一.为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象,即该群体的祖先来源多样性,我们知道的,不同群体SNP频率不一样,导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点(不一定是显著信号位点与该表型有关,可能是与群体SNP频率差异有关),因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析,随后将PCA结果作为协变量加入关联分析中. 二.怎么做PCA? 简单一个“--pca”参数即可 plink --bfile myfile --pca 10 --out myfile_pca #这里只取前10

前言 关于选用多少个PCA做群体分层校正,各大期刊并没有一个统一的说法. 故做了如下综述. 1 随心所欲型,想选多少就选多少 PCA想选多少就选多少,这个真的不是开玩笑.有文献出处有真相! 比如下面文献直接选用10个PCA校正群体分层. Largest GWAS of PTSD (N=20070) yields genetic overlap with schizophrenia and sex differences in heritability 比如选用前5个主成分校正群体分层. Acco

实验材料 构建的群体,或自然群体,如各地方品种. RAD文库构建 提取DNA后,构建文库,简要步骤如下: ① 限制性内切酶TaqI酶切: ② 连接P1接头: ③ DNA随机打断片断化: ④ 目的片段回收与末端修复: ⑤ 连接P2接头: ⑥ RAD片段富集: ⑦ 上机测序. 参考:Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD

问题描述 幻想历8012年5月12日深夜,斯普林·布拉泽降下神谕:“Trust me, earn eternal life.”克里斯军团士气大增.作为克里斯军团的主帅,你决定利用这一机会发动奇袭,一举击败杰森国.具体地说,杰森国有N个城市,由M条单向道路连接.神谕镇是城市1而杰森国的首都是城市N.你只需摧毁位于杰森国首都的曾·布拉泽大神殿,杰森国的信仰,军队还有一切就都会土崩瓦解,灰飞烟灭. 为了尽量减小己方的消耗,你决定使用自爆机器人完成这一任务.唯一的困难是,杰森国的一部分城市有结界保护,不

(集训模拟赛2)抢掠计划(tarjan强) 题目:给你n个点,m条边的图,每个点有点权,有一些点是"酒吧"点,终点只能在"酒吧",起点给定,路可以重复经过,但点权只能加一次,求最大的结果. 例如这个图,双实线表示是酒吧,结果呢是1->2->4->1->2->3->5所得值. 输入格式: 第一行N,M,下面M行是边,下面N行是点权,下面1行是起点与酒吧数量,下面一行是"酒吧"点的编号. 思路: 注意到:(边可以重

https://www.luogu.org/problemnew/show/P1073 C国有 n n个大城市和 mm 条道路,每条道路连接这 nn个城市中的某两个城市.任意两个城市之间最多只有一条道路直接相连.这 mm 条道路中有一部分为单向通行的道路,一部分为双向通行的道路,双向通行的道路在统计条数时也计为 1条. C C国幅员辽阔,各地的资源分布情况各不相同,这就导致了同一种商品在不同城市的价格不一定相同.但是,同一种商品在同一个城市的买入价和卖出价始终是相同的. 商人阿龙来到 CC 国旅

<题目链接> 题目大意: Island 是有一些奇怪的城镇和道路构成的(题目需要,游戏党勿喷),有些城镇之间用双向道路连接起来了,且每条道路有它自己的距离.但是有一些城镇已经被派兵戒严,虽然主角可以逆天改命强闯,但是为了体验该游戏的平衡性,他们只能穿过不超过 K 次被戒严的城镇. 定义“穿过”:从一个戒严的点出发到达任意一个点,都会使得次数加1 现在他们想从 1 号城镇最快的走到 n 号城镇(即出口),现在他们想让你告诉他们最短需要走多少路.2≤n≤800,1≤m≤4000,1≤k≤10,1≤

次元传送门:洛谷P1073 思路 一开始看题目嗅出了强连通分量的气息 但是嫌长没打 听机房做过的dalao说可以用分层图 从来没用过 就参考题解了解一下 因为每个城市可以走好几次 所以说我们可以在图上随意走动 所以第一层图就建一个边权为0的图 随意走动不影响 考虑在某个点买入水晶球 建立一条有向边到新图上 边权为-w[i] 指向i所能到达的点(第二层图中) 它表示:假如我选择走了这条边,就是我在这个点买了这个水晶球,我不会反悔,并且我接下来考虑在某个点卖它. 考虑在某个点卖出水晶球 从第二层图建

任意门:http://poj.org/problem?id=3635 Full Tank? Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 65536K Total Submissions: 8388   Accepted: 2734 Description After going through the receipts from your car trip through Europe this summer, you realised that the gas pri

分层图最短路[bzoj2834]: 回家的路 题目链接:https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=2834 这道题难在建边. 自己写的时候想到了两边排序这些细节,但是思路出错在跑最短路的时候. 前几天做的水壶也是难在建边.一想那个题我就开始敲广搜,可是要比自己想的难.之后冷静了一下想到了排序建边.建完边之后就可以开始跑最短路了. 这道题确实加深了我对分层图最短路的理解. 因为当时自己敲的时候还是设了两维的状态,第二维我设的是方向,因为只会横

bzoj2763: [JLOI2011]飞行路线 Description Alice和Bob现在要乘飞机旅行,他们选择了一家相对便宜的航空公司.该航空公司一共在n个城市设有业务,设这些城市分别标记为0到n-1,一共有m种航线,每种航线连接两个城市,并且航线有一定的价格.Alice和Bob现在要从一个城市沿着航线到达另一个城市,途中可以进行转机.航空公司对他们这次旅行也推出优惠,他们可以免费在最多k种航线上搭乘飞机.那么Alice和Bob这次出行最少花费多少? Input 数据的第一行有三个整数,

