背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念,简单来说,Kmer就是长度为k的核苷酸序列.一般长短为m的reads可以分成m-k+1个Kmer.Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果. Denovo组装流程:原始数据--数据过滤--纠错--kmer分析--denovo组装. 组装测序策略:根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值,构建contig所需的数据量以及所需的构建的文库数量.对于植物基因组一般考虑的是大kmer(>31),动物一般在27左右,具体根据基因组情况调整.需要在短片段数据…

python获取指定目录下所有文件名os.walk和os.listdir 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me os.walk 返回指定路径下所有文件和子文件夹中所有文件列表 其中文件夹下路径如下: import os def file_name_walk(file_dir): for root, dirs, files in os.walk(file_dir): print("root", root) # 当前目录路径 print("dirs",…

在 文章 <python实现指定目录下批量文件的单词计数:串行版本>中, 总体思路是: A. 一次性获取指定目录下的所有符合条件的文件 -> B. 一次性获取所有文件的所有文件行 -> C. 解析所有文件行的单词计数 -> D. 按单词出现次数排序并输出TOPN.  A,B,C,D 是完全串行的 本文实现 并发版本. 并发版本的主要思路是: A. 每次获取一个符合条件的文件 -> B. 获取单个文件的所有文件行 -> C. 解析单个文件的所有单词计数 ->…

python引入同一目录下的py文件 注意:python2和python3的包内import语法有区别,下面介绍一下python3的包内import语法 例如在admin.py文件中要引入dealcode.py文件: 1.在目录下有__init__.py文件 2.在admin.py文件中加一行:from . import dealcode (如果要引入同一目录下的dealcode.py文件中的一个类Hello,在admin.py文件中加一行:from .dealcode import Hello…

需求 给出制定目录,通过Python获取指定目录下的所有子目录,所有(子目录下)文件名: 实现 import os def file_name(file_dir): for root, dirs, files in os.walk(file_dir): print('root_dir:', root) # 当前目录路径 print('sub_dirs:', dirs) # 当前路径下所有子目录 print('files:', files) # 当前路径下所有非目录子文件 file_name('D…

因为工作原因,需要定期清理某个文件夹下面创建时间超过1年的所有文件,所以今天集中学习了一下Python对于本地文件及文件夹的操作.网上 这篇文章 简明扼要地整理出最常见的os方法,抄袭如下: os.listdir(dirname):列出dirname下的目录和文件 os.getcwd():获得当前工作目录 os.curdir:返回当前目录('.') os.chdir(dirname):改变工作目录到dirname os.path.isdir(name):判断name是不是一个目录,name不是目…

#!/usr/bin/python # -*- coding:utf8 -*- import os allFileNum = 0 def printPath(level, path): global allFileNum ''''' 打印一个目录下的所有文件夹和文件 ''' # 所有文件夹,第一个字段是次目录的级别 dirList = [] # 所有文件 fileList = [] # 返回一个列表,其中包含在目录条目的名称(google翻译) files = os.listdir(path)…

之前一直用windows下的bat脚本获取一个目录下的指定格式的文件名,如下所示: dir *.jpg /b/s > train.set pause 十分简单,将这个bat文件放到你想要获取文件名的目录下,然后双击运行就可以将你想要保存的文件名写在train.set文件之中了. 今天由于实际需求,这个功能需要用python来实现,在网上查了一下发现,python脚本实现起来也很方便,而且也比较灵活,如下所示: # -*- coding: utf-8 -*- """ Cr…

#!/usr/bin/python # -*- coding:utf8 -*- import os allFileNum = 0 def printPath(level, path): global allFileNum ''''' 打印一个目录下的所有文件夹和文件 ''' # 所有文件夹,第一个字段是次目录的级别 dirList = [] # 所有文件 fileList = [] # 返回一个列表,其中包含在目录条目的名称(google翻译) files = os.listdir(path)…

该python 脚本有以下三个功能: 1. 实现查看目录下重复的文件,输出文件按修改时间升序排列 2. 将按修改时间排列比较旧的.可删除的文件列出来 3. 按目录对重复文件进行统计,比如,目录/tmp  重复个数5,是指/tmp目录下有5个文件在其他地方也存在 python脚本 #!/usr/bin/env python #coding=utf-8 ''' Created on Nov 30, 2016 @author: fangcheng ''' from __future__ import…