我生信入门,老师就要求我学好blast比对,说得也确实是很有道理,是个人都知道比对是最基本的东西,现在再想想那老师的建议,也只能呵呵一笑. 北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索,可以好好看看,快速入门. 序列数据库搜索 BLAST算法 Basic Local Alignment Search Tool BLAST使用…

根据一个打分系统,怎么样排对起来打分能够最大.就认为历史上应该是这样子的. 数据同源搜索软件Fasta和Blast 是目前功能最全,使用最广的同源性数据库搜索软件包.他们在Needleman的动态算法的基础上做了很多技术上的改进,如采用启发式算法.使得在精确度牺牲较小的情况下,速度快了很多.   FASTA.是1985年提出的一个全局联配算法. BLAST.是1990年提出的.最初被设计用于序列局部比对. BLAST更适合于protein序列比较,FASTA更适用于DNA序列比较.…

本文选自 OneAPM Cloud Insight 高级工程师刘斌博客 . 刘斌,一个才思敏捷的程序员,<第一本 Docker 书>.<GitHub 入门与实践>等书籍译者,Docker入门与实践课程主讲人. 时间序列数据库,Cloud Insight 实现对性能指标进行聚合.分组.过滤所采取的解决方案. 由于工作上的关系,最近看了一些关于时序列数据库的东西,当然,我所看的也都是以开源方案为主.趁着这股热劲还没退,希望能整理一些资料出来.如果正好你也有这方面的需求,那么希望这一系列…

由于工作上的关系,最近看了一些关于时序列数据库的东西,当然,我所看的也都是以开源方案为主. 趁着这股热劲还没退,希望能整理一些资料出来.如果正好你也有这方面的需求,那么希望这一系列的介绍能够帮助到你. 1. 什么是时序列数据库(Time series database)? 一听到时序列数据库,如果只是稍有耳闻的人,可能立刻会联想到运维和监控系统. 没错,确实是很多运维.监控系统都采用了TSDB作为数据库系统来存储海量的.严格按时间递增的.在一定程度来说结构非常简单的各种指标(英文可能为metri…

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位: 朱拉隆功大学 费城威斯塔研究所 物种:人 技术:de novo从头测序,深度学习 一. 概述: 该研究开发了一种基于深度学习的肽段从头测序框架SMSNet,在保持良好的识别覆盖率的同时,氨基酸准确度能达到95%以上.SMSNet揭示了超过10000个以前未分类的人类白细胞抗原(HLA)和磷酸肽,并结合数据库搜索方法,将肽鉴定的覆盖范围扩大了近30%. 二. 研究背景:…

[编者按] 刘斌,OneAPM后端研发工程师,拥有10多年编程经验,参与过大型金融.通信以及Android手机操作系的开发,熟悉Linux及后台开发技术.曾参与翻译过<第一本Docker书>.<GitHub入门与实践>.<Web应用安全权威指南>.<WEB+DB PRESS>.<Software Design>等书籍,也是Docker入门与实践课程主讲人.本文所阐述的「时间序列数据库」,系笔者所负责产品 Cloud Insight 对性能指标进行…

[编者按] 刘斌,OneAPM后端研发工程师,拥有10多年编程经验,参与过大型金融.通信以及Android手机操作系的开发,熟悉Linux及后台开发技术.曾参与翻译过<第一本Docker书>.<GitHub入门与实践>.<Web应用安全权威指南>.<WEB+DB PRESS>.<Software Design>等书籍,也是Docker入门与实践课程主讲人.本文所阐述的「时间序列数据库」,系笔者所负责产品 Cloud Insight 对性能指标进行…

[编者按] 刘斌,OneAPM后端研发工程师,拥有10多年编程经验,参与过大型金融.通信以及Android手机操作系的开发,熟悉Linux及后台开发技术.曾参与翻译过<第一本Docker书>.<GitHub入门与实践>.<Web应用安全权威指南>.<WEB+DB PRESS>.<Software Design>等书籍,也是Docker入门与实践课程主讲人.本文所阐述的「时间序列数据库」,系笔者所负责产品 Cloud Insight 对性能指标进行…

Follow up for "Search in Rotated Sorted Array":What if duplicates are allowed? Would this affect the run-time complexity? How and why? Suppose an array sorted in ascending order is rotated at some pivot unknown to you beforehand. (i.e., 0 1 2 4…

Suppose an array sorted in ascending order is rotated at some pivot unknown to you beforehand. (i.e., 0 1 2 4 5 6 7 might become 4 5 6 7 0 1 2). You are given a target value to search. If found in the array return its index, otherwise return -1. You…