DNA比对算法:BWT BWT算法,实质上是前缀树的一种实现.那么什么是前缀树呢? 一.前缀树 对于问题p in S?如果S=rpq,那么p为S前缀rp的一个后缀. 于是,为了判断p in S 是否成立,我们找到S的所有前缀,然后逐一判断p是不是它们的后缀.为了加快效率,我们将所有的前缀建成一颗树,这棵树便是前缀树.下面,我们举例说明前缀树的建立过程和如何使用前缀树进行模式匹配. 前缀树的建立 假设S='acaacg',p='aac',那么我们首先找到S的所有前缀,如下 a ac aca aca…

Repeated DNA Sequences All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all…

1445 变色DNA 基准时间限制:1 秒 空间限制:131072 KB 分值: 40 难度:4级算法题 有一只特别的狼,它在每个夜晚会进行变色,研究发现它可以变成N种颜色之一,将这些颜色标号为0,1,2...N-1.研究发现这只狼的基因中存在一个变色矩阵,记为colormap,如果colormap[i][j]='Y'则这只狼可以在某一个夜晚从颜色i变成颜色j(一晚不可以变色多次),如果colormap[i][j]=‘N’则不能在一个晚上从i变成j色.进一步研究发现,这只狼每次变色并不是随机变的…

题目链接:http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1560 DNA sequence Time Limit: 15000/5000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 2999    Accepted Submission(s): 1462 Problem Description The twenty-first centu…

场景:从很长的字符串(输入字符串.DNA)中搜索大量固定字符串(字典.基因) 题目:Determining DNA Health | HackerRank 算法:Aho–Corasick algorithm - Wikipedia 实现:zjffun/ahocorasick.js: Just a JS implementation of Aho–Corasick algorithm.…

一.Needleman-Wunsch 算法 尼德曼-翁施算法(英语:Needleman-Wunsch Algorithm)是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法.这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一.该算法是由 Saul B. Needlman和 Christian D. Wunsch 两位科学家于1970年发明的.本算法高效地解决了如何将一个庞大的数学问题分解为一系列小问题,并且从一系列小问题的解决方法重建大问题的解决方法的过程.该算法也被称为优化匹配算法…

首先是昨天在北京大学oj网上看到一个简单的算法题目,虽然简单,但是如何完成一段高效.简洁.让人容易看懂的代码对于我这个基础不好,刚刚进入计算机行业的小白来说还是有意义的.而且在写代码的过程中,会发现自己平时学习中不会发现的问题,所以想写下这个博客,主要是便于自己对算法的理解. 来,上题. DNA Sorting Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 91599   Accepted: 36781 Descript…

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对. 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm. 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对 转载请保留出处! 贴上python代码: # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Nov 25 18:20:01 2017 @autho…

DNA binding motif比对算法 2012-08-31 ~ ADMIN 之前介绍了序列比对的一些算法.本节主要讲述motif(有人翻译成结构模式,但本文一律使用基模)的比对算法. 那么什么是基模么?基模是对DNA结合位点的一种描述.它有几种描述方式,一种是共同序列(consensus sequences)一种是位点倾向距阵(Position Specific Frequency Matrices(PSFM))而对于PSFM,有两种表示方式,一种叫PCM,一种叫PFM,前者是Positi…

这题比较简单,重点应该在如何减少循环次数. package practice; import java.io.BufferedInputStream; import java.util.Map; import java.util.Scanner; import java.util.TreeMap; /** * DNA sorting * * @author caiyu * @date 2014-11-5 */ public class POJ1007 { public static void m…