R 与python scikit-learn PCA的主成分结果有部分是反的 通过R和python分别计算出来的PCA的结果存在某些主成分的结果是相反的,这些结果是没有问题的,只是表示这个分量被反转了,结果同样是有效的. PCA的本质是寻找一条正交的线,这条线应该是可以有不同方向的 数据格式 148 41 72 78 139 34 71 76 160 49 77 86 149 36 67 79 159 45 80 86 142 31 66 76 153 43 76 83 150 43 77 79…

A kernel machine-based fMRI physiological noise removal method 关于,fmri研究中,生理噪声去除的价值:一.现在随着技术的提升,高场fmri越来越得到应用.高场能够提高图像的信噪比,但是生理噪声却也会提升.所以在高场成像分析中,生理噪声的去除会成为一个不可忽略的因素.二.在静息态fmri中,功能网络的检测依赖于低频的大脑自发信号.这些信号和生理噪声,在频率上,是有着类似的特征.为了提高静息态分析的准确性,去除生理噪声,是必须的操作.…

当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7…

一.提出疑问     ViewStub比較简单.之前文章都提及到<Android 性能优化 三 布局优化ViewStub标签的使用>.可是在使用过程中有一个疑惑,究竟是ViewStub上设置的參数有效还是在其包含的layout中设置參数有效?假设不明确描写叙述的问题,能够看下下面布局伪代码. res/layout/main.xml <LinearLayout > <ViewStub android:id="@+id/viewstub" android:la…

#由此说明使用prcomp函数时,必须使用标准化过的原始数据.如果使用没有标准化的raw数据(不是相关系数矩阵或者协方差矩阵),必须将参数scale. = T <result>$sdev #表示标准差,意思是 <result>$sdev[1] = sqrt(var(<result>$x)) <result>$rotation #表示的是特征向量矩阵,也可以由eigen(<输入的原数据>)$vector 得到 <result>$x #表…

做芯片PCA主成分分析可以选择使用affycoretools包的plotPCA方法,以样品"GSM363445_LNTT.CEL"."GSM362948_LTT.CEL"."GSM363447_LNTT.CEL"."GSM362949_LTT.CEL"."GSM363449_LNTT.CEL"."GSM362947_LTT.CEL"为例: library(affy) library(af…

本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csdn.net/fengbingchun/article/details/79235028 主成分分析(Principal Components Analysis, PCA)简介可以参考: http://blog.csdn.net/fengbingchun/article/details/78977202 以下是PCA的C++实现,参考OpenCV 3.3中的cv::PCA类. 使用ORL Faces Database作为测…

目录 问题 解决 问题 一直以来用Eigensoft的smartpca来做群体遗传的PCA分析很顺畅,结果也比较靠谱. 但今天报错如下: $ ~/miniconda3/bin/smartpca -p smartpca.par parameter file: smartpca.par ### THE INPUT PARAMETERS ##PARAMETER NAME: VALUE genotypename: plink.ped snpname: plink.pedsnp indivname: pl…

讲解很详细:http://blog.genesino.com/2016/10/PCA/ PCA分析一般流程: 中心化(centering, 均值中心化,或者中位数中心化),定标(scale,如果数据没有定标,则原始数据中方差大的变量对主成分的贡献会很大.) 根据前面的描述,原始变量的协方差矩阵表示原始变量自身的方差(协方差矩阵的主对角线位置)和原始变量之间的相关程度(非主对角线位置).如果从这些数据中筛选主成分,则要选择方差大(主对角线值大),且与其它已选变量之间相关性最小的变量(非主对角线值很…

PCA(Principal Component Analysis) 一.指导思想 降维是实现数据优化的手段,主成分分析(PCA)是实现降维的手段: 降维是在训练算法模型前对数据集进行处理,会丢失信息. 降维后,如果丢失了过多的信息,在我们不能容忍的范围里,就不应该降维. 降维没有正确与否的标准,只有丢失信息的多少: 降维的方式本质是有无穷多种的.我们期望在其中找到“最好”,或者说“丢失信息”最少的那一种: PCA算法使用的是:降维后保持原始数据的方差的多少,来衡量降维后保持原始数据了多少信息:…