Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule technologies 文章链接:专业版" PacBio 遇到 BioNano" (三代测序那些事儿 第十二期) 前两天发表在Nature Mehtods一篇联合PacBio与BioNano数据组装人类基因组的文章在行业里引起了不小的震动(这其实也不是PacBio在动植物组装中的第一次表现了),大家惊讶的发现,原来大型…

10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在illumina平台上进行测序,从而实现长片段的测序.其基本原理是同一长片段的reads会具有同样的标签,称为linked-reads,利用这些barcode的信息,可将短reads拼接为长reads.这样的linked-reads可进行结构变异检测及单倍型定相的分析. 总结:10X Genomics…

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS…

今天被人问起如何看懂三代的下机数据,虽然解决了别人的问题,但感觉自己还是没有搞透. 基本的目录结构: |-- HG002new_O1l_BP_P6_021315b_MB_100pM | |-- D01_1.c60e446d-f276-41fc--ffa937e22683.tar.gz | |-- D01_2.19ee4f13-c420---cb1da56beccd.tar.gz | |-- D01_3.94e34f0a-eef3-4b71-8f1b-c9790dec647e.tar.gz | |…

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装.long insert library; preprocessed; Overlap-Layout-Consensus algorithm 混合de novo组装.combination of PacBio and short read d…

http://en.wikipedia.org/wiki/ARM_architecture ARM architecture     ARM architectures The ARM logo Designer ARM Holdings Bits 32-bit or 64-bit Introduced 1985 Design RISC Type Register-Register Branching Condition code Open Proprietary 64/32-bit archi…

HDFS Architecture HDFS Architecture(HDFS 架构) Introduction(简介) Assumptions and Goals(假设和目标) Hardware Failure(硬件失效是常态) Streaming Data Access(支持流式访问) Large Data Sets(大数据集) Simple Coherency Model(简单一致性模型) "Moving Computation is Cheaper than Moving Data&q…

PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio的拿手好戏,因为它这么贵(貌似是二代的10倍),但它的核心优势就是长,还有无偏向性:这在科研上可就立马变成香饽饽了,现在用纯二代技术根本就发不了基因组的文章了,稍微高端点的分析都会用上三代的技术. Fully characterize g…

HDFS Architecture HDFS Architecture(HDFS 架构) Introduction(简介) Assumptions and Goals(假设和目标) Hardware Failure(硬件失效是常态) Streaming Data Access(支持流式访问) Large Data Sets(大数据集) Simple Coherency Model(简单一致性模型) “Moving Computation is Cheaper than Moving Data”(…

对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域,还是会有很多的区域覆盖不到,而这些区域正是发挥调控功能的非编码基因区域,近年来,非编码功能的研究越来越多,如果拼接出来的基因组上缺少这部分序列,无法进行后续的研究: 而且由于测序读长的限制和拼接算法的原因,对于重复序列,GC异常区域,会存在组装错误,甚至组装不出来: 三代测序,其长读长和无GC偏好性…