技术背景 PDB(Protein Data Bank)是一种最常用于存储蛋白质结构的文件.而我们在研究蛋白质构象时,往往更多的是考虑其骨架,因此在很多pdb文件中直接去掉了氢原子.但是在我们构建蛋白质力场时,又需要用到这些氢原子.因此这个流程就变成了,在预测蛋白质构象时,不考虑氢原子,然后在力场构建的步骤去添加氢原子.由于氢原子的位置相对其连接的重原子来说,是相对比较固定的,而且最低能量位置也比较容易找到.因此常见的策略是,先在大致合理的位置补充上氢原子,再通过能量优化算法去优化氢原子的位置,使…

前言 算法一直是我的弱项,然而面试中基本是必考的项目,刚好上次看到一个HashMap的面试题,今天也来学习下 HashMap中的hash算法是如何实现的. 数学知识回顾 << : 左移运算符,num << 1,相当于num乘以2 低位补0 举例:3 << 2 将数字3左移2位,将3转换为二进制数字0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0011,然后把该数字高位(左侧)的两个零移出,其他的数字都朝左平移2位,最后在低位(右侧)的两个空位补零…

作为有个java程序员,我想大家对下面出现的这几个场景并不陌生,倍感亲切,深恶痛绝,抓心挠肝,一定会回过头来问为什么为什么为什么会这样,嘿嘿,让我们看一下我们日常在开发过程中接触内存溢出的异常: Exception in thread "main" [Full GCjava.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) at java.util.Arrays.copyO…

这篇文章我们继续从源码的角度学习 React JS 中的批量更新 State 的策略,供我们继续深入学习研究 React 之用. 前置文章列表 深入理解 React JS 中的 setState 从源码的角度再看 React JS 中的 setState 从源码的角度看 React JS 中批量更新 State 的策略(上) 1. batchingStrategy 策略 现在我们开始来看 batchingStrategy 的策略定义. 目前 React 中 batchingStrategy 的定…

在之前的文章「深入理解 React JS 中的 setState」与 「从源码的角度再看 React JS 中的 setState」 中,我们分别看到了 React JS 中 setState 的异步表现,并从源码的角度简单地了解了 React 中 setState 的设计结构以及原理. 这篇文章继上篇文章后,继续从源码的角度来了解 React 中对 State 批量更新策略的定义. 同样,源码的部分为了保证格式正常就直接截图了,查看源码点击对应的链接直接跳转至 GitHub 查看即可. 1.…

怎么查看CI的版本信息?想看某个项目中使用的CI具体是哪个版本,怎么查看?system\core\codeigniter.php中可以查看版本常量/** * CodeIgniter Version * * @var string * */ define('CI_VERSION', '3.1.4'); CodeIgniter 主要有 3 个版本:CodeIgniter 3(稳定版).CodeIgniter 4(开发版)和 CodeIgniter 2(旧版)CodeIgniter 3.xCodeIg…

深度挖坑:从数据角度看人脸识别中Feature Normalization,Weight Normalization以及Triplet的作用 周翼南 北京大学 工学硕士 373 人赞同了该文章 基于深度学习的人脸识别发展,从deepid开始,到今年(或者说去年),已经基本趋于成熟. 凡是基于识别的,总是离不开三个东西:数据,网络,以及loss. 数据方面, 目前的公开数据集中有主打类别数的MS_celeb_1M,有主打各种姿态角与年龄的VggFace2:也有一些主打高质量的数据集,像WebFac…

分布式数据库中的Paxos 算法 http://baike.baidu.com/link?url=ChmfvtXRZQl7X1VmRU6ypsmZ4b4MbQX1pelw_VenRLnFpq7rMvYfDDmg3Rg1Aw6YyobKozdN599x2sCiJNNHV_ Paxos算法是莱斯利·兰伯特(Leslie Lamport,就是 LaTeX 中的"La",此人现在在微软研究院)于1990年提出的一种基于消息传递的一致性算法.这个算法被认为是类似算法中最有效的. 中文名 Paxo…

STL笔记(6)标准库:标准库中的排序算法 标准库:标准库中的排序算法The Standard Librarian: Sorting in the Standard Library Matthew Austern http://www.cuj.com/experts/1908/austern.htm?topic=experts 用泛型算法进行排序    C++标准24章有一个小节叫“Sorting and related operations”.它包含了很多对已序区间进行的操作,和三个排序用泛型…

ACM 中常用的算法有哪些?作者: 张俊Michael 网络上流传的答案有很多,估计提问者也曾经去网上搜过.所以根据自己微薄的经验提点看法. 我ACM初期是训练编码能力,以水题为主(就是没有任何算法,自己靠动脑筋能够实现的),这种题目特点是麻烦,但是不难,30-50道题目就可以了. 然后可以接触一下基础的算法,我感觉搜索方向的比较不错,可以解决很多问题,深搜,广搜,然后各种剪枝能力的锻炼. 搜索感觉不错了就可以去看看贪心,图论,和动态规划方向的了.图论有最短路径,最小生成树,网络流,拓扑排序等等…

javascript 中合并排序算法 详解 我会通过程序的执行过程来给大家合并排序是如何排序的...  合并排序代码如下: <script type="text/javascript"> function merge(left,right) { var result=[]; while(left.length>0&&right.length>0) { if(left[0]<right[0]) result.push(left.shift()…

