10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在illumina平台上进行测序,从而实现长片段的测序.其基本原理是同一长片段的reads会具有同样的标签,称为linked-reads,利用这些barcode的信息,可将短reads拼接为长reads.这样的linked-reads可进行结构变异检测及单倍型定相的分析. 总结:10X Genomics…

生物信息学 Cell theory:7个要点 All known living things are made up of one or more cells. All living cells arise from pre-existing cells by division. The cell is the fundamental unit of structure and function in all living organisms. The activity of an organi…

生命组学-药物基因组学 精准医学的内容有个人全基因组测序,移动可穿戴设备,它可以实时监测,深度学习模型预测疾病,对疾病预测做到有效.安全和可控. 药物基因组学就是研究疾病.化合物和靶点之间的关系,关键是找到能控制疾病的蛋白质结合腔. 遗传性疾病可通过家系研究,非遗传性疾病可通过GWS找突变位点,基于突变情况找治疗方法.SBI是结构生物学与药物分子设计与生信相结合的学科. 药物制造的传统问题是不知道潜在的药物靶标,针对某一症状而不是疾病,广泛测试得到小分子,最后再调整基团,效率极低. 现代的药物基…

单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了. 有些人可能会误会,觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析,跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别.今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据在数据分析和计算上的挑战(虽然已经过去1年多了,这里指出的问题和挑战仍然是不过时的,至于这些问题和挑战现在是不是完美解决了,这里就暂且先不讨论了.). 主要说了以下问题: 1. 单细胞RNA测序 (single cell RNA…

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…

Canu Quick Start Canu Quick Start PBcR (老版的canu) CA Canu specializes in(专门从事) assembling PacBio or Oxford Nanopre sequences. Canu will correct the reads, then trim suspicious regions(修剪可疑区域) (such as remaining SMRTbell adapter), then assemble the cor…

比对 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from McCarroll laboratory). Reads were aligned to the ENSEMBL release 84Mus musculusgenome. 10x Genomics data was processed using the same pipeline as for…

单细胞RNA测序技术之入门指南 [字体: 大 中 小 ] 时间:2018年09月12日 来源:生物通   编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RNA-seq)来检测样本中的所有RNA转录本,以发现新型RNA…

文章亮点: 按level来管理和分析数据,文章有不同stage,每个stage有不同subtype,这应该是一个真tree,而不只是一个进化树,文章里出现最多的进化树把所有的stage都整合了. 空间归类和taxonomy的工作,mapped cell types spatially and derived a hierarchical, data-driven taxonomy 神经元按解剖单元和递质类型归类:Neurons were the most diverse and were gro…

单细胞测序 单细胞基因组学 测量理由是单细胞的时间空间特异性. Gene expression&co-expression 比较正常cell与疾病cell,正常organ与疾病organ,看出偏差. 分离单细胞,破碎细胞,RNA逆转录,测量cDNA. Eg:BAC扩增,可以实现bias很小的的genome,genome质量高. Eg:对sperm cell进行single cell, Eg:oocyte与sperm结合后,可以对过程中丢弃的部分进行single cell. 如果父源或母源中任何一…