1.formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/combined/all_sizes.quivered_hq.fasta -p F -o T -n T01_db 2.blastall -p blastn -d T01_db -i T01.fasta -o T01_out & blastall -p blastn -d T01 -i query.fa

以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到: For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download pa

TBLASTN search translated nucleotide databases using a protein query

基因结构预测中同源注释策略,将mRNA.cDNA.蛋白.EST等序列比对到组装的基因组中,在文章中通常使用以下比对软件: tblastn gamp exonerate blat 根据我的实测,以上软件整体都比较慢.gmap可设置多线程来提升速度.tblastn虽然也可以,但对提速没什么影响.exonerate和gamp巨吃内存. 以下是跑的资源情况.我的组装基因组约400Mb.tblastn的查询序列311764条,gmap的查询序列1483791条,exonerate的查询序列43632条.

Blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较: Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较,可以寻找较远的关系: Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对,对分析新序列和EST很有用: Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列(双链)按不同的阅读框进行比对,对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用

to 2.2.30 cd /usr/bin sudo su mv blastdb_aliastool blastdb_aliastool_2.25 mv blastdbcheck blastdbcheck_2.25 mv blastdbcmd blastdbcmd_2.25 mv blast_formatter blast_formatter_2.25 mv blastn blastn_2.25 mv blastp blastp_2.25 mv blastx blastx_2.25 mv con

转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31)   用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p.-i.-d.-o.-e等几个. -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas

blast+有三大工具类型: 功能 search database filter 命令 blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdbcmd segmasker, dustmasker, and windowmasker.                         1.

search tools:blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn 1.blastn: 核酸序列vs核酸库 $blastn -query file-in  -db database  -out file_out  -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5  -num_threads 4  -outfmt format "7 qacc sacc evalue

简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具.这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索.这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入. 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数据库所需的步骤. 下载 BLAST+软件包ncbi-blast-#.#.#+-win64.exe,适用于运行64位Windows操作系统的PC上.

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可

catalog . postgresql简介 . 文件读取/写入 . 命令执行 . 影响范围 . 恶意代码分析 . 缓解方案 1. postgresql简介 PostgreSQL 是一个自由的对象-关系数据库服务器(数据库管理系统),它在灵活的 BSD-风格许可证下发行.它提供了相对其他开放源代码数据库系统(比如 MySQL 和 Firebird),和专有系统(比如 Oracle.Sybase.IBM 的 DB2 和 Microsoft SQL Server)之外的另一种选择 0x1: 优点 .

Hmmer的安装与使用   从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及. hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装: % wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz % tar zxf hm

格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre

转自http://biancheng.dnbcw.info/linux/417992.html 命令: qsub   -  submit a batch job to Grid Engine. qsh    -  submit an interactive X-windows session to Grid Engine. qlogin -  submit an interactive login session to Grid Engine. qrsh   -  submit an inter

参考了众多文章并结合实际操作后的感想. 参考:http://www.plob.org/2013/09/18/6174.html 参考:http://www.plob.org/2012/06/12/2207.html Orthomcl需要的linux详细配置,简单叙述. 系统:unix BLAST Database:oracle 或 mysql 内存4G,硬盘100G perl: DBI module 和 DBD-mysql MCL程序 详细操作过程及需要注意的点: 1.数据库安装和配置 我用的m

hmmer 使用 » 转载文章请注明,转载自:博耘生物 » <hmmer的安装与使用> » 原文链接:http://boyun.sh.cn/bio/?p=1753   从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及,这里是一篇入门级的介绍文章. hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装: