GATK --- wdl 语言

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GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言,内置的支持并行,适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步:第一步编辑参数列表对应的json文件,第二步直接运行Cromwell.jar eg workflow helloWorld{ call myTask; } task myTask{ commond{ echo "hello world" } output { String out = read_string(stdout()) } } 对于一个WDL…

GATK使用说明-GRCh38（Genome Reference Consortium）（二）

Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc…

16、GATK使用简介 Part1/2

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具. 网址:http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page 前段时间刚发布了2.x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http://www.br…

WDL学习笔记

WDL是什么? WDL是由Broad Institute开发的一种流程开发语言,全称workflow description language,官方链接如下:https://software.broadinstitute.org/wdl/ WDL的编写 WDL有自己的语法规范,它是一种描述性语言,可读性很高. 每种语言都有自己的hello world,WDL也不例外,示例如下图 workflow helloworld{ call hello{} } task hello{ String name…

C语言 · 高精度加法

问题描述输入两个整数a和b,输出这两个整数的和.a和b都不超过100位. 算法描述由于a和b都比较大,所以不能直接使用语言中的标准数据类型来存储.对于这种问题,一般使用数组来处理. 定义一个数组A,A[0]用于存储a的个位,A[1]用于存储a的十位,依此类推.同样可以用一个数组B来存储b. 计算c = a + b的时候,首先将A[0]与B[0]相加,如果有进位产生,则把进位(即和的十位数)存入r,把和的个位数存入C[0],即C[0]等于(A[0]+B[0])%10.然后计算A[1]与B[1]…

Windows server 2012 添加中文语言包(英文转为中文)（离线）

Windows server 2012 添加中文语言包(英文转为中文)(离线) 相关资料: 公司环境:亚马孙aws虚拟机英文版Windows2012 中文SQL Server2012安装包,需要安装操作系统的中文语言包 XenSource Windows guest agent EC2 ConfigService 参考资料 http://www.cnbeta.com/articles/226755.htmhttps://technet.microsoft.com/zh-cn/library/h…

iOS开发系列--Swift语言

概述 Swift是苹果2014年推出的全新的编程语言,它继承了C语言.ObjC的特性,且克服了C语言的兼容性问题.Swift发展过程中不仅保留了ObjC很多语法特性,它也借鉴了多种现代化语言的特点,在其中你可以看到C#.Java.Javascript.Python等多种语言的影子.同时在2015年的WWDC上苹果还宣布Swift的新版本Swift2.0,并宣布稍后Swift即将开源,除了支持iOS.OS X之外还将支持linux. 本文将继续iOS开发系列教程,假设读者已经有了其他语言基础(强烈…