药物动力学|肿瘤药物基因组研究的策略|OMIM database|PharmGKB

生命组学同义突变虽然不改变蛋白质种类,但是影响量,修饰的稳定性. SNP vs mutation SNV单核苷酸变化,mutation,SNP是从群体角度思考的,约有1%,mutation比SNP还低. Alleles and genotype 多种效应叠加比孟德尔遗传出现的概率高. 依据SNP将人群分开,分别用药,研究不同人群(不同变异)对该药物的反应. 疗效研究药物靶点,药物动力学研究药物代谢途径. ====================================== 药物动力学…

Nature 为引，一文看懂个体化肿瘤疫苗前世今生

进入2017年,当红辣子鸡PD-1疗法,一路横扫多个适应症.而CAR-T治疗的“小车”在获得FDA专委会推荐后也已经走上高速路,成为免疫治疗又一里程碑事件.PD-1.CAR-T之后,下一个免疫治疗产品又将花落谁家? 7月初,Nature同期发表2项临床试验结果,突然引爆个性化肿瘤疫苗热点,新技术是横空出世吗?还是有三生三世,十里桃花早已播种? Nature 为引,本文让你一文看懂,解读个体化肿瘤疫苗前世今生,窥探未来发展. 个性化肿瘤疫苗星火早现,顶级联盟成立只为攻关克难 7月5…

Mol Cell丨吕志民团队揭示琥珀酰化介导的肿瘤细胞氧化应激调控新机制

蛋白质琥珀酰化修饰 (succinylation) ,作为赖氨酸酰化修饰家族的重要一员,于2011年由芝加哥大学赵英明教授团队在Nature Chemical Biology 发文被首次报道,并被评为该杂志创刊10年39篇精品论文之一 [1].随后,关于琥珀酰化的调控酶系统(转移酶writer和去修饰酶eraser)和生物学功能也有了越来越多的报道.如浙江大学转化医学研究院吕志民教授课题组在Nature发文,首次发现了组蛋白琥珀酰化修饰的转移酶--KAT2A,可以调节组蛋白H3K79位点琥珀酰化…

Anatomy of a Database System学习笔记 - 存储管理

使用裸设备,还是使用文件系统? 描述 pros cons 裸设备顺序读磁盘快比随机要快10-100倍,DB比OS更懂磁盘负载,因此很多DB是直接管理数据块如何存放的. DB对裸设备的管理,比文件系统成熟得早,加上性能高,以及可忽略文件系统之间的差异,写裸设备也是推荐的. 要求DBA给DB划分整个磁盘: 同时裸设备接口随OS不同而不同,因此阻碍了商业化DB使用此方式: 最后裸设备不支持raid.san.nas.随着时间迁移,裸设备的优势已经不明显了. 文件系统创建一个大文件,通过文件偏移量…

肿瘤基因组学数据库终结者：cBioPortal---转载

转载自:http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1000479.html 随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,特别是像The Cancer Genome Atlas(TCGA).International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成,积累了大量的基因组学数据,这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山,同时也产生了各种各样的数据库以…

Sci Adv | 上科大水雯箐/胡霁/钟桂生脑蛋白质组学研究揭示抑郁行为的新调控因子

大脑是生物体内结构和功能最复杂的组织.近年来蓬勃发展的脑蛋白组学研究是绘制大脑功能分子图谱.全面理解大脑生理病理机制的必经途径.跨膜蛋白家族在突触信号传递和神经可塑性调节中扮演重要角色,许多跨膜蛋白与精神类疾病和神经退行性疾病的发生发展密切相关.然而对动物组织中跨膜蛋白家族的组学解析仍面临巨大的技术挑战,限制了跨膜蛋白家族的深入认识. 上海科技大学iHuman研究所.生命科学与技术学院水雯箐课题组长期发展生物质谱技术,应用于G蛋白偶联受体(GPCR)的配体筛选与功能蛋白质组学研究,促进新结构.新…

