RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2):2) Read count(多重比对的问题):丢弃平均分配利用Unique region估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对参照系表达量的数值.参照的本质:( 1)假设样本间参照的信号值应该是相同的:( 2)将样本间参照的观测值校…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

大数据平台Lambda架构浅析(全量计算+增量计算) 2016年12月23日 22:50:53 scuter_victor 阅读数:1642 标签: spark大数据lambda 更多 个人分类: 造轮子Spark   版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. https://blog.csdn.net/SCTU_vroy/article/details/53844460 笔者刚接触大数据方面时,只知道Hadoop和时下很火的Spark,对Hadoop.Spark的认知只停留在跑跑d…

Geotrellis系列文章链接地址http://www.cnblogs.com/shoufengwei/p/5619419.html 目录 前言 问题探索 采样说明 实现方案 总结 一.前言        上一篇文章讲了通过Geotrellis导出自定义的Tiff文件(见geotrellis使用(十四)导出定制的GeoTiff),但是实际中有时会有BUG,就是数据值发生非常明显的变化,理论上只进行了切割.重投影操作,数据值不应该会发生特别大的变化.今天认认真真查找了下问题,发现是因为采样方式造…

这篇关于libviso的文章,本人已投稿在泡泡机器人微信公众号中,放到这里,作学习笔记用. libviso一直以来被称为在视觉里程计(VO)中的老牌开源算法.它通过corner,chessboard两种kernel的响应以及非极大值抑制的方式提取特征,并用sobel算子与原图卷积的结果作为特征点的描述子.在位姿的计算方面,则通过RANSAC迭代的方式,每次迭代随机抽取3个点,根据这三个点,用高斯牛顿法计算出一个RT矩阵,表示两帧图像之间,相机的姿态变换.而位姿的计算也是libviso 中较为抽象…

从别的地方烤过来的,自己试了一下,可以计算 出来,不过正确不正确的就不太懂了. USE [niaoren]GO/****** Object:  UserDefinedFunction [dbo].[fnGetDistance]    Script Date: 2017/7/28 星期五 12:17:56 ******/SET ANSI_NULLS ONGOSET QUOTED_IDENTIFIER ONGO  --计算地球上两个坐标点(经度,纬度)之间距离sql函数      --作者:lord…

DateTime startDate = DateTime.Parse("2014-11-1"); DateTime endDate = DateTime.Parse("2015-9-1"); + endDate.Month - startDate.Year * - startDate.Month;…

    TOMCAT 可以稳定支持的最大并发用户数 https://www.jianshu.com/p/d306826aef7a tomcat并发数优化maxThreads.acceptCount(最大线程数.最大排队数) http://blog.51cto.com/53cto/1715678 http://blog.sina.com.cn/s/blog_605f5b4f01012ljj.html 系统吞吐量(TPS).用户并发量.性能测试概念和公式 一.经典公式1: 一般来说,利用以下经验公式…

设超弹性材料的贮能函数 $\hat W$ 满足 (4. 19) 式, 证明由它决定的 Cauchy 应力张量 ${\bf T}$ 满足各向同性假设 (4. 7) 式. 证明: 若贮能函数 $W$ 满足 ``$\hat W({\bf F}{\bf Q})=W({\bf F})$ 对任意正交阵 ${\bf Q}$'', 则 $$\beex \bea p_{ij}({\bf F})&=\cfrac{\p \hat W({\bf F})}{\p f_{ij}}\\ &=\cfrac{\p \hat…