转载:庐州月光 http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6907733.html 三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了,而是换成了hdf5 格式,在做三代数据的分析之前,有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下:https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式,它相对其他的文件格式,肯定是有很多的优点,这里就不一一列举了,最值得我们关注的是,在这种格式中,数据是如何储存的. 对于hdf…

三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了,而是换成了hdf5 格式,在做三代数据的分析之前,有必要先搞清楚hdf5 这种文件格式; 官网的链接如下:https://support.hdfgroup.org/HDF5/ HDF5 是一种灵活的文件储存格式,它相对其他的文件格式,肯定是有很多的优点,这里就不一一列举了,最值得我们关注的是,在这种格式中,数据是如何储存的. 对于hdf5 文件中的数据存储,有两个核心概念: 1)group 和 dataset dataset 代表数据集,一个文件当中…

转自:http://blog.csdn.net/lqhbupt/article/details/7828827 1.HDR简介HDR的全称是High-DynamicRange(高动态范围).在此,我们先解释一下什么是DynamicRange(动态范围),动态范围是指图像中所包含的从“最亮”至“最暗”的比值,也就是图像从“最亮”到“最暗”之间灰度划分的等级数:动态范围越大,所能表示的层次越丰富,所包含的色彩空间也越广.那高动态范围(HDR)顾名思义就是从“最亮”到“最暗”可以达到非常高的比值.在日…

一.yaml简介   yaml是一种用来写配置文件的序列化语言,跟json有些像,yaml又称作json的超集,yaml的设计则是为了友好可读性,主要用于配置信息的书写,而json设计的目的则是为了简单和通用,主要用于存储数据和应用层数据通信使用. 二.格式   yaml主要有三种类型的数据原语:Maps,Lists,Scales(按照官方法表达:"mappings (hashes/dictionaries), sequences (arrays/lists) and scalars (stri…

上一章聊到在车联网或物联网中对数据库的需求,以及 IoTDB 的整体架构,详情请见: 时序数据库 Apache-IoTDB 源码解析之系统架构(二) 打一波广告,欢迎大家访问IoTDB 仓库,求一波 Star .欢迎关注头条号:列炮缓开局,欢迎关注 OSCHINA博客 这一章主要想聊一聊: 行式存储.列式存储的区别 TsFile 的格式 行式与列式存储的区别 假如我们的逻辑上的数据表格式及数据为: 时间戳 人名 体温 1580950800 张三 36.5 1580950800 李四 36.9 1…

epub3文件就是一个符合epub3标准,以epub为扩展名的zip压缩文件.epub3标准则是基于html5.css3.svg等web标准以及mathML等来展示内容.下图就是一个简单epub3文件的大致结构.      epub3规范使用OCF(open container format)标准规定的文件结构,根目录当中必须有一个mimetype文件和一个META-INF文件夹.其中,mimetype文件中只有一个行内容application/epub+zip,而META-INF中存放的则是表…

命名 YAML 的意思其实是:"Yet Another Markup Language"(仍是一种置标语言)的缩写. 功能 YAML的语法和其他高阶语言类似,并且可以简单表达清单.散列表,标量等资料形态.. 它使用 空白符号缩排 和 大量依赖外观的特色,特别适合用来表达或编辑数据结构.各种设定档.倾印除错内容.文件大纲(例如:许多电子邮件标题格式和YAML非常接近). 尽管它比较适合用来表达阶层式(hierarchical model)的数据结构,不过也有精致的语法可以表示关联性(re…

转载自:https://my.oschina.net/leejun2005/blog/280896 Hadoop 作为MR 的开源实现,一直以动态运行解析文件格式并获得比MPP数据库快上几倍的装载速度为优势.不过,MPP数据库社区也一直批评Hadoop由于文件格式并非为特定目的而建,因此序列化和反序列化的成本过高. 1.hadoop 文件格式简介 目前 hadoop 中流行的文件格式有如下几种: (1)SequenceFile SequenceFile是Hadoop API 提供的一种二进制文件…

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名为 m120729_040044_42134_c100384402550000001523033010171256_s1_p0.bas.h5 运行下面命令: h5dump -n m120729_040044_421…

这是"文件格式探究"专题的第 1 期--初探 "ePub" 文件格式.这个专题将会给各位读者呈现笔者探索各种文件格式的过程,具体则是文件的内容是如何呈现出来的.原则上我们假定仅对于这些文件格式的用途有所了解,但具体实现的细节并不清楚 (如果提前掌握了部分内容,笔者全当其不存在) .探究过程中我们会尝试使用各种方法来逐渐初步掌握其概貌. 文件格式简介 根据维基百科大陆简体版本的相关描述: EPub 是一个自由的开放标准,属于一种可以"自动重新排版"…