【5】肿瘤DNA甲基化数据分析原理及流程

目录导论 DNA甲基化基本概论检测DNA甲基化的方法 DNA甲基化数据分析流程及方法 DNA甲基化在肿瘤研究中的应用导论表观遗传:非DNA决定的基因表达,或表型改变中可遗传因素的研究 DNA水平:甲基化(胞嘧啶(二代测序为主)5mC,腺嘌呤(三代为主)6mA,羟甲基化 RNA水平:甲基化,ncRNA 染色质水平:组蛋白修饰(甲基化/乙酰化/磷酸化/泛素化),核小体定位,染色质重塑和构象 DNA甲基化被广泛的应用与表观遗传生物的标志 DNA甲基化基本概论 DNA甲基化广泛存在:胚胎发育时期…

Python金融行业必备工具

有些国外的平台.社区.博客如果连接无法打开,那说明可能需要"科学"上网量化交易平台国内在线量化平台: BigQuant - 你的人工智能量化平台 - 可以无门槛地使用机器学习.人工智能开发量化策略,基于python,提供策略自动生成器镭矿 - 基于量化回测平台果仁网 - 回测量化平台京东量化 - 算法交易和量化回测平台聚宽 - 量化回测平台优矿 - 通联量化实验室 Ricequant - 量化交易平台况客 - 基于R语言量化回测平台 Factors - 数库多因子量化平台…

NGS概念大科普（转）

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的…

Web信息架构——设计大型网站（第3版）（久负盛名经典再现，信息架构设计领域基石之作！）

Web信息架构——设计大型网站(第3版)(久负盛名经典再现,信息架构设计领域基石之作!) [美]]Peter Morville(彼得·莫维尔) Louis Rosenfeld(路易斯·罗森菲尔德) 著陈建勋译 ISBN 978-7-121-21533-9 2013年10月出版定价:99.00元 540页 16开编辑推荐在由Wiki.Folksonomy及Mashup所构成的后Ajax化的Web 2．0世界中,精心设计的信息架构显得格外重要.你该如何向众人展现大量的信息,从而使他们能迅…

Apache Spark技术实战之7 -- CassandraRDD高并发数据读取实现剖析

未经本人同意,严禁转载,徽沪一郎. 概要本文就 spark-cassandra-connector 的一些实现细节进行探讨,主要集中于如何快速将大量的数据从cassandra 中读取到本地内存或磁盘. 数据分区存储在 Cassandra 中数据的一般都会比较多,记录数在千万级别或上亿级别是常见的事.如何将这些表中的内容快速加载到本地内存就是一个非常现实的问题.解决这一挑战的思路从大的方面来说是比较简单的,那就是将整张表中的内容分成不同的区域,然后分区加载,不同的分区可以在不同的线程或进程中加…

突破XSS字符数量限制执行任意JS代码

一.综述有些XSS漏洞由于字符数量有限制而没法有效的利用,只能弹出一个对话框来YY,本文主要讨论如何突破字符数量的限制进行有效的利用,这里对有效利用的定义是可以不受限制执行任意JS.对于跨站师们来说,研究极端情况下XSS利用的可能性是一种乐趣:对于产品安全人员来说,不受限制的利用的可能是提供给开发人员最有力的证据,要求他们重视并修补这些极端情况下的XSS漏洞. 突破的方法有很多种,但是突破的思想基本都一样,那就是执行可以控制的不受限制的数据. 二.突破方法 2.1 利用HTML上下文中其他可以…

写给Python初学者的设计模式入门

有没有想过设计模式到底是什么?通过本文可以看到设计模式为什么这么重要,通过几个Python的示例展示为什么需要设计模式,以及如何使用. 设计模式是什么? 设计模式是经过总结.优化的,对我们经常会碰到的一些编程问题的可重用解决方案.一个设计模式并不像一个类或一个库那样能够直接作用于我们的代码.反之,设计模式更为高级,它是一种必须在特定情形下实现的一种方法模板.设计模式不会绑定具体的编程语言.一个好的设计模式应该能够用大部分编程语言实现(如果做不到全部的话,具体取决于语言特性).最为重要的是,设计模…

