Circos官网   http://circos.ca 在线绘图工具    http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ Circos图的诞生 Circos图诞生于2009年,当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research(最新IF:9.944)上,其作者是Martin Krzywinski,可为“Circos之父”,我们姑且尊称他为“马老师”.从那时出现开始便多次出现在国际知名杂志,比如Nature.Science.Cell上.截…

一.在线画图(行列分别最大为75) 相信大家都听说过circos图,但是亲自画过的人可能就很少,这主要因为软件的安装和使用稍微有一点麻烦.其实,circos图也是可以在线绘制的,这样就简单多了!一起来了解一下吧! 在circos官网(http://circos.ca/)的最右方有个“CIRCOS ONLINE”选项,这里可以实现在线绘制部分circos图. 打开后界面如下: 以微生物多样性分析中样品与物种丰度circos图绘制为例,给大家讲解circos图的绘制功能.该图能够很直观的反映各样品中…

目录 一.来源 二.结果 一.来源 Whole-genome resequencing of 292 pigeonpea accessions identifies genomic regions associated with domestication and agronomic traits. Nat Genet. 2017 Jul;49(7):1082-1088. doi: 10.1038/ng.3872. Epub 2017 May 22. 单位:ICRISAT 二.结果 292 份木…

目录 一.来源 二.结果 683份材料重测序 地方种landraces和育种品系breeding lines的多样性 表型和基因-环境互作(G by E) 菜豆产量潜力相关的MTAs(显著关联位点) 一.来源 Resequencing of 683 common bean genotypes identifies yield component trait associations across a north–south cline. January 2020 Nature Genetics…

目录 研究一:G19833组装,2014NG 研究二:BAT 93组装,2016 genome biology 菜豆属(Phaseolus L.)为同源二倍体作物,包含有80 多个物种,多数为野生种,仅有5 个栽培种,分别为普通菜豆(P. vulgaris L.).多花菜豆(P. cocineus L.).利马豆(P. lunatus L.).丛林菜豆(P. dumosus L.)和宽叶菜豆(P. acutifolius L.),其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广.栽培面积最大.食用人群最多.…

目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因表达 一.来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article nu…

luminance = lum80<<include colors_fonts_patterns.conf>><colors># r,g,b,a color definition# a = 0 fully opaque# a = 1 fully transparent</colors><<include ideogram.conf>><<include ticks.conf>> karyotype   = ka…

chordDiagramFromMatrix(matp2,annotationTrack="grid",                       grid.col = c(rep('#D6D2BE',19),rep('#CEDCB7',11),                                    rep('#C0D0E7',16)),                       grid.border = NA,                       col…

我个人的博客: www.ourd3js.com csdn博客为: blog.csdn.net/lzhlzz 转载请注明出处,谢谢. 弦图( Chord ),主要用于表示两个节点之间的联系.例如以下图: 两点之间的连线表示.谁和谁具有联系: 线的粗细表示权重: watermark/2/text/aHR0cDovL2Jsb2cuY3Nkbi5uZXQvbHpobHp6/font/5a6L5L2T/fontsize/400/fill/I0JBQkFCMA==/dissolve/70/gravity/S…

                                                        先来看看成果图: OK,开始画图: 实验背景声明:在脑影像分析中,我们首先构建脑网络,然后使用双样本t对比两组人的连接差异,然后使用以上的图进行可视化,一般红色连接代表显著升高,绿色代表显著下降.(非必须,根据实际需求设计,如上图中红色代表相应的连接差异与HAMD抑郁量表评分显著相关,绿色表示不相关).这里呢,我们研究了一组病人以及年龄性别匹配的健康被试的fMRI的数据,首先进行fMR…