【R 绘制 GWAS 研究的 Manhattan 图】的更多相关文章

ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？

本文首发于“生信补给站”,ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考Bio|manhattan图 进行绘制. 由于Manhattan点太多,后期AI/PS修改的话难度有点大,如果可以“个性化”绘制的话那是极好的! 一 载入R包,数据 1)载入数据处理的tidyverse包,使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包#install.pac…

R绘制中国地图，并展示流行病学数据

流行病学的数据讲究“三间分布”,即人群分布.时间分布和空间分布.其中的“空间分布”最好是在地图上展示,才比较清楚.R软件集统计分析与高级绘图于大成,是最适合做这项工作了.关于地图的绘制过程,谢益辉.邱怡轩和陈丽云等人都早有文章讲述,开R地图中文教程之先河.由于目前指导毕业论文用到,因此研究了一下.本来因为网上教程很多,曾打消了写些文字的计划,但怡轩版主鼓励说“教程者众,整合者鲜”,所以才战胜拖延症,提起拙笔综述整合一下,并对DIY统计GIS地图提出了一点自己的想法. 1 地图GIS数据的来源与R…

绘制3D的托卡马克位形图的matlab脚本文件 ThreeD.m

% 绘制3D的托卡马克位形图, (V 0.1 by Jiale Chan for Y. H. Huang) % Dee Formula % 特征参数     rzero = 2.0;     rmax = 0.75;     eshape = 2.0;     xshape = 0.4; % 极向角与环向角     theta = linspace(0, 2*pi, 50);     phi = linspace(0, 1.3*pi, 50); % 将数据矩阵化     [phi_g, thet…

GWAS研究中case和control的比例是有讲究的？

GWAS研究中,表型分两种.第一种是线性的表型,如果身高.体重.智力等:第二种是二元的表型,比如患病和未患病,即通常所说的case和control.对于表型是线性的样本来说,是不存在case和control比例不平衡的情况的,但是对于表型是二元的样本,比如疾病和对照组(健康人群),case和control比例失衡,可能会出现N多的假阳性结果.具体看看下面的例子. 例子1:case和control比例在稍微正常的情况下,比如冠心病(coronaryartery disease,case:contr…

用R包中heatmap画热图

一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化 3)pheatmap(data…

用HTML5绘制的一个星空特效图

<!doctype html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>用HTML5绘制的一个星空特效图</title> <style> canvas{ display: block;border:1px dotted skyblue; } body{ font-family: 微软雅黑; } </style&…

用Python 绘制分布（折线）图

用Python 绘制分布(折线)图,使用的是 plot()函数. 一个简单的例子: # encoding=utf-8 import matplotlib.pyplot as plt from pylab import * # 支持中文 mpl.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] # 'mentioned0cluster', names = ['mentioned1cluster','mentioned2cluster', 'mentioned3clu…

Unity绘制圆和缓动雷达图

Unity绘制圆和缓动雷达图 之前在做UI模块的时候遇到过需要做雷达图的效果,所以简单复习了一下 关于网格绘制 我们都知道Unity绘制图形是通过Mesh网格添加顶点进行绘制,那么知道顶点信息后如何实现图形的绘制,就是由Graphic类来帮助我们实现.因此我们需要自定义一个类继承Graphic,然后重写其OnPopulateMesh方法,将其挂载到UI物体上. public class RadarMap : Graphic { protected override void OnPopulate…

C#绘制立体三维饼状图

转载自原文 C#绘制立体三维饼状图(超酷) 内容原文地址:LINK [翻译]Julijan Sribar著3D Pie Chart一个用于绘制立体三维饼状图的C#类库[简介]本文的想法就是创建一个独立的能够用于绘制立体三维饼状图的类库.首先,它看起来非常简单,因为,在Graphics 类中已经有了一个叫DrawPie 的方法.这个方法接收开始角度和展开角度作为参数,因此,看上去不再有什么其它的问题了.不过它实现的是一个平面的圆饼图,我需要的是一个三维的透视图:如果你也正需要这样的一个控件,这篇文…

使用highcharts绘制美观的燃尽图

使用highcharts绘制美观的燃尽图 助教在博客中介绍了两种绘制燃尽图的方法,但是我们组在使用时发现有些任务不适合写进issue,而且网站生成的燃尽图不是很美观,因此我们打算使用其他方法自己绘制燃尽图.经过简单调研,我们采用了highcharts来展现我们的燃尽图. demo与特点 我们的燃尽图demo如下: demo 我们的燃尽图具有以下特点: 1 交互性图表 利用highcharts的交互性,访问者可以和图表进行积极交互,获取更多有效信息,如下所示. 查询每日工作进度 比较任意几天的工作…