使用entrez检索cyp11a

2024-11-08

Entrez检索实例 - NCBI

题目:已知来豆荚斑驳病毒(bean pod mottle virus,BPMV)的名字,查询BPMV基因组信息.核酸序列信息.蛋白序列信息和结构信息解答: 1.直接搜索,点genome,即可看到病毒基因组信息 2.点击Nucleotide,即可查看相关核酸信息 3.点击Protein即可查看BPMV转录相关蛋白信息 4.结构数据库查询,点击Structure即可,可以查看晶体结构 5.下载FASTA格式序列

Python：利用Entrez库筛选下载PubMed文献摘要

一个不是学生物的孩子来搞生物,当真是变成了一块废铁啊,但也是让我体会到了一把生物信息的力量. 废话不多说,开整! 任务:快速高效从PubMed上下载满足条件的文献PMID.标题(TI).摘要(AB). PubMed官网 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov 此处有几种选择可以达到目的: (1)官网上匹配筛选条件(注:匹配快速,但是下载下来的数量受到限制,每次只能下载10000条数据,甚至更少.) 可以看到,我需要的数据是有三十多万条,但是每次只能下载10000条,那我岂

生物数据库介绍——NCBI

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES

如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？

目录找序列下序列假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意

pubmed检索完全攻略

第一章进入PubMed魔法学校--PubMed 概述有位退休的老教授不止一次的向我感叹:"你们现在真是幸福,我们那时候要查一篇相关的文献,要到图书馆一本一本目录去检索.尤其是做一些别人不太做的课题时,要搜集几篇有用的文献,竟要花上3,4个月时间,而你们现在……."趁他打顿的时候,我告诉他,"快的话,可能只要3秒钟".从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神. 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形,但对于现在的医学工作者来说,我已经无法想像,如果我们失去

【.net 深呼吸】自定义特性（Attribute）的实现与检索方法

在.net的各个语言中,尤其是VB.NET和C#,都有特性这一东东,具体的概念,大家可以网上查,这里老周说一个非标准的概念——特性者,就是对象的附加数据.对象自然可以是类型.类型成员,以及程序集. 说简单点,就是你在定义一些代码时,希望为某个代码对象加上一些额外的内容,但这些内容又不便在代码中直接写.比如,你为B类定义了一个 int 类型的属性P,而且是个虚属性,就是B的派生类可以重写它.我希望可以给这个属性弄个版本号,当子类override这个属性时,给它记一个版本号,然后在其他代码中访问这个

读书笔记--SQL必知必会03--排序检索数据

3.1 排序数据子句(clause) SQL语句由子句构成.一个子句通常由一个关键字加上所提供的数据组成. ORDER BY子句可以取一个或多个列的名字,将SELECT语句检索出的数据进行排序. ORDER BY子句可以使用非检索的列排序数据. ORDER BY子句必须作为SELECT语句中最后一条子句. MariaDB [sqlbzbh]> SELECT prod_name FROM Products ORDER BY prod_name; +---------------------+ |

听歌识曲--用python实现一个音乐检索器

听歌识曲,顾名思义,用设备"听"歌曲,然后它要告诉你这是首什么歌.而且十之八九它还得把这首歌给你播放出来.这样的功能在QQ音乐等应用上早就出现了.我们今天来自己动手做一个自己的听歌识曲我们设计的总体流程图很简单: 录音部分我们要想"听",就必须先有录音的过程.在我们的实验中,我们的曲库也要用我们的录音代码来进行录音,然后提取特征存进数据库.我们用下面这样的思路来录音 # coding=utf8 import wave import pyaudio class r

"检索COM类工厂中 CLSID为 {00024500-0000-0000-C000-000000000046}的组件时失败，原因是出现以下错误: 80070005" 问题的解决

一.故障环境 Windows 2008 .net 3.0 二.故障描述调用excel组件生成excel文档时页面报错.报错内容一大串,核心是"检索COM类工厂中 CLSID为 {00024500-0000-0000-C000-000000000046}的组件时失败,原因是出现以下错误: 80070005".应该是WEB应用帐号权限不足导致的.百度上同样问题的解决方案超级多,但内容几乎一样,效果也几乎一样是没什么用.结合网文和实际应用折腾了半天终于解决,整理一下思路记录在此,以备再

