【GRCh38基因组和注释文件探究】的更多相关文章

GRCh38基因组和注释文件探究

ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's/\;//g' | cut -f2,6,8 -d" " | sort | uniq > GRCh38.feature.info ENSG00000000003 TS…

关于注释【code templates】，如何导入本地注释文件

关于如何在eclipse.myeclipse导入本地注释文件 [xxx.xml]   请看操作方式 下面是code templates文件的内容 注意  把文件中的 @@@@@@@@@@@@@@@  替换为  作者名称即可   各注释详细可在eclipse工具中修改 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?><templates><template a…

关于基因组注释文件GTF的解释

GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r…

【转】ubuntu中没有/etc/inittab文件探究

原文网址:http://blog.csdn.net/gavinr/article/details/6584582 linux 启动时第一个进程是/sbin/init,其主要功能就是软件执行环境,包括系统的主机名.网络设置.语系处理.文件系统格式及其他服务的启动等.其配置文件就是/etc/inittab,但在我的ubuntu10.10却没有找到此文件. 原来ubuntu中使用/etc/event.d这个目录,完成相似的功能.ubuntu9.10版本的upstart不再用/etc/event.d这个…

如何用cufflinks 拼出一个理想的注释文件

后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT…

HTTP上传文件探究

通常情况下,我们想在网页上上传一个文件的时候,会采用<input type="file">标签,但是你有没有想过,为什么通过这样一个标签,服务器端就能获取到文件数据呢?我们先来写这样一个页面: <html> <head> </head> <body> <form action="http://127.0.0.1:8899/upload.do" method="post" encty…

ubuntu12.10中没有/etc/inittab文件探究

1. 我们首先来看一下Linux系统开机启动过程: Ubuntu是Linux系统的衍生系统,其开机启动过程与上图相差不大,但是随着系统的不断发展,终究还是有不同的地方,下面,我们来了解一下Ubuntu12.10系统的自启动过程. 2. linux 启动时第一个进程是/sbin/init,其主要功能就是软件执行环境,包括系统的主机名.网络设置.语系处理.文件系统格式及其他服务的启动等. 其配置文件就是/etc/inittab,但在我的ubuntu12.10却没有找到此文件. 原来ubuntu中使用…

初步了解hg19注释文件的内容 | gtf

hg19有哪些染色体? chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chrX chrY chrM 其实还有其他“染色体”,只是我们的研究一般用不到,所以就没有合并进来.比如做同源分析,找变异什么的,还是要选好基因组. gene_type有哪些? cat gencode.v27.annotation…

idea 注释文件和方法注释

类注释: 如下图所示…

[转] c++加载外部库文件探究

首先介绍:用#import导入dll和用#pragma comment导入lib还有在程序中LoadLibrary加载dll有什么区别 (1) #import导入的dll是com组建的dll,主要用来解析com组建内部结构,便与c++识别调用, (2) #pragma comment是静态加载库 (3) LoadLibrary动态加载动态库 Windows提供了两种将DLL映像到进程地址空间的方法: 调用DLL,首先需要将DLL文件映像到用户进程的地址空间中,然后才能进行函数调用,这个函数和进程…