关于堆,我们肯定熟知的就是它排序的时间复杂度在几个排序算法里面算是比較靠上的O(nlogn)常常会拿来和高速排序和归并排序讨论,并且它还有个长处是它的空间复杂度为O(1), 可是STL中没有给我们提供像vector, deque, stack, queue之类的数据结构供我们使用.但在C++STL中却提供了一些列的算法,让我们依然能够使用堆,比方make_heap(), push_heap(), pop_heap(), sort_heap().今天就来论论这几个算法,在介绍上述算法之前先引入两个…

openssl简单介绍 openssl是一个功能丰富且自包括的开源安全工具箱.它提供的主要功能有:SSL协议实现(包括SSLv2.SSLv3和TLSv1).大量软算法(对称/非对称/摘要).大数运算.非对称算法密钥生成.ASN.1编解码库.证书请求(PKCS10)编解码.数字证书编解码.CRL编解码.OCSP协议.数字证书验证.PKCS7标准实现和PKCS12个人数字证书格式实现等功能. openssl採用C语言作为开发语言,这使得它具有优秀的跨平台性能.openssl支持Linux.UNIX.…

HashMap中哈希算法的关键代码 //重新计算哈希值 static final int hash(Object key) { int h; return (key == null) ? 0 : (h = key.hashCode()) ^ (h >>> 16);//key如果是null 新hashcode是0 否则 计算新的hashcode } //计算数组槽位 (n - 1) & hash HashMap的细节我们不谈,只看这个哈希算法的细节(h = key.hashCode…

目录 R语言构建蛋白质网络并实现GN算法 1.蛋白质网络的构建 2.生物网络的模块发现方法 3.模块发现方法实现和图形展示 4.附录:igraph中常用函数 参考链接 R语言构建蛋白质网络并实现GN算法 1.蛋白质网络的构建 我们使用与人类HIV相关的蛋白质互作数据hunam-HIV PPI.csv来构建这个蛋白质互作网络. 在R中,我们可以从存储在R环境外部的文件读取数据.还可以将数据写入由操作系统存储和访问的文件. R可以读取和写入各种文件格式,如:csv,excel,xml等. 想要读取c…

<看图轻松理解数据结构和算法>,主要使用图片来描述常见的数据结构和算法,轻松阅读并理解掌握.本系列包括各种堆.各种队列.各种列表.各种树.各种图.各种排序等等几十篇的样子. 关于LSM树 LSM树,即日志结构合并树(Log-Structured Merge-Tree).其实它并不属于一个具体的数据结构,它更多是一种数据结构的设计思想.大多NoSQL数据库核心思想都是基于LSM来做的,只是具体的实现不同.所以本来不打算列入该系列,但是有朋友留言了好几次让我讲LSM树,那么就说一下LSM树. LS…

Java中的经典算法之冒泡排序(Bubble Sort) 神话丿小王子的博客主页 原理:比较两个相邻的元素,将值大的元素交换至右端. 思路:依次比较相邻的两个数,将小数放在前面,大数放在后面.即在第一趟:首先比较第1个和第2个数,将小数放前,大数放后.然后比较第2个数和第3个数,将小数放前,大数放后,如此继续,直至比较最后两个数,将小数放前,大数放后.重复第一趟步骤,直至全部排序完成. 举例说明:要排序数组:int[] arr={6,3,8,2,9,1}; 第一趟排序: 比较,6大于3,交换位置…

Java中的查找算法之顺序查找(Sequential Search) 神话丿小王子的博客主页 a) 原理:顺序查找就是按顺序从头到尾依次往下查找,找到数据,则提前结束查找,找不到便一直查找下去,直到数据最后一位. b) 图例说明: 原始数据:int[] a={4,6,2,8,1,9,0,3}; 要查找数字:8 找到数组中存在数据8,返回位置. 代码演示: import java.util.Scanner; /* * 顺序查找 */ public class SequelSearch { publ…

Java中的经典算法之选择排序(SelectionSort) 神话丿小王子的博客主页 a) 原理:每一趟从待排序的记录中选出最小的元素,顺序放在已排好序的序列最后,直到全部记录排序完毕.也就是:每一趟在n-i+1(i=1,2,…n-1)个记录中选取关键字最小的记录作为有序序列中第i个记录.基于此思想的算法主要有简单选择排序.树型选择排序和堆排序.(这里只介绍常用的简单选择排序) b) 简单选择排序的基本思想:给定数组:int[] arr={里面n个数据}:第1趟排序,在待排序数据arr[1]~a…

STL中有很多算法,这些算法可以用到一个或多个STL容器(因为STL的一个设计思想是将算法和容器进行分离),也可以用到非容器序列比如数组中.众多算法中,查找算法是应用最为普遍的一类. 单个元素查找 1. find() 比较条件为元素是否相等的查找: template <class InputIterator, class T> InputIterator find (InputIterator first, InputIterator last, const T& val); 2.fi…

