三代测序分析用bax.h5文件还是bas.h5文件

2024-08-28

pacbio bax.h5文件处理及ccs计算

1.NCBI文件格式如下: 2.格式转换 (1) bas.h5 -> ccs source /share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/etc/setup.sh bash5tools.py --readType subreads --outType fasta /path/to/bas.h5 (2) bax.h5 -> ccs 需要各个文件进行转换并进行合并 source /opt/smrtanalys

【转】NG：垂枝桦基因组图谱构建（2+3组装）及重测序分析

转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序,并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序,为林木基因组学研究和遗传改良工作提供了研究资源,从而利于生态环境的持续优化. PacBio数据的加入,有效地对基因组初装版本进行了补洞,并在进一步Scaffolding提供高连续性序列,基因组覆盖率达到98.9%(435Mb/

tomcat下bin文件夹下shell文件分析

在bin下面有9个sh文件,本文将逐步分析,今天就以version.sh为例 os400=false #uname取操作系统名称如Linux 如果为OS400的操作系统特殊处理 case "`uname`" in OS400*) os400=true;; esac # resolve links - $ may be a softlink # 解析文件或者符号文件得到真正文件 # /home/dragonsuc/bin/version.sh # /home/dragonsuc/b

[转] h5上传视频或文件编写

Html5 finally solves an age old problem of being able to upload files while also showing the upload progress. Today most websites use Flash Player to achieve this functionality. Some websites continue to use the Html <form> with enctype=multipart/fo

Debug目录、Release目录，bin目录、obj目录，vshost.exe.config文件、.exe.config文件分析【C#】

原文地址:http://blog.csdn.net/itwit/article/details/6803338 今天写程序的时候,需要更改.exe.config文件中的引用的webservice地址,用vs调试的时候,发现会修改vshost.exe.config中的对应项,.exe.config中的对应项是不会修改的,这样会导致在软件重启的情况下,.exe.config中的旧信息会覆盖vshost.exe.config的新信息,经过查阅相关资料,终于明白了一些,记录下来,供参考~ 1.vshos

h5实现本地图片或文件的上传

首先放一个今天学到的小demo: <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>测试</title> <style> * { margin: 0; padding: 0; } .myImg { width: 200px; } #imgs { width: 500px; height: 500

split分割大文件--包含通过awk按规则分割文件到对应子文件

当对一个大文件进行传输或者分析的时候,一个可以参考的办法是先通过split对文件进行分割,再对每个子文件进行处理,如果需要合并再进行合并. split函数可以按文件大小或者行数来进行分割. -a : 指定后缀长度 -b : 每个文件多少字节,单位可以为k和M -d : 使用数字后缀而不是字母 -l : 指定每个文件的行数,默认1000 例子: 切割一个文件为每个子文件20M大小,-b指定20M大小,filename为文件名,prefix为每个子文件的前缀.后缀通常为aa,ab,ac.... $

[python]自动化将markdown文件转成html文件

*:first-child { margin-top: 0 !important; } body>*:last-child { margin-bottom: 0 !important; } /* BLOCKS =============================================================================*/ p, blockquote, ul, ol, dl, table, pre { margin: 15px 0; } /* HEAD

PHP文件操作系统----主要的文件操作函数

一.文件操作系统概述 1.概述: php中的文件操作系统主要是对文件和目录的操作.文件在windows系统下分为3种不同:文件.目录.未知,在linux/unix系统下分为7种不同:block.char.dir.fifo.file.link和unknown七种类型.目录在windows系统:D:/a/b/c.php 或 D:\a\b\c.php,在linux/unix系统: /a/b/c.php,为统一建议使用"/"作为目录之间的分割符. 2.目录或文件属性获取函数 *(1)取得文件类

用C语言实现统计一个文件夹中各种文件的比例

<UNIX环境高级编程>中的程序清单4-7就介绍了如何实现递归地统计某个目录下面的文件!我刚开始看过它的代码后,觉得照着敲太没意思了,所以就合上书自己写了一遍!为此还写了一篇博文,这是博文地址:在linux下用C语言实现递归查看某个目录中的所有文件[CSDN]! 今天做<Unix环境高级编程>的课后题,看到题目4.11这里提供了一种新的实现这个程序的思路,那就是每回读到一个目录,就通过chdir函数进入到这个目录,然后再通过opendir函数和readdir函数来读取这个目录中的文

SpringMVC单文件上传、多文件上传、文件列表显示、文件下载（转）

林炳文Evankaka原创作品.转载请注明出处http://blog.csdn.net/evankaka 本文详细讲解了SpringMVC实例单文件上传.多文件上传.文件列表显示.文件下载. 本文工程免费下载一.新建一个Web工程,导入相关的包 springmvc的包+commons-fileupload.jar+connom-io.jar+commons-logging,jar+jstl.jar+standard.jar 整个相关的包如下: 整个工程目录如下: 二.配置web.xml和Spr

史上最强php生成pdf文件,html转pdf文件方法

body{ font-family: "Microsoft YaHei UI","Microsoft YaHei",SimSun,"Segoe UI",Tahoma,Helvetica,Sans-Serif,"Microsoft YaHei", Georgia,Helvetica,Arial,sans-serif,宋体, PMingLiU,serif; font-size: 10.5pt; line-height: 1.5;}

