套路 这通常就是基因组组装后的必做分析,通过比较基因组学的手段进行分析,可以知道所研究物种在进化过程中哪些核心基因家族发生了变化,从而导致了其特殊的适应性机制的形成. 参考: Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein. – Nature Communication 基因家族收缩和扩张分析 青稞适应性强系正向选择…

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function).生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义. 基因本体论,用于蛋白的功能分类! Gene Ontology可分为分子功能(Molecular Function),生物过…

train loss与test loss结果分析 train loss 不断下降,test loss不断下降,说明网络仍在学习; train loss 不断下降,test loss趋于不变,说明网络过拟合; train loss 趋于不变,test loss不断下降,说明数据集100%有问题; train loss 趋于不变,test loss趋于不变,说明学习遇到瓶颈,需要减小学习率或批量数目; train loss 不断上升,test loss不断上升,说明网络结构设计不当,训练超参数设置不…

前序的链接:元组关系演算 六. 蕴含式 ===>1. 什么是“蕴含式”===>设p.q为两个命题.复合命题“如果p,则q”称为p与q的蕴含式,记作p→q,并称p为蕴含式的前件,q为后件.定义中规定p→q为假当且仅当p为真q为假. 或许有同学会问:我发现这个“蕴含式”好像我们高中时所学的“命题”.自信一点,把“好像”去掉,只不过“蕴含式”比高中时所学的“命题”的范围更广一些. 2. “蕴含式”的意义 ===>不难发现,“蕴含式”的逻辑关系为:q是p的必要条件,p是q的充分条件.也就是说诸如…

*{ font-family: STFangSong; outline: none; } 蕴含式 一.蕴含式基础 (Ⅰ)什么是"蕴含式" 设p.q为两个命题.复合命题"如果p,则q"称为p与q的蕴含式,记作p→q,并称p为蕴含式的前件,q为后件.定义中规定p→q为假当且仅当p为真q为假. 或许有同学会问:我发现这个"蕴含式"好像我们高中时所学的"命题".自信一点,把"好像"去掉,只不过"蕴含式&q…

概念梳理 GBDT的别称 GBDT(Gradient Boost Decision Tree),梯度提升决策树.     GBDT这个算法还有一些其他的名字,比如说MART(Multiple Additive Regression Tree),GBRT(Gradient Boost Regression Tree),Tree Net等,其实它们都是一个东西(参考自wikipedia – Gradient Boosting),发明者是Friedman. 研究GBDT一定要看看Friedman的pa…

SudokuSolver 2.1 程序实现 在 2.0 版的基础上,2.1 版在输出信息上做了一些改进,并增加了 runtil <steps> 命令,方便做实例分析. CQuizDealer 类声明部分的修改 class CQuizDealer { public: ... void run(ulong tilsteps = 0); ...private: ... enum {RET_PENDING, RET_WRONG, RET_SHRUNKEN, RET_OK}; ... inline vo…

描述 MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落(细菌,古细菌,真核细胞和病毒)的组成的计算工具.从版本2.0,MetaPhlAn还能够确定具体的菌株(在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下),并跟踪跨越样品菌株的所有物种. MetaPhlAn 2依靠〜1M唯一的特定分支,标记基因(标记信息文件可以在SRC / utils的/ markers_info.txt.bz2或在这里找到)从〜17000的参考基因组鉴定(〜13500细菌和古细菌,3500〜病毒,和…

1.摘要 摘要:我们提出了CAFE(计算分析基因家族进化),这是一个统计分析基因家族进化规模的工具.它使用随机的出生和死亡过程来模拟一个系统发育过程中基因家族大小的进化.对于一个特定的系统发育树,并给定现存物种的基因家族大小,CAFE可以估计全局基因家族的出生率和死亡率,推断所有内部节点上最可能的基因家族大小,确定基因加速损益率的家庭(用并确定哪些分支导致p值较小重要的家庭.) 2. INTRODUCTION 对全基因组和单基因家族的分析揭示了家族规模的巨大变化,即使是对全基因组和单基因家族的分…

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因…