SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

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SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec…

python笔记30-docstring注释添加变量

前言 python里面添加字符串注释非常简单,如何将变量放入 python 的函数注释里面呢? docstring也就是给代码加注释的内容了,python可以给函数,类.方法,模块添加注释内容,注释标准格式一般是三个双引号,如:"""美程序员枪击4同事,竟因代码不写注释?""" docstring 先看一个简单案例,在函数里面添加注释内容,函数下方三个双引号里面就可以写该函数的注释文档了,如果需要调用此函数的注释内容 # coding:utf-8…

mybatis generator为实体类生成自定义注释（读取数据库字段的注释添加到实体类，不修改源码）

我们都知道mybatis generator自动生成的注释没什么实际作用,而且还增加了代码量.如果能将注释从数据库中捞取到,不仅能很大程度上增加代码的可读性,而且减少了后期手动加注释的工作量. 1.首先定义注释生成插件 MyCommentGenerator.java package com.ilovey.mybatis.comment; import org.mybatis.generator.api.IntrospectedColumn; import org.mybatis.generato…

ADMethodsAccountManagement 一些简单注释添加

using System; using System.Collections; using System.Text; using System.DirectoryServices.AccountManagement; using System.Data; using System.Configuration; /// <summary> /// 添加注释 --Star 2014-05-19 /// </summary> public class ADMethodsAccountMa…

Pycharm头部注释添加

1.第一步 2.第二步搜索框输入:File and Code Templates 然后右边找到 Python Script 3.第三步将下面内容复制到图中红框内,然后点击OK #!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : ${DATE} ${TIME}# @Author : SuenDanny# @Site : ${SITE}# @File : ${NAME}.py# @Software: ${PRODUCT_NAME} 4.第四…

根据SNP的位置从基因组提取上下游序列

代码如下: #!/usr/bin/perl -w use strict; die "perl $0 <vcf> <genome>" if(@ARGV == 0); #Author:yueyao@genomics.cn my $vcf=shift; my $genome=shift; my%hash; my $id; open GENOME,$genome or die $!; while(<GENOME>){ chomp; if(/^>/)…

突变注释工具SnpEff,Annovar,VEP,oncotator比较分析--转载

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面…