计算机程序的思维逻辑 (64) - 常见文件类型处理: 属性文件/CSV/EXCEL/HTML/压缩文件

对于处理文件,我们介绍了流的方式,57节介绍了字节流,58节介绍了字符流,同时,也介绍了比较底层的操作文件的方式,60节介绍了随机读写文件,61节介绍了内存映射文件,我们也介绍了对象的序列化/反序列化机制,62节介绍了Java标准的序列化,63节介绍了如何用Jackson处理其他序列化格式如XML/JSON和MessagePack. 在日常编程中,我们还经常会需要处理一些具体类型的文件,如CSV, Excel, HTML,直接使用前面几节介绍的方式来处理一般是很不方便的,往往有一些第三方的类库,

【转载】C#代码开发过程中如何快速比较两个文件夹中的文件的异同

在日常的使用电脑的过程中,有时候我们需要比较两个文件夹,查找出两个文件夹中不同的文件以及文件中不同的内容信息,进行内容的校对以及合并等操作.其实使用Beyond Compare软件即可轻松比较,Beyond Compare中文版是一款专业的文本文件对比工具,可以高效的针对文件.文件夹.表格.mp3.图片.数据.注册表等文件并进行比较.合并.同步分析等操作. 以前使用过Beyond Compare来合并两个不同的代码版本信息,通过文件夹的比较很容易的给你标志出两个文件中的文件的不同,并标志出每个文

数据库只有mdf文件而没有ldf文件，如何恢复数据库

举例:数据库名为 TestData 第一步: 新建一个同名的数据库即TestData数据库第二步: 停掉数据库服务,找到刚才新建的TestData数据库的mdf和ldf文件,删掉ldf文件,再用之前想恢复的那个mdf文件覆盖新建的那个mdf文件第三步: 开启数据库服务,在查询分析其中同时执行下面两个系统存储过程 exec sp_detach_db TestData,'true' ---------分离数据库 exec sp_attach_single_file_db '库名','D:/so

Java编程的逻辑 (64) - 常见文件类型处理: 属性文件/CSV/EXCEL/HTML/压缩文件

本系列文章经补充和完善,已修订整理成书<Java编程的逻辑>,由机械工业出版社华章分社出版,于2018年1月上市热销,读者好评如潮!各大网店和书店有售,欢迎购买,京东自营链接:http://item.jd.com/12299018.html 对于处理文件,我们介绍了流的方式,57节介绍了字节流,58节介绍了字符流,同时,也介绍了比较底层的操作文件的方式,60节介绍了随机读写文件,61节介绍了内存映射文件,我们也介绍了对象的序列化/反序列化机制,62节介绍了Java标准的序列化,63节介绍了如

IO流（9）复制指定文件夹下指定文件到目的文件夹，并改名

import java.io.BufferedInputStream;import java.io.BufferedOutputStream;import java.io.File;import java.io.FileInputStream;import java.io.FileOutputStream;import java.io.FilenameFilter;import java.io.IOException; /* * 需求:复制指定目录下的指定文件,并修改后缀名. * 指定的文件是:

ORA-00372此时无法修改文件5 ORA-01110数据文件5'M:\WWFDATA.dbf'

错误提示如下图: ORA-00372此时无法修改文件5 ORA-01110数据文件5'M:\DB_DATA\SEINESCMDB\WWFDATA_DATA01.dbf' 分析原因及解决方法: 1.查看表空间online状态 select t.online_status,t.file_name,t.tablespace_name from dba_data_files t where t.file_id in ('5'); 显示结果如下:属于正常 ONLINE M:\DB_DATA\SEINESC

文件操作 - 整体操作&文件搜索

文件操作 - 整体操作 1.touch 作用:创建普通文件格式:touch file1 [file2] 2.cp 作用:拷贝文件格式:cp 源文件目标文件 3.rm 作用:删除文件格式:rm 文件 4.mv 作用:移动文件格式:mv 源文件目标文件 5.mkdir 作用:创建目录文件格式:mkdir dir1 [dir2] 6.rmdir 作用:删除空的目录文件格式:rmdir dir 说明: 删除文件时会有提示不想提示可以添加参数 '-f' 删除或拷贝目录时需要添加参数'-r

使用FileSystem类进行文件读写及查看文件信息

使用FileSystem类进行文件读写及查看文件信息在这一节我们要深入了解Hadoop的FileSystem类——这是与与hadoop的文件系统交互的重要接口.虽然我们只是着重于HDFS的实现,但我们在编码时一般也要注意代码在FileSystem不同子类文件系统之间的可移植性.这是非常有用的,比如说你可以非常方便的直接用同样的代码在你的本地文件系统上进行测试. 使用hadoop URL读数据从hadoop文件系统中读取文件的最简单的方法之一便是使用java.net.URL对象来打开一个欲

HDFS读文件过程分析：读取文件的Block数据

转自http://shiyanjun.cn/archives/962.html 我们可以从java.io.InputStream类中看到,抽象出一个read方法,用来读取已经打开的InputStream实例中的字节,每次调用read方法,会读取一个字节数据,该方法抽象定义,如下所示:public abstract int read() throws IOException;Hadoop的DFSClient.DFSInputStream类实现了该抽象逻辑,如果我们清楚了如何从HDFS中读取一个文件

三代测序分析用bax.h5文件还是bas.h5文件

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