#!/usr/bin/python import re import sys import gzip change={'A':'T','T':'A','C':'G','G':'C','N':'N'} CODE = { 'GCA' : 'A', 'GCC' : 'A', 'GCG' : 'A', 'GCT' : 'A', 'TGC' : 'C', 'TGT' : 'C', # Cysteine 'GAC' : 'D', 'GAT' : 'D', # Aspartic Acid 'GAA' : 'E…

#!/usr/bin/python import re def readfa(l): col={} arr =[] sca ='' li = open(l) for line in li: if re.match(r'>(\w*)',line): match = re.match(r'>(\w*)',line) sca = match.group(1) col[sca]=arr arr =[] else: without = re.sub(r'\n',"",line) ar…

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di…

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA.miRNA等 4. snRNA.miRNA等结果的统计 1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 和microRNA 等不编码蛋白质的RNA,它们转录后直接在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能,并不需要翻译成蛋白质. 2. 软件 tRNA注释 一般用tRNAscan-SE,老牌软件…

生命组学 按照功能分类遗传物质,可能的分类有系统流.操作流.平衡流等等.下面是使用该理论解释DNA与RNA的关系: DNA和RNA有很大不同,DNA存储遗传信息,作为生命活动的最内核物质,如同操作系统内核一样,因而被称为系统流.依据中心法则得到的翻译得到RNA,RNA再翻译成蛋白质,蛋白质用于生命活动,所以RNA是随着生命活动不断转移和改变的,故被称为操作流.为了满足不同生命活动的需要,RNA变得比DNA灵活许多.但是DNA作为遗传物质的内核,必须保证一定的稳定性,否则生物形态就不可能在一段时间…

Blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较: Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较,可以寻找较远的关系: Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对,对分析新序列和EST很有用: Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列(双链)按不同的阅读框进行比对,对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用…

介绍 sqoop是一款用于hadoop和关系型数据库之间数据导入导出的工具.你可以通过sqoop把数据从数据库(比如mysql,oracle)导入到hdfs中:也可以把数据从hdfs中导出到关系型数据库中.sqoop通过Hadoop的MapReduce导入导出,因此提供了很高的并行性能以及良好的容错性. sqoop适合以下的人群使用: 系统和应用开发者 系统管理员 数据库管理员 数据分析师 数据工程师 支持的版本 本文档是依据sqoop v1.4.6翻译的.目前最新的版本是sqoop2,变化有点…

一.前言 在MSDN上看到一篇关于SQL Server 表分区的文档:已分区索引的特殊指导原则,如果你对表分区没有实战经验的话是比较难理解文档里面描述的意思.这里我就里面的一些概念进行讲解,方便大家的交流. SQL Server 解读[已分区索引的特殊指导原则](1) 二.解读 [对唯一索引进行分区] “对唯一索引(聚集或非聚集)进行分区时,必须从唯一索引键使用的分区依据列中选择分区依据列.此限制将使 SQL Server 只调查单个分区,以确保表中不存在重复的新键值.如果分区依据列不可能包含在…

生命的基本过程是从DNA转录成mRNA,再翻译成蛋白质发挥功能.DNA就像一张绝密的密码图,不能随意被移动,只能被锁在细胞核里.要想知道这些密码,只能像复印一样,将密码图复印到mRNA上,由它们把这些密码带到细胞质中进一步加工成蛋白质,让蛋白质发挥生物学功能.由于这些蛋白质是由mRNA所编码的,因此我们称这些mRNA为编码RNA:相反,那些不编码蛋白质的RNA被称为非编码RNA. 长期以来,非编码RNA以及被认为是基因组上的Junk或"暗物质",然而,随着2001年人类基因组测序的完成…

标题效果:给一些词.和几个句子,当且仅当句子可以切子可以翻译词典,这意味着该子将被翻译. 找到最长前缀长度可以被翻译. 思维:使用Trie树阵刷.你可以刷到最长的地方是最长的字符串可以翻译到的地方. PS:在BZOJ上Trie竟然比AC自己主动机快.我的渣代码都刷到第一篇了.. . CODE: #include <cstdio> #include <cstring> #include <iostream> #include <algorithm> using…

高中学生物的时候关于遗传学的部分,记得当时的教材上为了简化处理一般将基因型定义为AA, Aa, aa.其实这种抽象的理解对应付高考是很有用的,但是实际应用中如果还这样理解那么便会产生一些疑问.之所以会产生这样的抽象,原因是早期并不知道双螺旋DNA是遗传物质,就更不提什么中心法则和DNA测序了.然而当时非常有慧根的孟德尔先生他通过豌豆杂交实验发现了著名的孟德尔遗传定律.所以当早期人们对于遗传学的分子机制还没有那么深刻的认识的时候,就简单的将基因型与表型结合起来理解,所以前面提到的 AA,Aa(显性…

