vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description=”Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed”> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Descripti…

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部…

个人学习,仅供参考! package com.example.administrator.filemanager.utils;import java.io.File;/** * 文件类型工具类 * */public class FileTypeUtil {    public static final String TYPE_ANY = "all";    public static final String TYPE_TXT = "txt";    public…

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi…

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed…

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A…

用 SSH 来传输文件 PuTTY 提供了两个文件传输工具 PSCP (PuTTY Secure Copy client) PSFTP (PuTTY SFTP client) PSCP 通过 SSH 连接,在两台机器之间安全的传输文件,可以用于任何 SSH(包括 SSH v1.SSH v2) 服务器. PSFTP 则是 SSH-2 中新增的特性,使用的是新的 SFTP 协议,使用上与传统的 FTP 类似.事实上 PSCP 如果发现 SFTP 可用,PSCP就会使用 SFTP 协议来传输文件,否则…

快速文件复制工具(Limit Copy)绿色版是一款智能变频超快复制绿色软件. 快速文件复制工具(Limit Copy)功能比较完善,除了文件复制还可以智能变频,直接把要复制的文件拖入窗口即可,无需手动添加. 快速文件复制工具(Limit Copy)软件特色 1.断点续传 上次复制完了一部分的文件可以继续接着复制,续传前会校验已文件复制片段是否是指定源文件的一部分,如果你确定是一部分可以直接点击跳过校验,省去等待校验结果的时间. 2.智能变频 根据读写速度和独有算法智能计算并预测出目标驱动器未来…

上次做完日志文件清理工具V1.0 的版本后,确实给自己的工作带来不少的方便.虽然只是一个小工具,代码也比较简单,但有用就是好东西.上次开发比较匆忙,有些细节没来得及完善,今天吃完晚饭,边看亚冠比赛边把程序完善了一下.比赛看的比较郁闷,中超两个球队都输球了,一个0:1,一个0:2,恒大连续两场比赛输球,下场再输,连出线的机会都没有了,这还是上届的亚冠冠军吗?o(︶︿︶)o 唉~~~~~~~~比赛没看完,索性就把电视关了. 珍爱生命,远离中国足球,还是编程最有趣,且行且珍惜!!! 主要做了以下更新:…

NSIS单文件封包工具V2.3 这是一款基于NSIS模块的封包制作工具,lzma算法最大压缩率,支持制作单文件,以及NSIS自定义解压封包. 支持注册dll,exe,reg,bat文件 默认提取设置程序内置图标,也可自定义ico图标 1.运行模式打包: 适于打包单文件,静默运行,解包到临时文件夹,运行完后自动清理产生的相关文件. 2.静默安装: 可自定义解包路径,创建快捷方式,并会在解包目录创建一个卸载程序 3.自定义安装: 可自定义安装侧边图片,可自定义创建快捷方式以及开始快捷方式,会在解包目…

编写chm 文件的工具 1.PrecisionHelper 安装之后,发现 编写的很不方便,直接在html 上编写-- 不好用 2.Winchm (推荐) 很好用,赞!至少对比了上面那个复杂的操作之后,这个软件就是真心的很好用了,可以直接编辑,可以调整字体大小,可以直接修改源码--…

iOS开发拓展篇—封装音频文件播放工具类 一.简单说明 1.关于音乐播放的简单说明 (1)音乐播放用到一个叫做AVAudioPlayer的类 (2)AVAudioPlayer常用方法 加载音乐文件 - (id)initWithContentsOfURL:(NSURL *)url error:(NSError **)outError; - (id)initWithData:(NSData *)data error:(NSError **)outError; 准备播放(缓冲,提高播放的流畅性) -…

AVI文件解析工具下载地址:http://download.csdn.net/detail/zjq634359531/7556659 AVI(Audio Video Interleaved的缩写)是一种RIFF(Resource Interchange File Format的缩写)文件格式,多用于音视频捕捉.编辑.回放等应用程序中.通常情况下,一个AVI文件可以包含多个不同类型的媒体流(典型的情况下有一个音频流和一个视频流),不过含有单一音频流或单一视频流的AVI文件也是合法的.AVI可以算是…

文件同步工具Rsync 3.1.0发布.2013-09-29 上一个版本还是2011-09-23的3.0.9 过了2年多.Rsync基本是Linux上文件同步的标准了,也可以和inotify配合做实时同步.此版本有很多性能的增强(如重写的I/O层代码), 小功能改进增强以及Bug修正,建议升级. 完全改进: NEWS for rsync 3.1.0 (28 Sep 2013) Protocol: 31 (changed) Changes since 3.0.9: OUTPUT CHANGES:…

原文地址:http://xinzong.blog.51cto.com/10018904/1749465 一.文件查找工具常用软件 locate: locate命令其实是find -name的另一种写法,但是要比后者快得多,原因在于它不搜索具体目录,而是搜索一个数据库/var/lib/locatedb,这个数据库中含有本地所有文件信息.Linux系统自动创建这个数据库,并且每天自动更新一次,所以使用locate命令查不到最新变动过的文件.为了避免这种情况,可以在使用locate之前,先使用upda…

