annovar提供三种注释方式 一,基于基因的注释 给定变异,看变异是否影响编码蛋白的改变 支持基因定义系统:RefSeq genes, UCSC genes, ENSEMBL genes, GENCODE genes, AceView genes, or many other gene definition systems. 二.基于区域的注释 看变异是否在基因组的特定区域 三.基于过滤的注释 看变异是否在特定数据库中,如dbSNP annotate_variation.pl 主程序 tabl…

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面…

刚接触IOS开发时,发现XCODE非常的强大的,后续的代码实践中发现XOCDE的代码文档注释非常的差, 每次都要用手敲,蛋疼至极: 随着不断学习发现XCODE有代码片段内嵌一说(如:for .block.coreData),并且可以自定义自己的代码片段,忽然联想到自己可以生成一个代码注解片段,随便百度下真有这么干的: 下面是我简单写的代码注释片段,直接复制拖入到CODE Snippet Library中,使用的时候直接拖入到你的方法上!OVER! #pragma mark -<#descript…

首先,前往github上下载工程源代码. 然后,编译VVDocumenter工程. 重启xcode. 然后,只要在你自己的工程中要加入注释的方法前面输入“///”,一切搞定. 很好很强大.…

1:Xcode 8之后 Goodbye World In Xcode 8, Apple integrated a comment documentation generator plugin, which is built on top of VVDocumenter. Now this project is proud to be a part of Apple. It means you could just use the shortcut (⌥ Option + ⌘ Command +…

Sublime在进行前端开发时非常棒,当然也少不了众多的插件支持,DocBlocker是在Sublime平台上开发一款自动补全代码插件,支持JavaScript (including ES6), PHP, ActionScript, Haxe, CoffeeScript, TypeScript, Java, Apex, Groovy, Objective C, C, C++ and Rust.等众多语言 虽然DocBlocker可以进行代码自动补全,但默认的补全代码却没有作者,时间等信息,导致我…

基因组注释工具ANNOVAR是一款非常好用的注释软件,功能强大,输出数据简单美中不足就是对于非人类物种来说UI不够完善,因此总结一下整个注释的过程,帮助别人快乐自己. 首先我们需要明确我们需要的数据和软件: 数据包括: all.gff3 #MSU的v7.0版本组装的注释文件 all.con #基因组序列 这样就是所有的输入文件了,现在我们列举一下需要用到的软件: gffread #gff3 to gtf gtfToGenePred #gtf to genePred (建库需要的文件) annov…

WGS和WES测序和分析会产生大量的variant数据. 显然直接分析全部的variant是非常不靠谱的. 做疾病的话,有一些常用的过滤套路. variant作用于基因表达主要分两大类: 1. coding,可以直接影响RNA的形成,以及后面蛋白的折叠组装: 2. non-coding,现在最流行的就是enhancer这个媒介,已经有比较好的结果了. 过滤的必要性 首先GWAS已经做了,要理解GWAS产生了哪些结果,GWAS的局限性在哪? Our previous meta-analysis o…

http://blog.xcodev.com/blog/2013/11/01/code-comment-and-doc-gen-tools-for-objc/ 代码注释可以让代码更容易接受和使用,特别是在大型项目合作开发或模块开发中.Objective-C中也有一些很方便的注释插件和文档生成工具.本文推荐两个开源软件:VVDocumenter注释工具和appledoc文档生成工具. VVDocumenter 首先推荐一个Xcode插件VVDocumenter,它可以让我们在代码中快捷的插入通用的…

文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq…