参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法(plob) 这个学习急不来,而且比对非常重要,先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`Sequence Alignment/Map Format Specification` SAMtools解决的问题 非常多序列(read),…

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V…

原文链接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式说明) 1 The SAM Format Specification sam是一种序列比对后的输出格式,以tab作为分隔符,包括头部信息和比对信息.其中头部信息必须在比对信息之前.头部信息的开头是@,但是比对行不是.每一个比对行有11个重要的比对信息元素,如果比对位置和校准信息等. 1.1 An example FCC0YG3ACXX:2:1…

本质上就是二进制压缩的SAM文件,大部分生物信息学流程都需要这个格式,为了节省存储空间以及方便索引. # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fileter bam filter <- FilterRules(list(MinWidth = function(x) width(x$seq) > 35)) res <- scanBam…

整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据.它支持各种数据类型,包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释. IGV这个工具很牛,发了NB: James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Na…

开始在 Java 中使用 Redis 前, 我们需要确保已经安装了 redis 服务及 Java redis 驱动,且你的机器上能正常使用 Java. (1)Java的安装配置可以参考我们的 Java开发环境配置 (2)安装了 redis 服务: 请参考:Windows环境下使用Redis缓存工具的图文详细方法 或是: 首先你需要下载驱动包,下载 jedis.jar,确保下载最新驱动包. 在你的classpath中包含该驱动包. 一.新建一个javaweb项目. 1. 新建一个Jedis的项目.…

1. Arrays工具类中asList()方法的使用 public static <T> List<T> asList(T... a): 把数组转成集合 注意事项: 虽然可以把数组转成集合,但是集合的长度不能改变. 2. 代码示例: (1) package cn.itcast_03; import java.util.Arrays; import java.util.List; /* * public static <T> List<T> asList(T.…

欢迎大家前往腾讯云+社区,获取更多腾讯海量技术实践干货哦~. 作者:赵坤|腾讯魔王工作室后台开发工程师 在项目开发中,经常会遇到程序启动时间过长.CPU使用率过高等问题,这个时候需要依靠性能分析工具来定位性能的消耗点.本文介绍三个常用的工具的入门级使用及图形化方法,供大家参考. 本文介绍Perf.gprof和Valgrind三个性能分析工具,及其分析结果图形化的方法,旨在让大家更快的上手使用工具.出于篇幅的限制,本文不会对每种工具的使用参数及结果分析做详细的介绍,只做入门级的使用说明,更多详细的…

接口说明: POSTMAN测试: JAVA代码: package com.provy.guard.api; import java.util.HashMap; import java.util.Map; import cn.hutool.http.HttpUtil; import cn.hutool.json.JSONObject; import cn.hutool.json.JSONUtil; /** * Hutool工具里,POST方法,body中传参的几种调用方法 * @author wa…

这篇文章主要介绍了WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍,WQL是指Windows管理规范查询语言,需要的朋友可以参考下 WQL就是WMI中的查询语言,WQL的全称是WMI Query Language,简称为WQL,翻译成中文好像可以成为Windows管理规范查询语言.熟悉SQL语言的朋友会感觉它和SQL非常相似. WQL其实非常简单,它有如下特点:1.每个WQL语句必须以SELECT开始:2.SELECT后跟你需要查询的属性名(我刚才对应SQL将其称之为字段名…