SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图创建时的内存消耗,解决了contig组装时的重复区域的问题,增加了scaffold组装时的覆盖度和长度,改进了gap closing,更加适用于大型基因组组装. (SOAPdenovo是为了组装大型植物和动物基因组而设计的,同样也适用于组装细菌和真菌,组装大型基因组大小如人类时,可能需要150G内存…

1.SOAPDenovo配置文件示例 软件下载安装和使用:http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html asm.cfg #maximal read lengthmax_rd_len= [LIB] avg_ins=450 #if sequence needs to be reversed reverse_seq=0 #in which part(s) the reads are used asm_flags=3 #use only first 100 bp…

背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi…

配置文件中的=号两边不能有空格,否则会报错 SOAPdenovo-63mer_v2.0 all -s TongJiN2.config -p 25 -K 63 -d 1 -R  -F -o Lily_2 1>ass.log 2>ass.err -s config file -o prefix of output file name -K kmer size -p number of cpu to use -d no larger than this value will be deleted -…

BioInf-Wuerzburg/proovread - Github 主要是来解读 proovread 发表的文章,搞清楚它内在的原理. Proovread,这个工具绝对没有你想的那么简单,它引入了很多局部模型,而且在总体设计上也是很有眼光的. 原文:proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through iterative short read consensus 摘要 动机:目前边合成边测序的二代技术占主导,虽然准,但太…

索引 1.统计fasta.fa和fastq文件的长度,统计fastq的reads个数,单个reads长度,reads总长度:统计fasta文件中contig的个数,列出名称,单条的长度,以及总长度. 2.1局部组装:创建目录,将比对好的reads按100k为单位,用samtools切,并用awk工具提起reads,分别存放在对应文件夹内 2.2局部组装:用得到的reads_name,去原始的下机reads里提取reads序列 2.3局部组装:使用canu/soapdenovo按窗口组装 基本套路…

0. 该软件原理 它以kerm为节点单位,利用de Bruijn图的方法实现全基因组的组装.何为de Bruijn............... contig 的构建过程: (1)选取初始Kmer, 满足两个条件. ①给定阈值,min_read_num, 出现在几条reads上面: ②Kmer出现在reads的第一位,就可以开始参与拼接:如图2-4. 表中,Kmer为4, reads长12,出现在5条reads上 (2)选取后继Kmer 满足一下条件: ①后继Kmer的前k-1个碱基与当前Kme…

(组装方面):SOAPdenovo ,因为采用de Bruijn graph algorithm算法和stepwise strategy ,所以排错能力高,所以我们获得高质量数据. de Bruijn graph algorithm算法???? reads到contig :多个reads比对,比对后reads之间有重叠(overlap)区,拼接获得的序列称为Contig. contig到scaffold:把mate-pair得到的用于确立位置的短reads和insert组合,将原本孤立的cont…

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长     DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业.测序技术的应用也扩展到了生物.医学.制药.健康.农林.园艺.花卉.环保.法医等许多领域,并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业.据最新统计,2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿,按最近几年增长速度,预计2017年市场产值将加倍.因此可以说,基因测序在我国生物科技领域具有非常重要的战略意义.        “第三代测序技术”的…

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因…