RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具 正确鉴定特定条件之间的差异表达基因(DEG)是理解表型变异的关键.高通量转录组测序(RNA-Seq)已成为这些研究的主要选择. 因此,用于RNA-Seq数据的差异表达分析的方法和软件的数量也迅速增加. 但是,对于最合适的管道还是没有达成共识用于从RNA-Seq数据鉴定差异表达基因的方…

Differential expression analysis for paired RNA-seq data 抽象背景:RNA-Seq技术通过产生序列读数并在不同生物条件下计数其频率来测量转录本丰度. 为了鉴定两种条件之间差异表达的基因,重要的是要考虑实验设计以及数据的分布特性. 在许多RNA-Seq研究中,表达数据以多对获得,例如来自相同个体的治疗前和治疗后样品.我们寻求将配对结构纳入分析. 结果:我们提出了一个用于RNA-Seq数据的贝叶斯分层混合模型,以分别考虑变异性来自配对数据结构的…

Sensitivity, specificity, and reproducibility of RNA-Seq differential expression calls RNA-Seq差异表达调用的灵敏度 特异性 重复性 抽象背景:MAQC / SEQC联盟最近编制了一个关键基准,可用于测试微阵列和RNA-seq表达谱分析工具的最新发展.这些客观基准是基础研究和应用研究所需,对临床和监管结果至关重要.超越原始SEQC研究中提出的第一次比较,我们在此提出包括效果的扩展基准常见实验的典型优势.…

本文转自:https://www.mssqltips.com/sqlservertip/1917/performance-analysis-using-sql-server-2008-activity-monitor-tool/ Problem While looking through the new features and improvements in SQL Server 2008 Management Studio (SSMS) we found a potentially inte…

To enable user-defined extended attributes for ext3 file systems (i.e. device), use: tune2fs -o user_xattr /dev/device Alternatively, extended attributes for a file system can be enabled at mount time, as in: mount /dev/device /path/to/cache -o user_…

最近太忙,又有一段时间没写东西了. pca是机器学习中一个重要的降维技术,是特征提取的代表.关于pca的实现原理,在此不做过多赘述,相关参考书和各大神牛的博客都已经有各种各样的详细介绍. 如需学习相关数学理论,请移驾.T_T 简单说一下pca的实现,首先对于一个矩阵X,我们计算X·XT,显然这个一个半正定矩阵,可以做特征值分解,然后取出k个最大的特征值及其对应的特征向量就可以表达整个原矩阵.若X·XT=p-1Λp,因为p是单位矩阵,所以p-1=pT,即X·XT=p-1·Λ1/2·(p-1·Λ1/…

1.基因分析 --Using standard microbiome reference groups to simplify beta-diversity analyses and facilitate independent validation 使用标准微生物组参考组来简化β多样性分析并促进独立验证 --Grouper: graph-based clustering and annotation for improved de novo transcriptome analysis Gro…

RNA Sequencing 选择其他单元: RNA Sequencing 国内领先的转录组定序基地 Transcriptome Sequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录体(transcriptome)及基因序列,可以用于研究物种基因结构和基因功能.选择性剪接和新的转录序列(transcript)预测等.针对转录体定序研究,与全基因体定序研究一样,可分为两种类型:一种未知参考序列  (No Referenece Genome)的物种转录体定序:另…

Created by Dennis C Wylie, last modified on Jun 29, 2015 Machine learning methods (including clustering, dimensionality reduction, classification and regression modeling, resampling techniques, etc.), ANOVA modeling, and empirical Bayes analysis. Uns…

http://www.gene-quantification.de/liquid-biopsy.html Liquid Biopsy -- Definitions Liquid Biopsy -- reliable biomarkers Liquid Biopsy -- the role in cancer diagnostics Liquid Biopsy -- the role of Exosomes Biofluids Guidelines Liquid Biopsy Research P…