4.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上. 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题. 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度相差不大的. 现在问题有几个特征: 1.reads和ref的长度有着跨数量级的差异,reads长度通常不超过100bp,而ref基因组通常在上百Mb. 2.数据量,NGS测序产生的数据量达到几百Gb,相当于几十个人的人…

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实…

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一…

使用KO绑定数据列表示例:   1.先申请V,T,T2三个辅助方法,方便调试.声明viewModel和加载数据时的映射条件mapping    2.先使用ko.mapping.fromJS()将原来的JS对象转成 ko 中的 viewModel ,并使用ko.applyBindings() 激活Knockout      3.下面这几行代码是写在ajax success回调函数内的. 即:使用result.Data来更新viewModel,在这里实际上就是更新的users数组,更新过程中按map…

elasticsearch中的mapping映射配置与查询典型案例 elasticsearch中的mapping映射配置示例比如要搭建个中文新闻信息的搜索引擎,新闻有"标题"."内容"."作者"."类型"."发布时间"这五个字段:我们要提供"标题和内容的检索"."排序"."高亮"."统计"."过滤"等一些基本…

各种生信工具: https://omictools.com/…

http://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ 这篇文章主要适用于Linux平台,当然MacOS也行,不过它有更好安装方法. 此外网上也会许多更好的关于biconda的教程,这里还是抛砖应用,提供一种除了编译源码和直接下载二进制文件外安装生信软件的一种思路 bioconda是什么 官方介绍是: Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinform…

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理.建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢! 一 R资料+计划 R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划 二 Bioinfo R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及…

公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 1,ES 中的 Mapping ES 中的 Mapping 相当于传统数据库中的表定义,它有以下作用: 定义索引中的字段的名字. 定义索引中的字段的类型,比如字符串,数字等. 定义索引中的字段是否建立倒排索引. 一个 Mapping 是针对一个索引中的 Type 定义的: ES 中的文档都存储在索引的 Type 中 在 ES 7.0 之前,一个索引可以有多个 Type,所以一个索引可拥有多个 Mapping…

unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi-mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例: Reads: Input : Mapped : (96.2% of input) of these: ( have >) 96.2% overall read mapping rate. the quantity of unique reads  :25159791-1027691= the quantity of multi-mapping r…