名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl…

一.概述 由于难以获得100%的蛋白氨基酸序列覆盖率,蛋白组de novo测序成为了蛋白测序的难点,由Ac-LysargiNase(N端蛋白酶)和胰蛋白酶构成的镜像酶组合可以解决这个问题并具有稳定性,这2种消化位点互补的酶能够产生目标蛋白的镜像b,y离子,基于镜像原理设计的算法pNovoM可用于蛋白组de novo测序. 二.研究背景 De novo测序是基于二级质谱谱图解析未知蛋白.翻译后修饰及蛋白突变位点的测序方法,这项技术适用于没有氨基酸序列信息的蛋白及蛋白组解析.De novo测序的难点…

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位: 朱拉隆功大学 费城威斯塔研究所 物种:人 技术:de novo从头测序,深度学习 一. 概述: 该研究开发了一种基于深度学习的肽段从头测序框架SMSNet,在保持良好的识别覆盖率的同时,氨基酸准确度能达到95%以上.SMSNet揭示了超过10000个以前未分类的人类白细胞抗原(HLA)和磷酸肽,并结合数据库搜索方法,将肽鉴定的覆盖范围扩大了近30%. 二. 研究背景:…

Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution   short-read sequencing (SRS) (因大规模基因组数据需要,采用Illumina paired-end,短序列)->genome assembly and long-read sequencing (LRS) (因长序列的需要)   Sequencing 和assembly两个模…

全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I…

说UI能延展出一丢丢的东西来,光java就有swing,swt/jface乃至javafx等等UI toolkit,在桌面上它们甚至都不是主流,在web端又有canvas.svg等等. 基于这些UI工具包\框架,又产生了大量通用的或者业务性的UI框架,比如Draw2d.GEF.easyUI乃至国内的EChart.白鹭等等. 这些框架的业务范围各异,一个程序员的时间和精力有限,你不可能全部都掌握,又不能预言出是哪一个将来会独步天下,甚至,连当前哪一个最流行,都够打一阵嘴炮. 那,我们应该学什么?…

海宝建议用这个拼接软件 http://www.broadinstitute.org/software/discovar/blog/?page_id=98 DISCOVAR – variant caller 适合于call variant 和拼接小基因组 DISCOVAR de novo 适合拼接大基因组 下载: ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/crd/DiscovarDeNovo/latest_source_code/LATEST_VERSION.tar.gz…

原文:[Xamarin开发 Android 系列 4] Android 基础知识 什么是Android? Android一词的本义指“机器人”,同时也是Google于2007年11月5日宣布的基于Linux平台的开源手机操作系统的名称,该平台由操作系统.中间件.用户界面和应用软件组成,而且不存在任何以往阻碍移动产业创新的专有权障碍,号称是首个为移动终端打造的真正开放和完整的移动软件. Android是一种以Linux为基础的开放源代码操作系统,主要使用于便携设备.目前尚未有统一中文名称,中国大陆…

第41章      HTTP超文本传输协议基础知识 本章节为大家讲解HTTP(HyperText Transfer Protocol,超文本传输协议),从本章节开始,正式进入嵌入式Web的设计和学习. (本章的知识点主要整理自网络) 41.1  初学者重要提示 41.2  HTTP基础知识参考资料 41.3  HTTP基础知识点 41.4  HTTP通信实例 41.5  总结 41.1  初学者重要提示 HTTP超文本传输协议在实际项目中有比较重要的实用价值,需要初学者对HTTP的基础知识也有个…

中秋在家闲得无事,想着做点啥,后来想想,为啥不学学 react native.在学习 React Native 时, 需要对前端(HTML,CSS,JavaScript)知识有所了解.对于JS,可以看看阮一峰老师的<ECMAScript 6 入门>这篇文章.里面涉及很多 ES6 的新特性.我之前也是看了阮老师的文章做了一些学习笔记 ES6 学习笔记. 1.环境搭建 环境搭建中文教程,点击跳转RN中文社区 :http://reactnative.cn/docs/0.40/getting-star…