高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]…

package com.linoer.utils; import java.util.ArrayList; import java.util.List; import java.util.regex.Matcher; import java.util.regex.Pattern; /** * HTML * @author linoer */ public class HTMLSpirit { /** * 去掉所有的HTML标签 * @param htmlStr * @return */ publ…

之前用c写过一个程序,查找reads中是否包含了adaptor,如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads,这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多,为了提升组装效果,又不能很大地影响数据量,需要对接头进行截断处理,并过滤过短的reads,用python写了一个简短的程序,指定超过3个错配以内的匹配都认为匹配到,并且长度小于50bp的reads过滤,在以下程序基础上添加传入参数,可以适用比较多的情况(单端.双端.含有single等): import sys import re from…

CRM中通过QueryExpression查询出了一个EntityCollection集,但有时会存在重复数据,QueryExpression中有个属性distinct,只要设置为true就能过滤重复数据,但这个属性针对的数据重复是所有的列都相同.但现在讨论的重复数据不是多条数据的所有列都一样,而是当某个字段或者多个字段的数据重复时我们就认为这是一条重复数据,那怎么样才能去掉这种情况下的重复呢? EntityCollection.Entities.GroupBy(item => item.G…

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT…

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

因为用到list,要去除重复数据,尝试了几种方法.记录于此... 测试数据: List<string> li1 = new List<string> { "8", "8", "9", "9" ,"0","9"}; List<string> li2 = new List<string> { "张三", "张三&q…

因为用到list,要去除重复数据,尝试了几种方法.记录于此... 测试数据: List<"}; List<string> li2 = new List<string> { "张三", "张三", "李四", "张三", "王五", "李四" }; List<string> li3 = new List<string> { &…

方法一 循环元素删除 [c-sharp] view plaincopy public static void removeDuplicate(List list) { for ( int i = 0 ; i < list.size() - 1 ; i ++ ) { for ( int j = list.size() - 1 ; j > i; j -- ) { if (list.get(j).equals(list.get(i))) { list.remove(j); } } } System.…