今天向大家介绍一个使用起来十分方便且功能十分强大的文件对比工具-Beyond Compare. 1    工具下载 工具的下载很简单,百度搜索Beyond Compare即可. 下载完成后,解压缩,双击目录中的“BCompare.exe”即可使用工具了. 2    工具的使用 2.1  文件对比 1. 打开工具后,工具的主界面如下图所示.可以看到我们可以选择多种对比方式,这里先介绍文件对比. 2. 在左侧的目录中选择文本比较,会弹出比较界面.界面分为左右两个部分,分别用于显示我们需要进行的对比两…

/***************************************************************************************** * 文件夹差异文件对比工具 meld * 说明: * 之前就听说Lee使用文件夹文本差异对比软件winmerge,不过如果要在Linux下使用,那么就要 * 装wine才行了,索性还是换一个在Linux下通用的比较好,于是选择了meld. * * 2016-9-15 深圳 南山平山村 曾剑锋 ************…

文件夹工具类,提供创建完整路径的方法. 源码如下:(点击下载 -FolderUtils.java .commons-io-2.4.jar ) import java.io.File; import org.apache.commons.io.FilenameUtils; /** * 文件夹工具 * */ public class FolderUtils { /** * 创建完整路径 * * @param path * a {@link java.lang.String} object. */ p…

Help And Manual 简    介 帮助文件制作工具 支持文件格式 26种 其他功能 制作非常专业的使用手册 一个所见即所得的帮助文件制作工具,是市面上功能最强的 WYSIWYG (所见即所得) 帮助文件制作工具,支持打印功能.还可以用来制作非常专业的使用手册.HTML页面及RTF格式的文件.这个软件可以让你非常轻松地制作WIN3X和WIN95的帮助文件,并且可1设置以及插入宏等强大的链接扩展功能,可以让你制作出更为漂亮活泼.跳转灵活的帮助文件. 值得一提的是,它的OLE链接功能十分强…

mediafilesegmenter是苹果开发的一款用于分割媒体文件的工具,其功能与mediastreamsegmenter相似,但操作更简单. * 具体可以对比博客中的另一篇简介<Mac OS环境下流媒体分割工具mediastreamsegmenter的简单使用> 下面简单介绍一下使用的方法: mediafilesegmenter相对于mediastreamsegmenter的方便之初在于不需要配置流输出环境,只需简单的指定一个媒体文件即可进行转换. 具体实例如下: 要求:将桌面下名为Sam…

BT Sync介绍 BT 下载,相信大伙儿都知道的.今儿个要介绍的 BT Sync,跟 BT 下载一样,都是 BitTorrent 公司发明滴玩意儿,都是采用 P2P 协议来进行传输. 简而言之,BT sync 是一个文件同步工具,让你在几台不同的设备之间,同步文件. 既然是“文件同步工具”,那么最基本的“增量同步”功能,当然是必不可少的.另外,据俺测试:同步完成之后,如果在“发起端”对文件改名,但是文件内容不变,BT Sync [不会]重传文件内容——这算是比较智能的. 下载链接:https:…

import java.io.BufferedInputStream; import java.io.BufferedOutputStream; import java.io.BufferedReader; import java.io.ByteArrayOutputStream; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileOutputStream; import java.io.FileRea…

超好用文件对比工具 – Beyond Compare,开发中文件.目录对比神器,有了它,再也不用为找不到修改的内容而发愁了. 具备的丰富实用功能: 并列比较文件夹.FTP 网站或 Zip 文件: 为以后的比较保存快照: 类似浏览器的界面: 可扩展子文件夹: 隐藏比较不需要的文件夹: 对差异进行色彩突出显示: 根据内容对文件夹图标进行色彩编码: 若干显示过滤器: 显示全部.仅差异.仅匹配: 两侧匹配,两侧不匹配: 孤行.较旧的和较新的: 按名称.类型.修改日期.大小或 CRC 分类: 多线程操作:…

Classpy Classpy是一个图形化的class文件分析工具,功能和javap类似,界面主要參考了Java Class Viewer: 为什么要又一次创造轮子? 写这个工具花了将近一周的时间.那么为什么要浪费时间又一次发明一个轮子呢?主要是由于以下几点原因: 通过自己写一个class解析器,能够彻底理解class文件格式和字节码 尝鲜Java8和JavaFX8 Java Class Viewer比較老,不支持新的class文件格式 能够结合javap和Java Class Viewer的长…

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP…

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成…

import java.io.BufferedWriter; import java.io.File; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.OutputStreamWriter; import java.io.Writer; import java.text.NumberFormat; import java.text.SimpleDateFormat; import java.u…

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg…

java代码: import java.io.FileInputStream; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStreamReader; import java.io.OutputStream; import java.util.Properties; /** * <p>properties文件读写工具类<p> * @version 1.0 * @au…

java大文件拆分工具(过滤掉表头) import java.io.BufferedReader; import java.io.BufferedWriter; import java.io.FileReader; import java.io.FileWriter; import java.io.IOException; public class SplitTools { public static void main(String[] args) throws IOException { /…