准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX…

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include…

将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n"…

seqtk 的 GitHub 官网 https://github.com/lh3/seqtk 安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqtk make The only library dependency is zlib.…

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)…

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas…

之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta…

Unit06: 文件操作--File . 文件操作-- RandomAccessFile java.io.FileFile的每一个实例是用来表示文件系统中的一个文件或目录 package day06; import java.io.File; /** * java.io.File * File的每一个实例是用来表示文件系统中的一个 * 文件或目录 * 使用File可以: * 1:访问文件或目录的属性信息 * 2:操作文件或目录(创建,删除) * 3:访问一个目录的子项 * 但是不能: * 访问文…

问题描述:         Unix无缓冲文件操作函数.文件信息查询 问题解决:        struct stat 结构体信息: 具体代码: 具体源文件:…

一.简述 File 文件类,主要对文件进行相关操作.常用的File操作有:文件(夹)的创建.文件(夹)的删除,文件的读入和下载(复制)等: 二.文件(夹)的创建和删除 1.创建过程 实例: //create a new File @Test public void testCreateFile(){ File m=new File("E://file"); //創建文件夾 //判断文件夹存在否 if(!m.exists()){ m.mkdir(); //创建文件夹 } File f=n…