gene-based关联分析研究是SNP-based关联分析研究的一个补充. 目前有很多工具支持gene-based关联分析研究,比如GCTA,VEGAS2等. 下面主要介绍一下怎么用VEGAS2做gene-based的关联分析研究. 先说VEGAS2的优点,输入特别简单,不需要准备太多输入文件. 缺点,我后面再提. VEGAS2提供了两种方式跑gene based的关联分析. 一种是在线的,一种是离线的. 下面分别介绍这两种. 1.基于在线跑VEGAS2的方式 在线网址:https://veg…

1基本概念 购物篮事务(market basket transaction),如下表,表中每一行对应一个事务,包含唯一标识TID,和购买的商品集合.本文介绍一种成为关联分析(association analysis)的方法,这种方法,可以从下表可以提取出,{尿布}->牛奶. 两个关键问题:1大型数据计算量很大.2发现的某种模式可能是虚假,偶然发生的. 2问题定义 把数据可以转换为如下表的二元表示,非二元不在本文讨论范围 项集 项集的支持度计数: 关联规则: 我们要发现,满足最小支持度与最小置信度…

全基因组关联分析流程: 一.准备plink文件 1.准备PED文件 PED文件有六列,六列内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype PED文件是空格(空格或制表符)分隔的文件. PED文件长这个样: 2.准备MAP文件 MAP文件有四列,四列内容如下: chromosome (1-22, X, Y or 0 if unplaced) r…

1.摘要 摘要:我们提出了CAFE(计算分析基因家族进化),这是一个统计分析基因家族进化规模的工具.它使用随机的出生和死亡过程来模拟一个系统发育过程中基因家族大小的进化.对于一个特定的系统发育树,并给定现存物种的基因家族大小,CAFE可以估计全局基因家族的出生率和死亡率,推断所有内部节点上最可能的基因家族大小,确定基因加速损益率的家庭(用并确定哪些分支导致p值较小重要的家庭.) 2. INTRODUCTION 对全基因组和单基因家族的分析揭示了家族规模的巨大变化,即使是对全基因组和单基因家族的分…

Rare-Variant Association Analysis: Study Designs and Statistical Tests 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation 测序技术在人种迁徙上的应用 An Aboriginal Australian Genome Reveals Separate Human Dispersals into AsiaAncient genomes document mu…

农业的组学技术应用虽然落后于人的研究,这是什么意义的问题,但有时农业基因组有自己无可比拟的优势,那就是材料.下面介绍GWAS应用. GWAS(Genome-wide association study),即全基因组关联分析,是通过扫描基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)分子标记,进行基因型和表型间相关性分析,筛选出影响复杂性状的基因变异的一种策略. 应用方向 多性状定位 在全基因组水平上同时且广泛地挖掘与多个目标性状变异显著…

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…

原文地址:CQRS, Task Based UIs, Event Sourcing agh! Many people have been getting confused over what CQRS is. They look at CQRS as being an architecture; it is not. CQRS is a very simple pattern that enables many opportunities for architecture that may ot…

做基因组注释 先用augustus训练,然后再用maker做基因注释 augustus提供一些训练好的,如果有和你的物种非常接近的,直接用提供的,没有的话再自己训练. 网址: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/ 老版本下载: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/old/ 最后选择下载2.7的 新版本3.2的实在是装不上 太麻烦了!!!!! 下载好后,解压,cd src, sudo ma…

在前面5篇博客中介绍了OAuth2和OIDC(OpenId Connect),其作用是授权和认证.那么当我们得到OAuth2的Access Token或者OIDC的Id Token之后,我们的资源服务如何来验证这些token是否有权限来执行对资源的某一项操作呢?比如我有一个API,/books,它具有如下5个操作: POST /books 添加一本书 GET /books/{id} 获取一本书 PUT /books/{id} 更新一本书 DELETE /books/{id} 删除一本书 GET…