RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据,采用tophat-fusion, soap-fusion, fusionmap, chimerascan 4款预测融合基因的软件进行预测: 网址如下: http://donglab.ecnu.edu.cn/databases/FusionCancer/…

肿瘤的发生与免疫系统的功能密切相关.在免疫系统中,MHC(主要组织相容性复体,majorhistocompatibilitycomplex)是所有生物相容复合体抗原的一种统称.HLA(humanleucocyteantigen)就是人类的MHC基因,即人类白细胞抗原,位于6号染色体,它所在的区域是人类基因组中多态性最高的区域之一,有高达上千个等位基因. HLA–I类基因在细胞毒性T细胞反应中作用至关重要,可以在细胞表面呈递可被T细胞受体识别的肽段. 研究表明,肿瘤中HLA基因存在大量的体细胞突变…

5.(2021.7.12)Bioinformatics-KG4SL:用于人类癌症综合致死率预测的知识图神经网络 论文标题:KG4SL: knowledge graph neural network for synthetic lethality prediction in human cancers 论文地址:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/37/Supplement_1/i418/6319703 论文期刊:Bioinformati…

如果你获得了一个肿瘤差异表达基因,想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点,又怕做实验会得到阴性结果,浪费时间和金钱,这时候你就应该想到Oncomine数据库了(www.oncomine.org). Oncomine整合了GEO.TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据,只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了.下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧. 第一步:ERBB2在肿瘤中的表达 在搜索框中输入ERBB2并设定P值.差异表达倍数和差异的排序…

确定 sqlite 数据库所在位置(一般在data/data/com.pagename/databases/ 下,其中 com.pagename为当前项目包名) 确定 sqlite 数据库名称,拼接到数据库位置后面(例如:data/data/com.pagename/databases/user.db) 指定 SD 卡路径,用于接收 sqlite 文件(例如: Environment.getExternalStorageDirectory() + File.separator +"user.db…

<!--取值方案一:通过数字数组 fetch_row()--><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html" charset="utf-8"><?php/** * Created by PhpStorm. * User: Administrator * Date: 2015/8/27 * Time: 11:00 */ //数据库连接$_mysqli=new my…

(一)常用SQL语句 1.SELECT USER() 得到登陆的用户 2.SELECT VERSION() 得到mysql的版本信息 3.SELECT NOW() 得到当前的时间 4.SELECT DATABASE() 得到打开的数据库名字 (二)数据库相关操作 1.创建数据库(名称不要包含特殊字符或者是MySQL关键字) (1)CREATE {DATABASE|SCHEMA} db_name; 如:CREATE DATABASE dou (2)CREATE {DATABASE|SCHEMA}…

MySQL数据库的安装教程及相关问题 2018-07-13 MySQL数据库的下载及安装教程 问题1:Authentication plugin 'caching_sha2_password' cannot be loaded alter user 'root'@'%' identified with mysql_native_password by 'root'; set password for 'root'@'%'='Test123'; --Test123 为密码 root为user %对…

普通的UTF8编码是不支持emoji表情插入的,会报异常: Caused by: java.sql.SQLException: Incorrect string value: '\xF0\x9F\x92\xB0\xE5\x9C...' for column 'name' at row 1 将表字段的编码单独改成utf8mb4,即可支持emoji表情的插入. 修改的sql语句为 mysql) character set utf8mb4; 下面整理了常用的编码相关命令: 查看数据库默认字符集 mys…

1.mysql如何做分页 mysql数据库做分页用limit关键字,它后面跟两个参数startIndex和pageSize 2.mysql引擎有哪些 innodb和myisam两个引擎,两者区别是 innodb支持事物,myisam不支持 innodb支持外键,myisam不支持 innodb不支持全文索引,myisam支持全文索引 innodb提供提交.回滚.崩溃恢复能力的事物的安全能力,实现并发控制 myisam提供较高的插入和查询记录的效率,主要用于插入和查询 3.数据库怎么建立索引 cr…