1.taxonomy之简介 生物分类学是研究生物系统的一种强有力的组织原则.遗传.共同遗传的同源性以及在确定功能时保护序列和结构,这些都是生物学的中心思想,直接关系到任何一组生物体的进化史.因此,分类法在许多NCBI工具和数据库中扮演着重要的交联角色.NCBI分类法数据库是对GenBank中表示的所有生物体的名称和分类进行整理的集合.当向GenBank提交新的序列时,将检查提交的序列中是否有新的生物名称,然后对这些名称进行分类并添加到分类法数据库中.截至2003年4月1日,共有4653科2642

转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性,继而设置特定的分类阈值,获得同一阈值下的距离矩阵,进行聚类操作,形成不同的分类单元.专业解释太书面不好理解?没事儿,给你举个“栗子”就明白了! 2.OTU在16S测序中有何用? 高通量测序得到的16S序列有成千上万条,如果对每条序列都进行物种注释的话,工作量

韦恩图 Venn Diagram Venn Diagram,也称韦恩图.维恩图.文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示.   韦图绘制工具 常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改.此外还有非常多的在线工具,使用方便.详见“轻松绘制各种Venn图”   韦恩图在扩增子中用途 展示各样品和组间共有.各组特有的OTU:由于此类结果缺少统计支持,假阳性率高,近年来使用越来越少. 展示各组间差异OTU共有或特有情况:较常用. 展示差异OTU所属的Taxonomy归类后的共有或特有

在2001年CHI发表的论文中1,Tan等人提出了一种对3D漫游的分类方法. 当时关于3D漫游(3D Navigation)的研究主要分为两种:一种是发掘有关漫游的认知原则,一种是开发一些具体的漫游技术,用于解决某些特定场景的问题.他们总结了相关的研究如下: 认知原则: Thorndyke & Hayes-Roth等人:地图和自由探索所获得的空间信息的不同之处: Darken el al:大型虚拟环境中的认知和设计原则: Furnas:通过大型数据结构,探索有效的漫游的“可穿越性(travers

<? global $wp_query; $cat_ID = get_query_var('cat'); $category = get_category($cat_ID); echo $category->slug; ?> get_category()    根据分类ID获得指定分类全部信息,以数组或是对象的形式返回,以下是该函数的返回值示例: stdClass Object( //ID 分类和标签混编 [term_id] => 5 //分类名 [name] => Cat

之所以要发这篇文章,是因为这个方法适用于: WP默认文章分类 手动添加的自定文章分类 插件(custom post type ui)添加的自定义文章分类(含taxonomy) 方法目的:在文章模板中,调用该模板的所有文章,可以获得当前文章所属分类的ID,名称. 方法实现:首先在主题的 functions.php 里添加: /** * 文章模板 single.php 获取当前文章所属的分类名称 * http://www.wpdaxue.com/get-post-category.html */ f

get_term:直接从数据库中获取分类信息get_the_category:使用post_id作为参数,先根据post_id查询对应的文章然后再返回对应的分类信息,如果没有文章信息则返回Null 之前一直get_the_category是根据cat_id获取分类信息来着的,今天当我使用该方法获取cat_id=2的分类信息时,因为该分类没有添加文章所以一直都没有返回值,直到跟踪到源文件才知道这两者的区别 //$term_id:分类ID号 //$taxonomy:category|link_cat

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由

第3章 Drupal 的基本概念 添加新评论 浏览 6795 次 Drupal的基本概念主要包括节点.内容类型.模块.主题和分类等.只有对这些概念有了足够的了解,方能灵活的构建网站.本章将对这些基本概念作详细的介绍,具体的应用将在后面章节进行讲解. Taxonomy upgrade extras:  Drupal花园 drupal中文书 方医生 Drupal手册 3.1 节点(Node) 添加新评论 浏览 5390 次 节点是一段内容(a piece of content),它是网站内容的基本组

本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点   进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate   准备数据 # 创建并进入工作目录 mkdir -p qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial # 下

如果你想快速入门计算机,可以参考我的上一篇帖子,先了解一些必备的软知识,然后再来进行语言的快速入门 计算机入门基础知识 目录 1.1.1    计算机与程序 现代计算机可以自动完成计算任务 程序就是按照一定的顺序进行工作的 计算机的发明最初就是为了计算,最早期的计算器是算盘 1.1.2    计算机程序设计语言 机器语言 汇编语言 高级语言 1.1.3    高级语言的发展历程 Algol->CPL->BCPL->B->C C语言的发展总是离不开Unix. ECLR语言 1.1.4

宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和.它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因, 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和.而所谓宏基因组学 (或元基因组学, meta

无论是现今的大数据还是企业内部的小数据,都存在一些普遍的问题,如数据格式不对需要转换,一个单元格内包含多个含义的内容,包含重复项等等,虽然我们也可以使用excel解决,但是excel天生有诸多限制,比如其为直接对数据进行操作,容易导致误操作:数据量大会处理缓慢:透视表功能太过简单:无法进行高级的数据分类分析.而OpenRefine很好的解决了以上问题,最重要的一点是它还是免费的!! 确认错误是保证数据质量的第一步,主要包括数据画像和数据清洗. 数据画像 Olson定义为:使用统计方法发现数据的结

1.摘要 摘要:我们提出了CAFE(计算分析基因家族进化),这是一个统计分析基因家族进化规模的工具.它使用随机的出生和死亡过程来模拟一个系统发育过程中基因家族大小的进化.对于一个特定的系统发育树,并给定现存物种的基因家族大小,CAFE可以估计全局基因家族的出生率和死亡率,推断所有内部节点上最可能的基因家族大小,确定基因加速损益率的家庭(用并确定哪些分支导致p值较小重要的家庭.) 2. INTRODUCTION 对全基因组和单基因家族的分析揭示了家族规模的巨大变化,即使是对全基因组和单基因家族的分

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转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

这是一篇Dr. Dobb's Journal对STL之父stepanov的采访.文中数次提到STL的基本思想.语言的特性.编程的一些根本问题等,非常精彩.这篇文章让我想去拜读下stepanov的大作<Elements of Programming>了.原文链接: http://www.stepanovpapers.com/drdobbs-interview.html 我先对文章内容做下总结,并在最后附上原文,把一些认为重要又精彩的语句进行了标红. Stepanov讲到其关于“泛型编程”(gen

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES

1.下载 https://github.com/stamatak/standard-RAxML 2.How many Threads shall I use? 重要的是要知道,RAxML PThreads版本的并行效率取决于比对长度.通常,随着使用的内核/处理器数量的增加,您会希望并行程序变得更快.然而,通常情况下并非如此,因为使用的处理器越多,它们等待输入解析和彼此通信的时间就越多.在计算机科学中,这种现象被称为Amdahl法则(http://en.wikipedia.org/wiki/Amd

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