在分析数据时,经常会有许多机械重复的命令带入,作为一个半路出家的程序猿,我曾经对这种工作束手无策.不像一个熟手那样举重若轻的分析,感觉自己的生信分析完全是个体力活.为了打开这样的局面,我开始学习如何批量处理这些文件名格式差不多的文件. work_dir=/home/genomics/data/rice/variantcalling reference=/home/genomics/data/rice/ref-database/***** bwa_dir=$work_dir/resourses/a…

首先把pip-.tgz 安装包放在 /usr/local 下面,按照顺序先安装pip,再安装python.不要先安装或只安装python,否则很容易出错, cat >>pip-python.sh<<EOF #!/bin/bash func1(){ yum -y groupinstall "Development tools" [ $? -eq ] && yum -y install zlib-devel bzip2-devel openssl-d…

SQL Server 数据库中除了能执行基本的SQL语句外,也可以执行Shell脚本.默认安装后,SQL中的Shell脚本的功能是关闭的,需要手动打开, 执行以下脚本即可打开该功能. -- 允许配置高级选项(1:允许 0:禁止) GO -- 重新配置 RECONFIGURE GO -- 启用xp_cmdshell(1:启用 0:禁用) GO --重新配置 RECONFIGURE GO 在本地系统C盘根目录下常见一个测试文件,123.txt,内容为:你好,我好,大家好. 在SQL Server查询…

通过shell脚本替换属性文件中的某行记录 假设有如下属性文件 demo.properties user.name=test user.password=123456 ............................... 需求:先需要通过shell 脚本将 user.name 和 user.password 的value值替换为实际需要的用户名和密码, 将可以通过如下方式实现: sed -i "s#^user.name=.*#user.name=用户名#g"  path/de…

本文为博主原创,转载请注明出处: 最近在进行压测,为了观察并定位服务性能的瓶颈,所以在代码中很多地方加了执行耗时的日志,但这种方式只能观察,却在压测的时候,不太能准确的把握代码中某些方法的性能,所以想到写一个脚本,用来统计所加的日志中的平均耗时,最大耗时,最小耗时等等,这需要保证每行日志都是唯一的,代码中添加日志的方式如下: 为了便于验证,写了一个简单的日志文件 console.log ,内容如下: [root@iZ2ze10u5v2hhw1ezi52suZ shell]# cat consol…

Shell按行读取文件的方法有很多,常见的三种方法如下: 要读取的文件: [root@mini05 -]# cat file.info 写法一: [root@mini05 -]# cat read1.sh #!/bin/bash ################ Version Info ################## # Create Date: -- # Author: zhang # Mail: zhang@xxx.com # Version: 1.0 # Attention: 按行…

Windows下有软件FindDupFile,可以搜索指定目录及其下子目录,列出所有内容完全相同的文件(文件名可能不同),然后由用户选择删除重复的文件. 然而shell脚本却可以使用几行的命令完成与此相同的工作,借助windows下的shell脚本工具Cygwin,可以实现扫描Windows下的目录,原理简述如下: 1.首先借助find命令扫描文件夹下类型为普通文件的所有文件,find命令的输出是一行一个文件 2.对find找到的所有文件进行MD5校验,校验命令为md5sum files,输出文…

今天在编写微服务程序启动脚本的时候,遇到一个比较奇葩的问题,下面给出具体描述: 目标:通过读取maven插件打包时生成的pom.properties文件,获取里面的应用名称和应用版本号,然后拼接得到serviceName-version.jar格式的jar包名称,从而通过java -jar -xx..  jarPath的方式启动 遇到的问题:通过shell脚本读取pom.properties文件时,由于其key-value格式分行存储,在linux中获取到的value值最后有一个\r参数(可以通…

需求说明 最近在AIX上做开发,开发机器在office网段,测试机器在lab网段,不能互相通讯,只能通过特定的ftp来传文件. 每次上传的机器都要做:登录ftp,进入我的目录,上传:下载的机器都要做:登录ftp,进入我的目录,下载.以上动作每天都要做几十次,很蛋疼. 这个shell脚本的功能就是完成这些功能:登录ftp,进入我的目录,上传/下载某些文件.要传入一个参数,这个参数如果是“get”,那就从ftp下载:如果是“put”,那就上传到ftp. 因为从来没有用过shell脚本,所以将一些关键…

今天把这段时间学习完shell后完成工作上的一个小案件整理了一下,分享给大家! 说来也巧了,作为一个刚刚毕业半年的菜鸟,进入公司后,听公司的大牛推荐学习linux--”鸟哥的私房菜“,基本上是从去年8月份开始到了今年的1月份,基本上是把基础篇看完了,开始了解shell脚本的相关知识.刚好公司有了一个shell脚本的案件给我了,时间上也没有多紧.然后就一边学习一边开始做,虽然中途客户反映先前的业务逻辑有问题耽搁了两周,但总算是到最后完成了,自己学习的东西能用到很开心,今天闲了,把代码整理了一下,分…