Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc…

首先在这里先感谢我们[Bio生信学习交流群]的群友和创建此群的群主[陈博士后]. 今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions. 步骤: 第一步,打开你的基因组数据bim文件(Plink格式),随便找一个SNP,如下图. 第二步,复制选中位点的rs编号(上图黄色框内容),然后打开NCBI网站,选中SNP选项,将位点的rs编号黏贴进去,点即查询. 第三步,查看查询结果中的位置信息,下图蓝色标记.根据图一,我们数据中rs1260143位点的位置信息…

本书是Eric Evans对他自己写的<领域驱动设计-软件核心复杂性应对之道>的一本字典式的参考书,可用于快速查找<领域驱动设计>中的诸多概念及其简明解释. 其它本系列其它文章地址: [译文]Domain Driven Design Reference(一)—— 前言 Ⅰ.让模型起作用 领域驱动设计是一种开发复杂软件的方法: 1.专注核心领域. 2.探索领域从业者和软件从业者的创造性协作模式. 3.在一个明确的限界上下文内讲通用语言. DDD的三点总结依赖于本手册定义的术语来定义.…

1. 官方网址 https://software.broadinstitute.org/gatk/ 2. 下载Latest version: 3.7 3. FileZilla 上传至服务器,解压 tar jxvf GenomeAnalysisTK-3.6.tar.bz2 4. 测试是否安装成功 安装成功!!…

Skip Headers Oracle Global Finanicals Oracle Global Financials Technical Reference Manual Release 11i       European Region (EMEA) Flexfields European flexfields are included in the setup and transaction windows of Oracle General Ledger, Payables, an…

most from reference Kotlin与C#和Gosu类似,提供了扩展一个新功能的类,而不必继承类或使用任何类型的设计模式,如Decorator(装饰者模式).这是通过称为扩展的特殊声明完成的.Kotlin支持扩展功能和扩展属性. 扩展功能 要声明一个扩展函数,我们需要一个接收器类型(即被扩展的类型)作为其名称的前缀.以下是为MutableList扩展的swap功能: fun MutableList<Int>.swap(index1: Int, index2: Int) { va…

1. For the Impatient # Download bwakit (or from <http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/> manually) wget -O- http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwakit/bwakit-0.7.15_x64-linux.tar.bz2/download \ | gzip -dc | tar xf - # Genera…

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具. 网址:http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page 前段时间刚发布了2.x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http://www.br…

Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-online 因为基因组不是独一无二的,同时人类基因组可以组为参考数据,所以最近这些年涌现了脊椎动物的基因数据,所以我们可以利用比较基因组学获得生物学各方面的内在机制,以此来预测和调节疾病. 两种方式获得人类基因组:方式一:多级策略:(IHGSC)工程量巨大(因为工程量巨大,所以急需的测序技术(新且造价低)),使用了BAC克隆同时高coverage(准确率…