快速准确地进行菌种鉴定) doi: 10.1074/mcp.TIR119.001559 期刊名:Mol Cell Proteomics 作者:Florence Roux-Dalvai 通讯作者:Arnaud…

文献名:Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted quantitative proteomics approaches 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 单位: 台湾桃园长庚大学医学院 台湾桃园林口长庚纪念医院 台湾台中国立中兴大学 物种:人唾液 技术:非靶向和靶向组学组学…

发表时间:(2019年4月) IF:3.950 单位:韦恩州立大学化学系 物种:小鼠心肌细胞 技术:谷胱甘肽修饰蛋白组学 一. 概述: 本研究采用化学选择性蛋白组学方法,鉴定出过氧化物诱导HL-1小鼠心肌细胞后的含有半胱氨酸特异位点谷胱甘肽修饰多肽1763个,经过生信分析发现125个与心肌疾病相关的谷胱甘肽修饰蛋白,这些被修饰蛋白包括肌节结构和收缩蛋白.分子伴侣.信号及调节蛋白.并进一步通过对修饰位点的结构分析,预测蛋白质谷胱甘肽修饰对功能的作用.本研究建立了一个选择性直接鉴定谷胱甘肽修饰蛋白质…

题目:Metabolic Signatures of Cystic Fibrosis Identified in Dried Blood Spots For Newborn Screening Without Carrier Identification(新生儿筛查(不含携带者鉴定)中使用干血片鉴定囊性纤维化的代谢特征) 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:December 3, 2018 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00351…

题目:Optimized fragmentation improves the identification of peptides cross-linked by MS-cleavable reagents 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:29 January 2019 DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00947 作者及单位: Christian E. Stieger——Institute of Molecular Patho…

文献名:Integrative Analysis of MicroRNAome, Transcriptome, and Proteome during the Limb Regeneration of Cynops orientalis(东方蝾螈肢体再生的小RNA组,转录组,蛋白质组综合分析) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年1月4日) IF:3.950 单位: 西北大学生命科学学院组织工程实验室 陕西生物技术省级重点实验室 教育部西部资源…

Journal Name:Journal of Proteome Research Issue:2019 March Shared by: Weining Zhao 1.     Acetylome: Zhuo Zhou et al from Zhejiang University profiled the lysine acetylome as protein acetylation which is believed to play a key role in autophagy. Empl…