检索Google Maps地图位置（小训练）

名称:检索地图位置内容:地图初期显示和检索显示功能:根据条件检索地图的经度与纬度 1.在这之前我们需要创建一个表(Accoun__c),添加一个重要的字段地理位置情報,它会默认的给你两个字段经度和纬度. 2.然后在Eclipse中往表的字段添加一些内容 3.因为需要调数据,所以要page页面与控制器进行交互 4.这里我用到了@RemoteAction(远程操作)的Ajax请求,具体代码如下: <apex:page controller="CL_MapDoSearchController

python爬虫学习(10) —— 专利检索DEMO

这是一个稍微复杂的demo,它的功能如下: 输入专利号,下载对应的专利文档输入关键词,下载所有相关的专利文档 0. 模块准备首先是requests,这个就不说了,爬虫利器其次是安装tesseract-ocr,pytesseract 和 PIL 「用于识别验证码」 1. 模拟登陆我们需要对这个网站专利检索及分析进行分析,反复鼓捣之后发现,找不到下载链接? tell my why? 原来是没有登陆. 果然,登陆之后能够找到下载按钮,并手动下载成功. 注意到,在登陆和下载的同时,还需要输

检索 COM 类工厂中 CLSID 为 {000209FF-0000-0000-C000-000000000046} 的组件时失败，原因是出现以下错误: 80070005

检索 COM 类工厂中 CLSID 为 {000209FF-0000-0000-C000-000000000046} 的组件时失败,原因是出现以下错误: 80070005 在CSDN上总是有网友问这个问题,自己也遇到过,因些写出来供参考: 症状: oWordApplic = New Word.Application 当程序运行到这句时出现下面的错误: 检索 COM 类工厂中 CLSID 为 {000209FF-0000-0000-C000-000000000046} 的组件时失败,原因是出现以下

[LeetCode] Range Sum Query 2D - Mutable 二维区域和检索 - 可变

Given a 2D matrix matrix, find the sum of the elements inside the rectangle defined by its upper left corner (row1, col1) and lower right corner (row2, col2). The above rectangle (with the red border) is defined by (row1, col1) = (2, 1) and (row2, co

[LeetCode] Range Sum Query 2D - Immutable 二维区域和检索 - 不可变

[LeetCode] Range Sum Query - Immutable 区域和检索 - 不可变

Given an integer array nums, find the sum of the elements between indices i and j (i ≤ j), inclusive. Example: Given nums = [-2, 0, 3, -5, 2, -1] sumRange(0, 2) -> 1 sumRange(2, 5) -> -1 sumRange(0, 5) -> -3 Note: You may assume that the array do

百度地图API 批量添加带检索功能的信息窗口

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf

百度地图API显示多个标注点带检索框

通过百度地图的api,可以在地图上显示多个标注点,并给所有的标注点实现了带检索功能的信息框 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> &

使用Lucene索引和检索POI数据

1.简介关于空间数据搜索,以前写过<使用Solr进行空间搜索>这篇文章,是基于Solr的GIS数据的索引和检索. Solr和ElasticSearch这两者都是基于Lucene实现的,两者都可以进行空间搜索(Spatial Search),在有些场景,我们需要把Lucene嵌入到已有的系统提供数据索引和检索的功能,这篇文章介绍下用Lucene如何索引带有经纬度的POI信息并进行检索. 2.环境数据 Lucene版本:5.3.1 POI数据库:Base_Station测试数据,每条数据主要是I

ORA-12638：身份证明检索失败

本地Sqlplus 连一远程数据库,出现 ORA-12638: 身份证明检索失败,pl/sql developer 也是同样的问题,tnsping 是没有问题的. 找到本地的sqlnet.ora文件,注释掉 SQLNET.AUTHENTICATION_SERVICES= (NTS), 或者把nts 替换为none 即可. 注:SQLNET.AUTHENTICATION_SERVICES 表示oracle将采用何种验证方式, nts表示采用本地操作系统认证 none表示将采用口令文件方式认证当然

Django--全文检索功能

经过两个月的时间,毕设终于算是把所有主要功能都完成了,最近这一周为了实现全文检索的功能,也算是查阅了不少资料,今天就在这里记录一下,以免以后再用到时抓瞎了~ 首先介绍一下我使用的Django全文检索逻辑了,在网上查看了各种资料发现,Django上一般用到的检索引擎基本上就是whoosh,sphinx,xapian了.后面的sphinx,xapian大家都可以在百度百科上找到相应的词条,基本都是使用了很大的项目使用的,毕竟是基于C写的,效率上肯定不必多言了,但是我这个杀鸡的活还用不到这两把牛刀了,

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