输入参数:一个典型的mdp文件 1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS 4.5/4.6 6 ; 7 8 title = Martini 9 10 ; TIMESTEP IN MARTINI 11 ; Most simulations are numerically stable 12 ; with dt=40 fs,…

mdp系列的第三篇,对NPT模拟中的mdp文件做一简单介绍. 先上代码 1 title = OPLS Lysozyme NPT equilibration 2 define = -DPOSRES ; position restrain the protein 3 ; Run parameters 4 integrator = md ; leap-frog integrator 5 nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps 6 dt = 0.002 ; 2 fs 7…

这是mdp文件系列的第二篇,介绍nvt平衡中要使用的mdp文件. 先上代码,nvt.mdp 1 title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 2 define = -DPOSRES 3 ; Run parameters 4 integrator = md 5 nsteps = 50000 6 dt = 0.002 7 ; Output control 8 nstxout = 500 9 nstvout = 500 10 nstenergy = 500 11 ns…

mdp文件是能量最小化,NVT模拟,NPT模拟与MD模拟的必须文件. mdp文件的详细解释可以参考官方文档http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html 接下来我将使用四个文件为例子来解释mdp文件. 能量最小化minim.mdp 1 ; minim.mdp - used as input grompp to generate *.tpr 2 integrator = steep ; steep = steepest descent minimizat…

原文链接:.md即markdown文件的基本常用编写语法(图文并茂) 序言: 很久没有写博客了,感觉只要是不写博客,人就很变得很懒,学的知识点感觉还是记不住,渐渐地让我明白,看的越多,懂的越少(你这话不是有毛病吗?应该是看的越多,懂的越多才对),此话怎讲,当你在茫茫的前端知识库里面东看看,西看看的时候,很快就被海量的知识给淹没了,根本就不知道哪些是对的,哪些是错的,感觉好像这个也懂了,那个也懂了,但是真正写起来,脑子又一片空白,又好像什么都不懂,这种状态时有发生,这就叫不懂装懂,最根本的原因就是…

0. 前言 Markdown 是一种纯文本格式的标记语言.通过简单的标记语法,它可以使普通文本内容具有一定的格式.现在的项目都使用了 git 仓库,再加上远程仓库 github 托管,那就难免要写一些 readme 等等的说明性文件,但是这样的文件一般都是.md 的文件,编写的语法自然跟其他格式的文件有所区别,至于为什么要用这种格式的文件,不要问我,我也不知道,但我们遵循最佳实践原则,跟着用就对了,本文也算是学习写 markdown 文件的一个笔记吧. 1. 标题的几种写法 前面带 #号,后面带…

终于到了mdp系列的第四篇,最终MD模拟的mdp文件 先上代码,md.mdp 1 title = OPLS Lysozyme MD simulation 2 ; Run parameters 3 integrator = md ; leap-frog integrator 4 nsteps = 500000 ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns) 5 dt = 0.002 ; 2 fs 6 ; Output control 7 nstxout = 5000 ; save co…

原文 利用WebClient上传参数及文件流到远程ashx服务 1 思路: WebClient.UploadFile()方法可以上传文件:UploadData()方法可以上传数据参数:如何合二为一既上传文件又上传参数呢?可将文件也当做参数,调用UploadData()方法 2  客户端   FileStream fs = new FileStream(“需上传文文件路径”, FileMode.Open, FileAccess.Read); byte[] byteFile = new byte[f…

转: servlet3.0获取参数与文件上传代码示例 2018年08月26日 20:25:35 苏凯勇往直前 阅读数:98   package com.igeek.servlet;   import java.io.IOException; import java.util.Collection;   import javax.servlet.ServletException; import javax.servlet.annotation.MultipartConfig; import jav…

本文目的是提供Java环境下模拟浏览器页面提交多参数多文件表单请求以及解析请求的Demo代码.这里用Java提供的HttpURLConnection类做HTTP请求,再原始点可以直接使用socket.使用socket的话,通用性会更好点. 首先要了解一个概念,文件和参数一起上传,HTTP请求头中包含了如下格式. Content-Type: multipart/form-data; boundary=boundarystr 请求体的数据格式也是有一个标准的,具体如下. HTTP请求头 --boun…