NCBI淘汰序列GI - 使用Accession.Version代替! 截至2016年9月,被称为“GI”的整数序列标识符将不再包括在NCBI支持的序列记录的GenBank,GenPept和FASTA格式中.FASTA标题将进一步简化,以便仅报告国际序列数据库协作(INSDC)和NCBI参考序列(RefSeq)项目管理的登录的序列登录号和记录标题. 当NCBI进行此转换时,我们鼓励具有依赖于GI的工作流的任何用户开始计划使用accession.version标识符.2016年9月之后,任何完全依…

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA…

SNP问题大集锦 [2017-01-19]       最近小编对基因检测很感兴趣,也跟风去测了一下,这一测不要紧,吓得小编几天没睡着觉,这不,检测报告上称小编的减肥能力弱,虽然小编一家都是胖子,唯有小编一个瘦子,原本以为是基因发生了突变,然并卵,是未到时候...... 难过之后小编恢复了理智,凭什么你说小编减肥能力弱,小编表示不服,仔细读了报告后发现,原来是这些SNP位点搞的鬼,又是SNP! 话说小编最近收到许多关于SNP的问题,现整理如下: 1.什么是SNP? 单核苷酸多态性(single…

在JVM中,内存分为两个部分,Stack(栈)和Heap(堆).这里,我们从JVM的内存管理原理的角度来认识Stack和Heap,并通过这些原理认清Java中静态方法和静态属性的问题. 一般,JVM的内存分为两部分:Stack和Heap. Stack(栈)是JVM的内存指令区.Stack管理非常easy,push一定长度字节的数据或者指令.Stack指针压栈相应的字节位移:pop一定字节长度数据或者指令,Stack指针弹栈.Stack的速度非常快,管理非常easy,而且每次操作的数据或者指令字节…

过程说明: 1)产品部依据需求设计出原型图和需求文档. 2)产品部和需求方与技术一起过一遍需求. 这样能够让需求方确认需求:和所參与的技术(设计部,制作部,php,測试部等)对要设计的产品有一个大致的了解. 3)设计部依据原型图设计出高效的psd图. 4)制作部依据psd切图:设计出html页面和交互的弹框等前端. 5)php依据原型图和需求文档设计出表结构和数据处理模型.这个过程是和设计部和制作部门并行的. 6)php将html页面制作成模板. 将数据处理模型填充进去. 7)php自測一遍.…

文献名:Down-Regulation of a Male-Specific H3K4 Demethylase, KDM5D, Impairs Cardiomyocyte Differentiation 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年12月 IF:3.78 单位:Shahid Beheshti医科大学等 一.概述: 除了决定性别,Y染色体上的基因充分表达对转录.翻译和蛋白质稳定性必不可少.本文作者观察到Y染色体上的KDM5D基因及其X染色体…

Augustus指南 官方 Tutorial Index Augustus是一个真核生物基因预测软件,目前有网页服务端和本地版,它基于Hidden-Markov Model(隐马尔科夫链模型HMM)(一个不错的HMM介绍博客)的预测方法,因此需要一个已经研究清楚的物种进行training(学习)之后再对新物种进行prediction(预测),用于trainning的物种应该和需要预测的物种具有较近的亲缘关系 特点:官方介绍 目录 Augustus指南 官方 Tutorial Index Inpu…

我将从成本分析.制程分析.用户体验三个方面来回答楼主的问题.GFF的触摸屏从字面上翻译过来,就是一层玻璃cover,两层film构成的触摸屏.其中,玻璃cover作为整个手机的coverlens,从外部保护设备,而两层film是作为ITOsensor来实现触控的.OGS是将手机的ITOsensor直接和coverlens整合到一起,一个玻璃就完成了所有的设计. 所以从成本分析上,我个人认为少了两层ITO film,OGS的物料成本会略低于GF,但ITO-film的成本也不贵,我暂且认为这两种触摸…

  Emacs 快速指南 目录 1. 小结(SUMMARY) 2. 基本的光标控制(BASIC CURSOR CONTROL) 3. 如果 EMACS 失去响应(IF EMACS STOPS RESPONDING) 4. 被禁用的命令(DISABLED COMMANDS) 5. 窗格(WINDOWS) 6. 插入与删除(INSERTING AND DELETING) 7. 撤销(UNDO) 8. 文件(FILE) 9. 缓冲区(BUFFER) 10. 命令集扩展(EXTENDING THE CO…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 翻译 翻译机器的组成 mRNA tRNA aminoacyl tRNA synthetase ribosome 一.信使RNA 1.多肽链是由可读框决定的 含有多个ORF的mRNA叫多顺反子 只有1个ORF的mRNA叫单顺反子 2.原核细胞mRNA具有核糖体结合位点,可以募集翻…