死活想不到分层图emmm 基本想法是建立分层图,就是建k+1层原图,然后相邻两层之间把原图的边在上一层的起点与下一层的终点连起来,边权为val/2,表示免了这条边的边权,然后答案就是第0层的s到k层的t的最短路,因为0权边总是从上一层连到下一层,所以到达k层就表示走了k条0权边 然后仔细观察这张图的特性,发现不同层之间的更新只有上一层通过val/2权边更新下一层,所以考虑单层更新,每一层都做一次spfa,然后跨层的时候用上一层跑过的最短路和0权边更新下一层 然后再给spfa加一个SLF优化即可

至死不用dijskstra系列2333,洛谷上T了一个点,开了O2才过 基本想法是建立分层图,就是建k+1层原图,然后相邻两层之间把原图的边在上一层的起点与下一层的终点连起来,边权为0,表示免了这条边的边权,然后答案就是第0层的s到k层的t的最短路,因为0权边总是从上一层连到下一层,所以到达k层就表示走了k条0权边 这样的点数是nk的,不管是dijskstra还是spfa都跑不过 然后仔细观察这张图的特性,发现不同层之间的更新只有上一层通过0权边更新下一层,所以考虑单层更新,每一层都做一次spf

传送门 Description C 国有n 个大城市和m 条道路,每条道路连接这n 个城市中的某两个城市.任意两个 城市之间最多只有一条道路直接相连.这m 条道路中有一部分为单向通行的道路,一部分 为双向通行的道路,双向通行的道路在统计条数时也计为1 条. C 国幅员辽阔,各地的资源分布情况各不相同,这就导致了同一种商品在不同城市的价 格不一定相同.但是,同一种商品在同一个城市的买入价和卖出价始终是相同的. 商人阿龙来到 C 国旅游.当他得知同一种商品在不同城市的价格可能会不同这一信息 之后,便

题目描述: Alice和Bob现在要乘飞机旅行,他们选择了一家相对便宜的航空公司.该航空公司一共在nn个城市设有业务,设这些城市分别标记为0到n-1,一共有m种航线,每种航线连接两个城市,并且航线有一定的价格 Alice和Bob现在要从一个城市沿着航线到达另一个城市,途中可以进行转机.航空公司对他们这次旅行也推出优惠,他们可以免费在最多k种航线上搭乘飞机.那么Alice和Bob这次出行最少花费多少? 题解: 说实话还是一道比较明显的分层图最短路.其实也可以不按分层图做,直接暴力开一个二维距离 $

题意翻译 约翰一共有N)个牧场.由M条布满尘埃的小径连接.小径可 以双向通行.每天早上约翰从牧场1出发到牧场N去给奶牛检查身体. 通过每条小径都需要消耗一定的时间.约翰打算升级其中K条小径,使之成为高 速公路.在高速公路上的通行几乎是瞬间完成的,所以高速公路的通行时间为0. 请帮助约翰决定对哪些小径进行升级,使他每天从1号牧场到第N号牧场所花的时间最短 解析 提高练习场看到这题,瞄一眼,诶,这不是分层图裸题吗??? [啥是分层图] 分层图,简单来说,就是把一张图复制多次,分为多份,每层图代表一种

P4568 飞行路线 分层图最短路 分层图最短路 问题模型 求最短路时,可有\(k\)次更改边权(减为0) 思路 在普通求\(Dijkstra\)基础上,\(dis[x][j]\)多开一维\(j\)以存已用了多少次机会,然后每次松弛时,做完普通松弛操作后,还要使用一次机会(如果可以),类同\(DP\). 每次普通松弛: \[ dis[to][j]=min\{dis[cur][j], dis[to][j]\} \] 如果还可以使用(\(j<k\)): \[ dis[to][j+1] = min\{

3627: [JLOI2014]路径规划 Time Limit: 30 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 186  Solved: 70[Submit][Status][Discuss] Description 相信大家都用过地图上的路径规划功能,只要输入起点终点就能找出一条最优路线.现在告诉你一张地图的信息,请你找出最优路径(即最短路径).考虑到实际情况,一辆车加满油能开的时间有限,所以在地图上增加了几个加油站. 地图由点和双向边构成,每个点代表一个路口,也有可

/* 大连热身C题 不要低头,不要放弃,不要气馁,不要慌张 题意: 给一个城市路线图,给定起点给定终点.有n个货物从起点运送到终点.城市的边是无向边. 每个货物每天如果通过某条路,那么这天这条路只能运送这一个货物,另外一个方向也不得运送货物. 问最少需要多少天,使得起点的货物全部运送到终点. 思路: 按照天数将城市节点裂点.即第i天的某个节点. 枚举天数,不断重新构建网络,跑最大流.找到最小的天数使得最大流大于等于n. 看了大神的博客,知道这个东西实际上叫做分层图. */ #include<bi

38．利用接口做参数,写个计算器,能完成+-*/运算 (1)定义一个接口Compute含有一个方法int computer(int n,int m); (2)设计四个类分别实现此接口,完成+-*/运算 (3)设计一个类UseCompute,含有方法: public void useCom(Compute com, int one, int two) 此方法要求能够:1．用传递过来的对象调用computer方法完成运算 2．输出运算的结果 (4)设计一个测试类,调用UseCompute中的方法us