后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu…

后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT…

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA.miRNA等 4. snRNA.miRNA等结果的统计 1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 和microRNA 等不编码蛋白质的RNA,它们转录后直接在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能,并不需要翻译成蛋白质. 2. 软件 tRNA注释 一般用tRNAscan-SE,老牌软件…

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di…

一.GFF简介 GFF是仿QQ界面,通信基于SAEA.MessageSocket.SAEA.Http.SAEA.MVC实现包含客户端和服务器的程序,源码完全公开,项目源码地址:https://github.com/yswenli/GFF ,大家可以去我的github了解,欢迎follow,star与fork. GFF消息采用高性能基于IOCP模型的tcp实现,文件采用http实现,代码简洁,一目了然,非常适合想要了解聊天通信关键技术的朋友. 二.运行界面 GFF已实现了消息.表情.图片.截图等关…

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto…

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2…

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name…

Spring resource bundle多语言,单引号format异常 前言 十一假期被通知出现大bug,然后发现是多语言翻译问题.法语中有很多单引号,单引号在format的时候出现无法匹配问题.这个问题是由spring resource bundle 并调用MessageFormat引起的,根本原因是MessageFormat会转义单引号. 创建一个简单的多语言demo,重现异常 1.配置 @Bean public ResourceBundleMessageSource messageSo…

参考文章:http://www.liangshunet.com/ca/201303/218815742.htm 字符串之间的连接常用的两种是:“+”连接.string.format格式化连接.StringBuilder 连接 1.什么时候使用“+”连接呢? 待连接的字符串在6个以下,可以使用 + 连接 使用 + 连接最终会调用 String.Concat 方法,当同时连接几个字符串时,并不是每连接一个都分配一次内存,而是把几个字符都作为 String.Concat 方法的参数,只分配一次内存,如…