1.NCBI文件格式如下: 2.格式转换 (1) bas.h5 -> ccs source /share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/etc/setup.sh bash5tools.py --readType subreads --outType fasta /path/to/bas.h5 (2) bax.h5 -> ccs 需要各个文件进行转换并进行合并 source  /opt/smrtanalys…

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名为 m120729_040044_42134_c100384402550000001523033010171256_s1_p0.bas.h5 运行下面命令: h5dump -n m120729_040044_421…

h5文件格式,HDF 的版本 5(HDF 版本 5不与 HDF 版本 4 及早期版本兼容)．HDF是什么呢?就是Hierarchical Data Format,可以存储不同类型的图像和数码数据的文件格式,并且可以在不同类型的机器上传输,同时还有统一处理这种文件格式的函数库.大多数普通计算机都支持这种文件格式.美国国家高级计算应用中心(National Center for Supercomputing Application,NCSA)为了满足各种领域研究需求而研制的一种能高效存储和分发科学数…

ac命令根据/var/log/wtmp文件登录退出时间计算用户连接时间…

编写了一个遍历一个目录下所有的文件及文件夹,然后计算每个文件的字符和line的小程序,先把程序贴出来. #coding=utf-8 ''' Created on 2014年7月14日 @author: Administrator ''' import os import os.path rootdir =r'c:\python27\jiaoben' filefullnames=[] def traverse(rootdir,filefullnames): for parent,dirnames,…

Keras的模型是用hdf5存储的,如果想要查看模型,keras提供了get_weights的函数可以查看: for layer in model.layers: weights = layer.get_weights() # list of numpy array 而通过hdf5模块也可以读取:hdf5的数据结构主要是File - Group - Dataset三级,具体操作API可以看官方文档.weights的tensor保存在Dataset的value中,而每一集都会有attrs保存各网络…

利用Python 脚本生成 .h5 文件 import os, json, argparse from threading import Thread from Queue import Queue import numpy as np from scipy.misc import imread, imresize import h5py """ Create an HDF5 file of images for training a feedforward style tr…

HDF5 (.h5, .hdf5) HDF 是 Hierarchical Data Format(分层数据格式)的缩写 HDF 版本 5不与 HDF 版本 4 及早期版本兼容. HDF5 (.h5, .hdf5)—Wolfram 语言参考资料 https://reference.wolfram.com/language/ref/format/HDF5.html 利用matlab读取.h5文件内容 - doublechenchenchen的博客 - CSDN博客 https://blog.csdn…

Atitit .h5文件上传 v3 1. 上传原理1 2. V3版新特性1 3. Html1 4. Js2 5. uploadV2.js2 6. upServlet & FileUploadService {3 7. 注意::去除struts的干扰3 8. 参考4 1. 上传原理 FormData  + apache  io 2. V3版新特性 组件化 ,使用了obj_selector 修正v2版bug 范例 person_info_edit .html用户信息头像修改 3. Html <s…

Atitit .h5文件上传 1. 上传原理1 2. Html1 3. Js2 4. uploadV2.js2 5. upServlet & FileUploadService {3 6. 注意::去除struts的干扰3 7. 参考3 1. 上传原理 FormData  + apache  io 2. Html <script type="text/javascript" src="../com.attilax/io/uploadV2.js">…