题意 题目描述 小Q是一个热爱学习的人,他经常去维基百科学习计算机科学. 就在刚才,小Q认真地学习了一系列位运算符,其中按位异或的运算符\(\oplus\)对他影响很大.按位异或的运算符是双目运算符.按位异或具有交换律,即\(i \oplus j = j \oplus i\). 他发现,按位异或可以理解成被运算的数字的二进制位对应位如果相同,则结果的该位置为\(0\),否则为\(1\),例如:\(1(01) \oplus 2(10) = 3(11)\). 他还发现,按位异或可以理解成参与运算的数…

译者注: 我有逛豆瓣社区的习惯,因此不经意间会看到一些外文翻译成中文书的评价."书是好书,翻译太臭"."中文版别看"."有能力尽量看原版"...在翻译PP-OCR的时候,我有认真校对每一句话,但难免有一些歧义在里头,比如 Ablation study of PACT quantization for text recognition. 可以有两种解读: PACT量化在文本识别上的消融研究 用于文本识别的PACT量化消融研究 其实按照语法第二种会更…

概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作者采用串联质谱数据匹配DNA翻译得到氨基酸序列的方法,在仅有810 kb 大小的细菌基因组上直接鉴定开放阅读框(open reading frame,ORF),验证并补充.修订了约10%的ORF.后来这种质谱数据结合DNA 和RNA 数据的分析方法被应用到注释病毒基因组.原核生物基因组以及真核生物基因组. 本…

书籍出处:https://www.packtpub.com/web-development/django-example 原作者:Antonio Melé (译者注:翻译完第一章后,发现翻译第二章的速度上升了不少,难道这就是传说中的经验值提升了?) 第二章 使用高级特性来优化你的博客 在上一章中,你创建了一个基础的博客应用.现在你将要改造它成为一个功能更加齐全的博客,利用一些高级的特性例如通过email来分享帖子,添加评论,给帖子打上tag,检索出相似的帖子.在本章中,你将会学习以下几点: 使用…

上一篇,我们顺利将 6502 指令翻译成 C 代码,并演示了一个案例. 现在,我们来完成最后的目标 -- 转换成 JavaScript. 中间码输出 我们之所以选择 C,就是为了使用 LLVM.现在来看看,生成的 LLVM 中间表示: 不难看出,顺序执行的逻辑都在一个 label 中,跳转则用 br 符号. 这种风格,和我们之前讨论的指令切割非常相似.一个 label 块,正好翻译成一个 block_xxx 的 JS 函数. 所以,理论上翻译成 JS 并不困难,写一个 LLVM backend…

官方原文地址:https://redis.io/topics/cluster-tutorial  水平有限,如果您在阅读过程中发现有翻译的不合理的地方,请留言,我会尽快修改,谢谢.        这是一篇对Redis集群的入门介绍,这里不会使用复杂难懂的分步式系统概念.这里提供的指导有集群 的安装.测试,和操作,不函盖Redis集群规范中的细节,而只是站在用户的角度来描述系统的行为方式.      这个教程试图从最终用户角度,以简单易懂的方式来讲解Redis集群高可用性和一至性的特点.    …

这篇文章站在GUI设计师的角度概述了APP从项目启动到切片输出的过程,相当于工作流程的介绍.这里写的不是一种规范,只是一种工作方法,加上技术的更新是非常快的,大家在具体工作中,一定要灵活运用. 这里我们只说iOS系统下的设计,至于Android,因为尺寸太多,涉及的东西比较乱.1 Part 1 项目立项 文件结构 项目名称v1.0 -> 01_源文件psd 02_效果图jpg 03_标注图png 04_标注源文件 05_切片资源png 原型.rar 工具: 界面设计:PS, AI 标注:PxCo…

这篇教程的前半部分被翻译出来很久了,我也是通过这个教程学会的IOS自动布局.但是后半部分(即本篇)一直未有翻译,正好最近跳坑翻译,就寻来这篇教程,进行翻译.前半部分已经转载至本博客,后半部分即本篇.学习IOS自动布局的朋友可以看看.自动布局很强大. 转载请注明来源:http://www.cnblogs.com/zer0Black/p/3977288.html 作者:zer0Black 这篇教程绝对的最好的学习IOS自动布局的文章,没有之一 原文地址:Beginning Auto Layout T…

微软的Entity Framework 受到越来越多人的关注和使用,Entity Framework7.0版本也即将发行.虽然已经开源,可遗憾的是,国内没有关于它的书籍,更不用说好书了,可能是因为EF版本更新太快,没人愿意去花时间翻译国外关于EF的书籍.使用Entity Framework开发已经有3年多了,但用得很肤浅,最近想深入学习,只好找来英文书<Entity Framework 6 Recipes>第二版,慢慢啃.首先需要说明的是,我英文不好,只是为了学习EF.把学习的过程写成博客,一…