Oracle rman 命令详解

一.list常用命令总结备忘 list命令列出控制文件.RMAN恢复目录中备份信息, 是我们对所有可见的数据库备份文件的一个最直观的了解的方法 list incarnation; list backup summary; list backup of database summary; list backup of tablespace summary; list backup of datafile n,n summary; list archivelog all…

Python模块探秘之smtplib,实现纯文本邮件的发送

今天学到了如何使用Python的smtplib库发送邮件,中间也是遇到了各种各样的错误和困难,还好都一一的解决了.下面来谈一谈我的这段经历. 配置你的邮箱为什么要配置邮箱呢?具体要配置什么呢? 因为我们申请的一些免费邮箱都是默认不开启smtp/pop协议的. SMTP是发邮件使用到的计算机网络中应用层协议中的一个:而POP则是收邮件时使用到的计算机网络中的应用层协议的其中一个.这都是理论性的知识了,上过计算机网络这门课的想必都知道,就不多说了. 配置就是要开启这项服务.否则我们就不能实现用Py…

Android进阶(十七)AndroidAPP开发问题汇总(一)

首先来看一下猎头公司对于Android方向人才招聘的需求: 猎头公司推荐------资深Java软件工程师(Android方向) 岗位职责: 1.熟悉Java语言,熟悉B/S开发的基本结构 2.能运用JavaScript进行网页的脚本编程 3.能熟练运用jsp进行动态网页的开发,熟悉基于TOMCAT平台下的开发. 3.熟悉ORACLE.MySQL数据库.熟悉数据库设计. 6.有面向对象编程的经验. 7.熟悉网络结构和通用协议,有通讯协议(TCP/IP HTTP)编程经验的优先. 岗位要求: 1…

Java版InfluxDB工具类

InfluxDB工具类 package com.influxdb.test; import java.util.Map; import org.influxdb.InfluxDB; import org.influxdb.InfluxDBFactory; import org.influxdb.dto.Point; import org.influxdb.dto.Point.Builder; import org.influxdb.dto.Query; import org.influxdb.d…

CABaRet: Leveraging Recommendation Systems for Mobile Edge Caching

CABaRet:利用推荐系统进行移动边缘缓存本文为SIGCOMM 2018 Workshop (Mobile Edge Communications, MECOMM)论文. 笔者翻译了该论文.由于时间仓促,且笔者英文能力有限,错误之处在所难免:欢迎读者批评指正. 本文及翻译版本仅用于学习使用.如果有任何不当,请联系笔者删除. 本文作者包含4位,Savvas Kastanakis@University of Crete and FORTH, Greece:Pavlos Sermpezis@FOR…

EF CodeFirst系列（1)---CodeFirst简单入门

1.什么是CodeFirst 从EF4.1开始,EF可以支持CodeFirst开发模式,这种开发模式特别适用于领域驱动设计(Domain Driven Design,大名鼎鼎的DDD).在CodeFirst模式中,我们不再先创建数据库,然后在程序中创建对应的类:CodeFirst开发模式中我们只关注应用程序的域(Domain)直接开始创建类,EF会根据我们创建的类自动生成数据库. CodeFirst的工作流程如下所示: 使用CodeFirst模式进行开发时,我们的开发流程是:创建/修改领域类--…

spring boot +RabbitMQ +InfluxDB+Grafara监控实践

本文需要有相关spring boot 或spring cloud 相关微服务框架的基础,如果您具备相关基础可以很容易的实现下述过程!!!!!!! 希望本文的所说对需要的您有所帮助从这里我们开始进入闲聊阶段. 大家都知道 spring boot整合了很多很多的第三方框架,我们这里就简单讨论和使用性能监控和JVM监控相关的东西.其他的本文不讨论虽然有些关联,所以开篇有说需要有相关spring boot框架基础说了这么多废话,下面真正进入主题. 这里首先给大家看下整体的数据流程图,其中两条主线一条…