不同于其它的机器学习模型,EM算法是一种非监督的学习算法,它的输入数据事先不需要进行标注.相反,该算法从给定的样本集中,能计算出高斯混和参数的最大似然估计.也能得到每个样本对应的标注值,类似于kmeans聚类(输入样本数据,输出样本数据的标注).实际上,高斯混和模型GMM和kmeans都是EM算法的应用. 在opencv3.0中,EM算法的函数是trainEM,函数原型为: bool trainEM(InputArray samples, OutputArray logLikelihoods=n…

在opencv3.0中,提供了一个ml.cpp的文件,这里面全是机器学习的算法,共提供了这么几种: 1.正态贝叶斯:normal Bayessian classifier    我已在另外一篇博文中介绍过:在opencv3中实现机器学习之:利用正态贝叶斯分类 2.K最近邻:k nearest neighbors classifier 3.支持向量机:support vectors machine    请参考我的另外一篇博客:在opencv3中实现机器学习之:利用svm(支持向量机)分类 4.决…

Java中的排序算法(2) * 快速排序 * 快速排序使用分治法(Divide and conquer)策略来把一个序列(list)分为两个子序列(sub-lists). * 步骤为: * 1. 从数列中挑出一个元素,称为 "基准"(pivot), * 2. 重新排序数列,所有元素比基准值小的摆放在基准前面,所有元素比基准值大的摆在基准的后面(相同的数可以到任一边).在这个分割之后,该基准是它的最后位置.这个称为分割(partition)操作. * 3. 递归地(recursive)把…

STL中的所有算法(70个)----9种类型(略有修改by crazyhacking) 参考自: http://www.cppblog.com/mzty/archive/2007/03/14/19819.html http://hi.baidu.com/dinglinbin/blog/item/887e7c30c12e429ba9018e30.html STL算法部分主要由头文件<algorithm>,<numeric>,<functional>组成.要使用 STL中的…

源:关于中值滤波算法,以及C语言实现 1.什么是中值滤波? 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘少受模糊. 中值滤波可以过滤尖峰脉冲.目的在于我们对于滤波后的数据更感兴趣.滤波后的数据保留的原图像的变化趋势,同时去除了尖峰脉冲对分析造成的影响. 以一维信号的中值滤波举例.对灰度序列80.120.90.200.100.110.70,如果按大小顺序排列,其…

在IOS中使用DES算法对Sqlite 数据库进行内容加密存储并读取解密 涉及知识点: 1.DES加密算法: 2.OC对Sqlite数据库的读写: 3.IOS APP文件存储的两种方式及读取方式. 以下是各个知识点的讲解: 1.DES算法详述 DES算法把64位的明文输入块变為64位的密文输出块,它所使用的密钥也是64位,其功能是把输入的64位数据块按位重新组合,并把输出分為L0.R0两部分,每部分各长32位,其置换规则见下表: 58,50,12,34,26,18,10,2,60,52,44,3…

<?php //php中的冒泡排序算法 //从大到小的排序方式 ,$arr[$j]>$arr[$j+1](这里换成了从小到大的排序方式) $arr=array(); $arr=array(0,41,12,33,4,15,26,7,8,89); $length=count($arr); //得到数组的总长度 for($i=0;$i<$length;$i++){ for($j=0;$j<$length-$i;$j++){ if($arr[$j]<$arr[$j+1]){ $tmp…

在这一篇开篇之前,我需要解决一个问题,上一篇我们实现了基于FPGA的均值滤波算法的实现,最后的显示效果图上发现有一些黑白色的斑点,我以为是椒盐噪声,然后在做基于FPGA的中值滤波算法的实验时,我发现黑白斑点并没有消除,中值滤波本来是可以很好的滤掉椒盐噪声,所以说这里并不是椒盐噪声,最后经过我仔细的检查,终于明白了问题的所在.我所使用的Xilinx这款开发板的晶振为125Mhz,串口模块我使用前面设计好的代码,输入时钟为50Mhz,产生的接收完成标志信号也就是一个50Mhz的时钟周期,我这里将接收…

之前在<浅谈移动平台创新玩法>简单的猜测了easyar中使用的图像识别算法,基于图片指纹的哈希算法的图片检索 .后再阿里引商大神的指点下,意识到图片检测只适用于静态图片的识别,只能做AR脱卡(不进行图像追踪),简单地说就是如果图片有角度翻转,光线明暗的变化都会改变图片自身的指纹哈希值,无法做到跟踪识别.那要如何进行跟踪识别呢? 引商的指点:我们用的是akaze,整个匹配流程采用的是基于特征提取加kmeans树求近似最近邻匹配的算法,然后再对匹配到的关键点对求单应性映射,最后根据inlier点集…

本文转自:STL中的排序算法 1. 所有STL sort算法函数的名字列表: 函数名    功能描述 sort   对给定区间所有元素进行排序 stable_sort 对给定区间所有元素进行稳定排序 partial_sort 对给定区间所有元素部分排序 partial_sort_copy    对给定区间复制并排序 nth_element 找出给定区间的某个位置对应的元素 is_sorted               判断一个区间是否已经排好序 partition     使得符合某个条件的元…