unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi-mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例: Reads: Input : Mapped : (96.2% of input) of these: ( have >) 96.2% overall read mapping rate. the quantity of unique reads  :25159791-1027691= the quantity of multi-mapping r…

非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的缩写,GO数据库分别从功能.参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能.途径或者细胞定位. Pathway Pathway指代谢通路,对差异基因进行pathway分析,可以了解实…

4.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上. 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题. 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度相差不大的. 现在问题有几个特征: 1.reads和ref的长度有着跨数量级的差异,reads长度通常不超过100bp,而ref基因组通常在上百Mb. 2.数据量,NGS测序产生的数据量达到几百Gb,相当于几十个人的人…

转眼微软的WCF已走过十个年头,它是微软通信框架的集大成者,将之前微软所有的通信框架进行了整合,提供了统一的应用方式.记得从自己最开始做MFC时,就使用过Named Pipe命名管道,之后做Winform时,使用过Remoting,再之后做B/S架构时,就会经常使用.NET平台下的Web Service,直到使用上WCF.看上去有了一些WCF的使用经验,实则不然,比如对安全.分布式事务.可靠会话等主题仍然接触甚少,因而决定重新回顾学习一下相关知识,尤其是对WCF框架的理解(已于2015年开源,可…

本文系本人根据官方文档的翻译,能力有限.水平一般,如果对想学习Elasticsearch的朋友有帮助,将是本人的莫大荣幸. 原文出处:https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch/reference/current/_basic_concepts.html ElasticSearch有几个核心概念,了解它们将有助于我们的整个学习过程. 近乎实时(NRT)Elasticsearch是一个近乎实时的搜索平台.这意味着从你为一个文档建立索引到该文档可被检索…

前面的话 webpack是当下最热门的前端资源模块化管理和打包工具.它可以将许多松散的模块按照依赖和规则打包成符合生产环境部署的前端资源.当webpack处理应用程序时,它会递归地构建一个依赖关系图表(dependency graph),其中包含应用程序需要的每个模块,然后将所有这些模块打包成少量的bundle(通常只有一个),由浏览器加载.它是高度可配置的,在开始前需要先理解四个核心概念:入口(entry).输出(output).加载器(loader).插件(plugins).本文将详细介绍w…

在Android学习笔记(二):安装环境中已经有相应的内容.看看何为新.这是在source网站上的Android架构图,和标准图没有区别,只是这张图颜色好看多了,录之.本笔记主要讲述Android开发环境. 一些基础概念 View.View是UI基础构建元素.View也可作为view容器,即有层次嵌套.你所看到的一切UI都是view. Activity.Activity通常是应用的一屏,通常含有一个或多个View(虽然不是必须),顾名思义,是帮助用户处理一件事的活动.应用通常有多个activit…

CBO基础概念 CBO:评估 I/O,CPU,网络(DBLINK)等消耗的资源成本得出 一.cardinality cardinality:集合中包含的记录数.实际CBO评估目标SQL执行具体步骤的记录数,cardinality和成本是相关的,cardinality越大,执行步骤中的成本就越大 二.Selectivity Selectivity :谓词的过滤条件返回的结果的行数占未加谓词过滤条件的行数 公式:= 范围0-1,值越小,说明 选择性越好 返回的cardinality 越小:值越大,选…

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理.建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢! 一 R资料+计划 R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划 二 Bioinfo R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及…

kubernetes https://draveness.me/understanding-kubernetes http://kubernetes.kansea.com/docs/ master/node: master:API Server.Scheduler.Controller-Manager node:kubelet(集群代理).docker(容器引擎).kube-proxy //API Server把任务编排后由Scheduler调度,调度的结果就有kubelet执行 Pod:Lab…