ERP行业内幕看了这五个问题全懂了

ERP系统是现代企业实现信息化管理的必经之路.但很多管理人员或已经在用ERP的人员,其实并不太懂ERP系统是什么意思,有哪些好处等,导致实际使用过程中经常大材小用,或者“英雄无用武之地”.所以,为了更好的用好这把企业经营管理的利器,在ERP系统选型或使用之前,有必要了解一下这些基本常识. 一.什么是ERP系统?ERP系统是什么意思? ERP系统是企业资源计划(Enterprise Resource Planning)的简称,是指建立在信息技术基础上,集信息技术与先进管理思想于一身,以系统化的管理…

突破XSS字符限制执行任意JS代码

突破XSS字符限制执行任意JS代码一.综述有些XSS漏洞由于字符数量有限制而没法有效的利用,只能弹出一个对话框来YY,本文主要讨论如何突破字符数量的限制进行有效的利用,这里对有效利用的定义是可以不受限制执行任意JS.对于跨站师们来说,研究极端情况下XSS利用的可能性是一种乐趣:对于产品安全人员来说,不受限制的利用的可能是提供给开发人员最有力的证据,要求他们重视并修补这些极端情况下的XSS漏洞. 突破的方法有很多种,但是突破的思想基本都一样,那就是执行可以控制的不受限制的数据. 二.突破方法…

HDFS架构设计

原文:http://hadoop.apache.org/docs/r2.6.4/hadoop-project-dist/hadoop-hdfs/HdfsDesign.html 介绍 HDFS是个分布式文件系统,包含几个特点(区别于普通分布式文件系统):高容错.高吞吐.高容错可以使得系统部署在廉价硬件上,而高吞吐则非常适合做大规模数据集的应用. 假设和目标硬件失效硬件失效是常态而不是特例.一个HDFS集群可能包含了成百上千的服务器,每个都会存储文件系统的部分数据.而大量的组件就会导致组件出错的…

一年25个里程碑！免疫疗法“战胜”癌症，靠的是实力(5篇Science、6篇Nature )--转载

近几年,免疫疗法的成功使癌症治疗进入了新的时代.无论是科研界,还是商业界,都丝毫没有掩饰对这一领域的热情.2016年,Cell杂志公布的年度十大最佳论文中,免疫疗法占两席.事实上,这两项成果只是去年癌症免疫疗法重要突破进展中的“冰山一角”. 刚刚过去的2016年,科学家们在Cell.Nature.Science.NEJM等杂志上发表了大量研究进展,揭露了肿瘤细胞“对抗”免疫细胞攻击背后的不同机制,开发了一系列新型免疫疗法(如调节胆固醇等),找到了癌症免疫疗法只对部分患者有效的多项证据,发现了可用…

量化投资策略：常见的几种Python回测框架（库）

量化投资策略:常见的几种Python回测框架(库) 原文地址:http://blog.csdn.net/lawme/article/details/51454237 本文章为转载文章.这段时间在研究量化策略方向,研究了Zipline一段时间,但是后续发现他仅支持美国股票,收集量化策略文章,转载到博客中. 在实盘交易之前,必须对量化交易策略进行回测.在此,我们评价一下常用的Python回测框架(库).评价的尺度包括用途范围(回测.虚盘交易.实盘交易),易用程度(结构良好.文档完整)和扩展性(速度快…

针对Quant的Python快速入门指南

作者:用Python的交易员 (原创文章,转载请注明出处) 最近有越来越多的朋友在知乎或者QQ上问我如何学习入门Python,就目前需求来看,我需要写这么一篇指南. 针对整个vn.py框架的学习,整体上有两条不同的路线: 有经验的Quant学习如何使用Python语言来做策略和交易程序的开发(编程语言是学习重点) 有经验的程序员学习如何将自己的编程知识和经验应用在量化研究和策略开发上(金融量化是学习重点) 我自己本身是金融工程硕士,毕业后也是从Quant入行,所以这篇指南主要针对的是第一条路线,…